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VFDB

VFDB, también conocida como Base de Datos de Factores de Virulencia, es una base de datos que proporciona a los científicos acceso rápido a los factores de virulencia en patógen...

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VFDB, también conocida como Base de Datos de Factores de Virulencia, es una base de datos que proporciona a los científicos acceso rápido a los factores de virulencia en patógenos bacterianos . [ 1 ] Se puede navegar y explorar utilizando el género o palabras clave. Se proporciona una herramienta BLAST para buscar factores de virulencia conocidos . [ 2 ] VFDB contiene una colección de 16 patógenos bacterianos importantes. [ 1 ] Se utilizaron scripts de Perl para extraer las posiciones y secuencias de VF de GenBank . [ 3 ] Se utilizaron Clústeres de Grupos Ortólogos (COG) para actualizar las anotaciones incompletas. [ 1 ] Se obtuvo más información de NCBI . VFDB se construyó en sistemas operativos Windows en servidores DELL PowerEdge 1600SC .

Véase también

Referencias

  1. 1 2 3 Chen, L. (2004-12-17). "VFDB: una base de datos de referencia para factores de virulencia bacteriana" . Nucleic Acids Research . 33 (número especial de bases de datos): D325– D328. doi : 10.1093 / nar/gki008 . ISSN 1362-4962 . PMC 539962. PMID 15608208 .   
  2. ↑ Altschul, S. (1997-09-01). "Gapped BLAST y PSI-BLAST: una nueva generación de programas de búsqueda en bases de datos de proteínas" . Nucleic Acids Research . 25 (17): 3389– 3402. doi : 10.1093 / nar/25.17.3389 . ISSN 1362-4962 . PMC 146917. PMID 9254694 .   
  3. ↑ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2009-01-01). "GenBank" . Nucleic Acids Research . 37 (Base de datos): D26– D31. doi : 10.1093 / nar/gkn723 . ISSN 0305-1048 . PMC 2686462. PMID 18940867 .