UTRdb

UTRdb 2.0 es una versión actualizada de la base de datos especializada UTRdb , que se centra en las regiones no traducidas 5' y 3' (UTR) de los ARNm eucariotas . Estas UTR desempeñan funciones esenciales en la regulación postranscripcional de la expresión génica al influir en diversos procesos, como el transporte nucleocitoplasmático del ARNm, la eficiencia de la traducción, la localización subcelular y la estabilidad del ARNm. Desde su lanzamiento en 1996, UTRdb ha sido un recurso valioso para los investigadores que estudian las secuencias UTR y sus implicaciones funcionales.

UTRdb 2.0 contiene una colección exhaustiva de más de 26 millones de entradas, derivadas de más de 6 millones de genes en 573 especies. La base de datos está enriquecida con un conjunto curado de anotaciones funcionales para mejorar la comprensión de la función de las UTR. Estas anotaciones incluyen:

• Etiquetas CAGE : marcan la integridad de los UTR de 5'
• Señales de poliA : indican la integridad de las regiones 3' UTR.
• uORFs e IRES : anotación de marcos de lectura abiertos corriente arriba (uORFs) y sitios de entrada ribosómica interna (IRES) en las regiones 5' UTR.
• Dianas de miRNA : anotación de dianas de miRNA validadas experimentalmente en las regiones 3' UTR.
• Bloques conservados evolutivamente : identificación de regiones conservadas en diferentes especies.
• Motivos Rfam : reconocimiento de motivos de ARN asociados con la función
• Edición de ARN mediada por ADAR : anotación de eventos de edición de ARN mediados por la enzima ADAR.
• Modificaciones m6A : marcaje de modificaciones del ARNm relacionadas con la N6-metiladenosina

UTRdb 2.0 proporciona una interfaz web flexible que permite a los usuarios seleccionar y recuperar subconjuntos de UTR según diversos criterios. Esta herramienta ofrece opciones de descarga completas para acceder a los datos y realizar análisis posteriores. ^{[ 1 ] [ 2 ]}

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