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Navegador del genoma de la malaria de la UCSC

El navegador del genoma de la malaria de la UCSC es una herramienta de investigación bioinformática para estudiar el genoma de la malaria , desarrollada por el Laboratorio de In...

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El navegador del genoma de la malaria de la UCSC es una herramienta de investigación bioinformática para estudiar el genoma de la malaria , desarrollada por el Laboratorio de Investigación de Pregrado Hughes junto con el laboratorio del Prof. Manuel Ares Jr. en la Universidad de California, Santa Cruz . [ 1 ]

La interfaz web y la estructura de la base de datos se basan en el Navegador Genómico de UCSC . [ 2 ] [ 3 ] El Navegador Genómico de Malaria de UCSC reúne en una sola pantalla las secuencias completas de ADN de varias especies del parásito de la malaria ( Plasmodium sp. ), junto con resultados experimentales y genes previamente descubiertos recopilados de la literatura. El programa permite a los usuarios buscar a través de 14 cromosomas del genoma del parásito de la malaria, ingresar sus propios datos de secuencia y notas, y comparar hallazgos entre especies. El Navegador Genómico de Malaria también admite búsquedas basadas en texto y secuencia que brindan acceso rápido y preciso a cualquier región de interés específico en el genoma de la malaria. Este sitio contiene la secuencia del genoma de referencia y el ensamblaje del borrador de trabajo para Plasmodium falciparum de PlasmoDb , [ 4 ] la base de datos del genoma de Plasmodium versión 5.0.

Referencias

  1. ↑ Chakrabarti K.; Pearson, M; Grate, L; Sterne-Weiler, T; Deans, J; Donohue, JP; Ares Jr, M (2007). "ARN estructurales de función conocida y desconocida identificados en parásitos de la malaria mediante genómica comparativa y análisis de ARN" . RNA . 13 ( 11): 923–39 . doi : 10.1261/rna.751807 . PMC 2040097. PMID 17901154 .  
  2. ↑ Mangan, M.; Williams J.; Lathe, S.; Karolchik, D.; Lathe, W. (2008). "Navegador del genoma de UCSC: soporte profundo para la investigación biomédica molecular". Biotechnology Annual Review . 14 : 63–108 . doi : 10.1016/S1387-2656(08)00003-3 . ISBN 9780444532268. PMID 18606360 . 
  3. ↑ Kuhn, R.; et al. (2009). " La base de datos del navegador genómico de UCSC: actualización 2009" . Nucleic Acids Research . 37 (número especial de bases de datos): D755– D761. doi : 10.1093/nar/gkn875 . PMC 2686463. PMID 18996895 .   
  4. ↑ "El recurso del genoma de Plasmodium" . PlasmoDB.org . Consultado el 7 de mayo de 2015 .
  • Navegador del genoma de la malaria de la UCSC
  • Navegador del genoma de UCSC para especies humanas, vertebradas, invertebradas y otras.
  • Página del laboratorio Ares
  • Tutoriales del navegador genómico de UCSC