VISTA (genómica comparativa)

VISTA es un conjunto de bases de datos, herramientas y servidores que permiten realizar análisis genómicos comparativos exhaustivos.

La familia de herramientas VISTA se desarrolla y aloja en la División de Genómica del Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley . Este esfuerzo de colaboración cuenta con el apoyo de la subvención Programas para Aplicaciones Genómicas del NHLBI / NIH y la Oficina de Investigación Biológica y Ambiental, Oficina de Ciencia, Departamento de Energía de los Estados Unidos .

Se desarrolló a partir de módulos proporcionados por desarrolladores de UC Berkeley, Stanford y UC Davis, y se basó en parte en el programa AVID Global Alignment.

Existen varios servidores VISTA, cada uno de los cuales permite diferentes tipos de búsquedas.

• mVISTA se puede utilizar para alinear y comparar sus secuencias con las de múltiples otras especies.
• rVISTA (VISTA regulador) combina la búsqueda en bases de datos de sitios de unión de factores de transcripción con un análisis comparativo de secuencias, lo que permite descubrir posibles sitios de unión de factores de transcripción reguladores en regiones de sus genes de interés. Puede utilizarse directamente o a través de mVISTA , Genome VISTA o VISTA Browser. Una base de datos de potenciadores humanos específicos de tejido está disponible a través de VISTA Enhancer Browser. ^{[ 1 ]}
• GenomeVISTA permite comparar secuencias con ensamblajes de genomas completos. Detecta automáticamente el ortólogo, obtiene el alineamiento y genera el gráfico VISTA. Permite visualizar un alineamiento junto con alineamientos precalculados de otras especies en el mismo intervalo.
• Phylo-VISTA permite el análisis de alineamientos de secuencias de ADN múltiples de diferentes especies, teniendo en cuenta sus relaciones filogenéticas.
• wgVISTA permite alinear secuencias de hasta 10 Mb de longitud (terminadas o en borrador), incluyendo ensamblajes de genomas microbianos completos.

Los investigadores pueden utilizar el navegador VISTA:

• examinar alineaciones precalculadas entre una variedad de especies
• para enviar secuencias propias (sin limitarse a la colección de especies ya existente en la base de datos)

Existen más de 28 genomas consultables, incluyendo vertebrados, invertebrados, plantas, hongos, algas, bacterias y otros. Continuamente se añaden más. Estos incluyen:

• Humano—orangután—macaco rhesus—tití—caballo—perro—ratón—rata—pollo
• Drosophila spp.
• Arabidopsis—arroz—sorgo
• E. coli—micoplasma—nitrosomonas

Los alineamientos completos de andamiaje precalculados para genomas microbianos están disponibles como el componente VISTA del IMG ( Sistema Integrado de Genomas Microbianos ) desarrollado en el Instituto Conjunto del Genoma del DOE (Departamento de Energía) .

• VISTA —sitio web oficial de VISTA en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley
• Tutorial y materiales de capacitación de VISTA —alojados por OpenHelix, patrocinados por el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley