Hispanopedia WikiUPF0488 es una proteína que en humanos está codificada por el gen C8orf33 (marco de lectura abierto 33 del cromosoma 8) . El marco de lectura abierto 33 del cromosoma 8 (C8orf33) es un gen humano que codifica proteínas y cuya función aún se desconoce.
Distribución tisular y subcelular
La proteína UPF0488 se expresa en niveles bajos a moderados en la mayoría de los tejidos, con algunas excepciones. [ 5 ] Se predice que se localiza en el núcleo y la mitocondria, aunque también se predijo que varios ortólogos se localizaban en el citosol; además, existe evidencia experimental que muestra que el gen humano C8orf33 podría localizarse en los peroxisomas. La expresión de este gen se incrementa tras la exposición al litio . La expresión de C8orf33 aumenta significativamente durante el tratamiento farmacológico del cáncer de mama. [ 6 ]
Modificación postraduccional
Se predicen varias modificaciones postraduccionales, incluyendo fosforilación, metilación y acetilación. [ 7 ] Además, tiene varias modificaciones postraduccionales como acetilación, metilación, fosfoproteína – esto incluye modificaciones de aminoácidos (o residuos modificados) como N-acetilalanina, omega-N-metilarginina y fosfoserina). [ 8 ]
Gene
Este gen tiene 5 transcripciones (variantes de empalme), 62 ortólogos y es miembro de 1 familia de proteínas Ensembl. Este gen es miembro del conjunto CCDS humano: CCDS34974.1 [ 9 ] Este gen es miembro del conjunto CCDS humano: CCDS34974. El perfil de expresión de C8orf33 reveló que este gen se sobreexpresó después de la exposición al litio. [ 10 ]
El gen C8orf33 (UPF0488) posee 31 exones con empalme alternativo que se combinan en 13 variantes de transcripción diferentes; la variante X1 es la más larga y parece tener la mayor identidad. Secuenciación de ARN de tejido humano de UPF0488.
Transcripción
UPF0488 tiene 5 variantes de empalme de transcripciones. En términos de alelos de haplotipos genéticos comunes, la frecuencia del haplotipo es del 96,3% para un sitio variante. La transcripción primaria es de 3593 pb, mientras que una variante similar es de 1666 pb. La estructura secundaria del ARNm de las regiones 3' y 5' UTR indica diferentes energías de plegamiento. La región 5' UTR contiene una energía de plegamiento de -21,20 y consta de 54 bases, con una energía de -0,393. La región 3' UTR contiene una energía de plegamiento de -646,10, consta de 1873 bases, con una energía de -0,345. [ 11 ]
Expresión
Según el análisis de expresión tisular evaluado mediante microarrays realizado por NCBI GEO, el gen C8orf33 presenta niveles de expresión promedio en la mayoría de los tejidos, excepto en la glándula tiroides y la glándula paratiroides. La expresión parece ser baja en el páncreas, el intestino delgado y otros órganos digestivos, a excepción del riñón, donde parece ser relativamente mayor. [ 11 ]
Patrones de expresión aproximados inferidos a partir de fuentes EST. Gen putativo codificante de proteínas de la rata noruega. Representado por 30 EST de 20 bibliotecas de ADNc. La representación de EST está sesgada hacia el feto. La expresión génica parece aumentar en las categorías resistentes a la obesidad.
Promotor
La región promotora de c8orf33 abarca 1191 pares de bases de ADN y contiene más de 700 posibles sitios de unión de factores. Se seleccionaron y mostraron quince factores de transcripción con sitios de unión altamente conservados en las regiones promotoras de c8orf33 de múltiples especies (véase la sección Promotor anotado). CDF1 (factor 1 de ciclo DOF) interactúa físicamente con FKF1; la proteína CDF1 es más estable en mutantes de FKF1. [ 12 ] Otro factor de transcripción, el factor de transcripción II B (TFIIB), es un factor de transcripción general que participa en la formación del complejo de preiniciación (PIC) de la ARN polimerasa II. [ 13 ]
Proteína
El punto isoeléctrico de la proteína (UPF0488) es 9,16, según un análisis detallado del punto isoeléctrico en diferentes escalas para proteínas individuales. La carga neta se determinó utilizando los valores disponibles en el libro de bioquímica de Lehninger. La proteína precursora tiene un peso molecular de aproximadamente 24,9925 kDa. Este valor es ligeramente superior al pI promedio de 6,81 para el proteoma humano. Contiene repeticiones de 149 a 166 y de 167 a 186. Sin embargo, las repeticiones presentan un alto grado de degeneración. [ 14 ]
UPF0488 es una proteína rica en alanina en comparación con otras proteínas y baja en todos los demás aminoácidos, excepto arginina , leucina y prolina .
Homología y evolución
El linaje evolutivo de UPF0488 se puede rastrear hasta los invertebrados, con una tasa de evolución mayor que la del fibrinógeno .
El gráfico muestra la divergencia de UPF0488 en una escala de tiempo determinada en comparación con el fibrinógeno y el citocromo c. La alineación mediante SDSC Biology Workbench arroja una coincidencia del 27,7 % con Danio rerio . ALIGN calcula una alineación global de dos secuencias, obteniendo una puntuación de alineación global de 215. [ 15 ]
El ARNm de UPF0488 presenta un alto grado de degeneración entre organismos. Solo se pudieron identificar secuencias con una identidad muy baja respecto al ARNm humano en organismos estrechamente relacionados. Sin embargo, la proteína tenía parientes mucho más distantes, incluyendo varios invertebrados. Se realizaron alineamientos de proteínas para UPF0488 de Homo sapiens utilizando San Diego Workbench; estos alineamientos se realizaron contra varios taxones diferentes, incluyendo vertebrados como mamíferos, reptiles, aves e invertebrados como insectos. Las secuencias de proteínas para UPf0488 están altamente conservadas entre parientes cercanos de Homo sapiens como Gorilla Gorilla Gorilla (Gorilla). La similitud en la secuencia de proteínas es inversamente proporcional a la divergencia (MYA) (tabla de homólogos).
Función
Se encontró que la actividad de C8orf33 está asociada con la vía de señalización del receptor acoplado a proteína G , la interacción ligando-receptor neuroactivo, la vía de señalización del calcio y la regulación del citoesqueleto de actina . Las siguientes sustancias interactúan con UPF0488: 7,8-dihidro-7,8-dihidroxibenzo(a)pireno 9,10-óxido, benzo(a)pireno , metotrexato y vitamina E. [ 16 ] [ 17 ]
Patología
La expresión del gen UPF0488 aumenta después del tratamiento con cefaloridina , un derivado semisintético de la cefalosporina C que inhibe la gluconeogénesis tanto en los órganos diana (riñón) como en los no diana (hígado). [ 12 ]
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000182307 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000063236 – Ensembl , mayo de 2017
- ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
- ↑ "C8orf33 cromosoma 8 marco de lectura abierto 33 [ Homo sapiens ] " . Entrez Gene .
- ↑ Ma C, Chen HI, Flores M, Huang Y, Chen Y (2013). "BRCA-Monet: una red de modo de acción de tratamiento farmacológico específico para el cáncer de mama para la predicción de la eficacia del tratamiento utilizando una base de datos de microarrays a gran escala" . BMC Systems Biology . 7 (Supl. 5): S5. doi : 10.1186/1752-0509-7-S5-S5 . PMC 4029357. PMID 24564956 .
- ↑ "UPF0488 proteína C8orf33 [ Homo sapiens ] " . Entrez Protein .
- ↑ "C8orf33" . Tarjetas genéticas .
- ↑ "Gen: C8orf33 ENSG00000182307" . Ensembl . Instituto Europeo de Bioinformática – Laboratorio Europeo de Biología Molecular.
- ↑ Aitchison K, Serretti A, Goldman D, Curran S, Drago A, Malhotra AK (2009). "Informe de la octava reunión anual de farmacogenética en psiquiatría" . The Pharmacogenomics Journal . 9 (6): 358– 61. doi : 10.1038/tpj.2009.47 . PMC 2945913. PMID 19841640 .
- 1 2 "Tejido C8orf33" . El Atlas de Proteínas Humanas .
- 1 2 Goldstein RS, Smith PF, Tarloff JB, Contardi L, Rush GF, Hook JB (1988). "Mecanismos bioquímicos de la nefrotoxicidad de la cefaloridina". Life Sciences . 42 (19): 1809– 16. doi : 10.1016/0024-3205(88)90018-5 . PMID 3285106 .
- ↑ Lewin B (2004). Genes VIII (8.ª ed.). Upper Saddle River, NJ: Pearson/Prentice Hall. págs. 636-637 . ISBN 978-0-13-143981-8.
- ↑ "Detección y alineación de repeticiones en secuencias de proteínas" . Radar .
- ↑ Myers EW, Miller W (1988). "Alineaciones óptimas en el espacio lineal". Aplicaciones informáticas en las biociencias . 4 (1): 11– 7. doi : 10.1093/bioinformatics/4.1.11 . PMID 3382986 .
- ↑ "C8ORF33" . Base de datos de toxicogenómica comparativa .
- ↑ Squassina A, Manchia M, Del Zompo M (2010). "Farmacogenómica de los estabilizadores del estado de ánimo en el tratamiento del trastorno bipolar" . Human Genomics and Proteomics . 2010 159761. doi : 10.4061/2010/159761 . PMC 2958627. PMID 20981231 .
- Genes en el cromosoma 8 humano