UCLUST

UCLUST ^{[ 1 ]} es un algoritmo diseñado para agrupar secuencias de nucleótidos o aminoácidos en clústeres según su similitud. El algoritmo se publicó en 2010 y se implementó en un programa también llamado UCLUST. El autor describe el algoritmo siguiendo dos criterios de agrupamiento simples, con respecto al umbral de similitud T requerido. El primer criterio establece que la secuencia central de cualquier clúster tendrá una similitud menor que T con la secuencia central de cualquier otro clúster. El segundo criterio establece que cada secuencia miembro de un clúster dado tendrá una similitud con la secuencia central del clúster igual o mayor que T.

El algoritmo UCLUST es voraz. Por lo tanto, el orden de las secuencias en el archivo de entrada afectará a los clústeres resultantes y a su calidad. Por este motivo, se recomienda ordenar las secuencias antes de la etapa de agrupamiento. El programa UCLUST incluye opciones para ordenar las secuencias de entrada antes de agruparlas.

El programa UCLUST es ampliamente utilizado en la comunidad de investigación bioinformática , donde se emplea para múltiples aplicaciones, incluyendo la asignación de OTU (por ejemplo, 16s), la creación de catálogos de genes no redundantes , la asignación taxonómica y el análisis filogenético .

• Edgar, RC "Algoritmo UCLUST" . drive5 .
• Proyecto de documentación de software Bio-Linux . NEBC. Archivado del original el 3 de julio de 2012.

• Agrupación de secuencias