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Articulo de referencia

UTOPIA (herramientas bioinformáticas)

[[Terri Attwood]], David Parry-Smith, D.N.Perkins, A.W. Payne, A.D. Michie, Phillip W.Lord, J.N.Selley, Phil McDermott, James Marsh, James Sinnott, Dave Thorne, Benjamin Blundel...

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UTOPIA ( User-friendly Tools for Operating Informatics Applications ) es un conjunto de herramientas gratuitas para visualizar y analizar datos bioinformáticos . Basado en un modelo de datos orientado a ontologías , contiene aplicaciones para visualizar y alinear secuencias de proteínas , representar estructuras moleculares complejas en 3D y encontrar y utilizar recursos como servicios web y objetos de datos. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Hay dos componentes principales: el conjunto de herramientas para el análisis de proteínas y los documentos de UTOPIA.

Suite de análisis de proteínas Utopia

El conjunto de herramientas Utopia Protein Analysis es una colección de herramientas interactivas para analizar la secuencia y la estructura de las proteínas . En la interfaz se encuentran aplicaciones de visualización intuitivas y con buena capacidad de respuesta; en segundo plano, un modelo sofisticado permite que estas herramientas trabajen juntas y oculta gran parte del tedioso trabajo relacionado con los formatos de archivo y los servicios web . [ 1 ]

Documentos de Utopía

Utopia Documents aporta una perspectiva novedosa a la lectura de la literatura científica, combinando la comodidad y fiabilidad del formato PDF con la flexibilidad y potencia de la web. [ 3 ] [ 5 ] [ 6 ]

Historia

Entre 2003 y 2005, el trabajo en UTOPIA fue financiado a través del Centro de Ciencia Electrónica del Noroeste, con sede en la Universidad de Manchester, por el Consejo de Investigación de Ciencias Físicas y de la Ingeniería , el Departamento de Comercio e Industria del Reino Unido y la Red Europea de Biología Molecular (EMBnet) . Desde 2005, el trabajo continúa bajo la Red Europea de Excelencia EMBRACE .

CINEMA (Colour INteractive Editor for Multiple Alignments) de UTOPIA, una herramienta para alineación de secuencias , es la última versión del software desarrollado originalmente en la Universidad de Leeds para ayudar al análisis de receptores acoplados a proteínas G (GPCR). [ 7 ] SOMAP, [ 8 ] un procedimiento de alineación múltiple orientado a pantalla se desarrolló a finales de la década de 1980 en el sistema operativo de computadora VMS , utilizaba una terminal de video VT100 monocromática basada en texto y presentaba ayuda sensible al contexto y menús desplegables algún tiempo antes de que estas fueran características estándar del sistema operativo.

A SOMAP le siguió una herramienta de Unix llamada VISTAS [ 9 ] (Visualizing STructures And Sequences) que incluía la capacidad de representar la estructura molecular en 3D y generar gráficos y representaciones estadísticas de las propiedades de la secuencia.

La primera herramienta bajo el nombre CINEMA [ 10 ] desarrollada en la Universidad de Manchester fue un applet basado en Java que se ejecutaba a través de páginas web, el cual aún está disponible pero ya no recibe mantenimiento. También se lanzó una versión independiente de Java, llamada CINEMA-MX, [ 11 ] pero ya no está fácilmente disponible.

En las primeras etapas del proyecto UTOPIA, se desarrolló una versión de CINEMA en C++ , denominada CINEMA5, que se lanzó como una aplicación independiente para la alineación de secuencias. Actualmente, ha sido reemplazada por una versión integrada con las demás aplicaciones de visualización de UTOPIA, y su nombre ha vuelto a ser simplemente CINEMA.

Referencias

  1. 1 2 Pettifer, SR ; Sinnott, JR; Attwood, TK (2004). "UTOPIA: Herramientas fáciles de usar para operar aplicaciones informáticas" . Genómica comparativa y funcional . 5 (1): 56– 60. doi : 10.1002/cfg.359 . PMC 2447318. PMID 18629035 .  
  2. ↑ McDermott, P.; Sinnott, J.; Thorne, D.; Pettifer, S .; Attwood, T. (2006). "Una arquitectura para la visualización y el análisis interactivo de proteínas". Cuarta Conferencia Internacional sobre Vistas Coordinadas y Múltiples en Visualización Exploratoria (CMV'06) . pág. 55. doi : 10.1109/CMV.2006.3 . ISBN  978-0-7695-2605-8. S2CID 43554573 . 
  3. 1 2 Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2009). "Llamando al rescate internacional: ¡Conocimiento perdido en la literatura y el deslizamiento de datos!" . Biochemical Journal . 424 (3): 317– 333. doi : 10.1042/BJ20091474 . PMC 2805925 . PMID 19929850 .  
  4. ↑ Pettifer, S. ; Thorne, D.; McDermott, P.; Marsh, J.; Villéger, A.; Kell, DB ; Attwood, TK (2009). "Visualización de datos biológicos: un enfoque semántico para la integración de herramientas y bases de datos" . BMC Bioinformatics . 10 (Supl. 6): S19. doi : 10.1186/1471-2105-10-S6-S19 . PMC 2697642 . PMID 19534744 .  
  5. ↑ Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P.; Marsh, J.; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2010). " Documentos de utopía: vinculando la literatura académica con los datos de investigación" . Bioinformatics . 26 (18): i568– i574. doi : 10.1093/bioinformatics/btq383 . PMC 2935404. PMID 20823323 .  
  6. ↑ Pettifer, S. ; McDermott, P.; Marsh, J.; Thorne, D.; Villeger, A.; Attwood, TK (2011). "Ceci n'est pas un hamburger: Modelling and representation the scholarly article". Learned Publishing . 24 (3): 207. doi : 10.1087/20110309 . S2CID 29739751 . 
  7. ↑ Vroling, B.; Thorne, D.; McDermott, P.; Attwood, TK ; Vriend, G.; Pettifer, S. (2011). "Integración de información específica de GPCR con artículos de texto completo" . BMC Bioinformatics . 12 : 362. doi : 10.1186/1471-2105-12-362 . PMC 3179973. PMID 21910883 .  
  8. ↑ Parry-Smith, DJ; Attwood, TK (1991). "SOMAP: Un nuevo enfoque interactivo para el alineamiento de múltiples secuencias de proteínas". Bioinformatics . 7 (2): 233– 235. doi : 10.1093/bioinformatics/7.2.233 . PMID 2059849 . 
  9. ↑ Perkins, DN; Attwood, TK (1995). "VISTAS: Un paquete para la visualización de estructuras y secuencias de proteínas". Journal of Molecular Graphics . 13 (1): 73– 75, 62. doi : 10.1016/0263-7855(94)00013-I . PMID 7794837 . 
  10. ↑ Parry-Smith, DJ; Payne, AWR; Michie, AD; Attwood, TK (1998). "CINEMA: un novedoso editor interactivo de color para alineamientos múltiples". Gene . 221 (1): GC57– GC63. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00650-1 . PMID 9852962 . 
  11. ↑ Lord, PW; Selley, JN; Attwood, TK (2002). "CINEMA-MX: Un editor modular de alineación múltiple" . Bioinformatics . 18 (10): 1402– 1403. doi : 10.1093/bioinformatics/18.10.1402 . PMID 12376388 .