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Caja W

La caja W es una secuencia de elemento regulador cis del ácido desoxirribonucleico (ADN) , (T)TGAC(C/T), que es reconocida por la familia de factores de transcripción WRKY . [ 1...

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La caja W es una secuencia de elemento regulador cis del ácido desoxirribonucleico (ADN) , (T)TGAC(C/T), que es reconocida por la familia de factores de transcripción WRKY . [ 1 ] [ 2 ]

La funcionalidad y conservación del elemento W-box en diversas especies vegetales se ha demostrado mediante experimentos de desplazamiento electroforético, selección aleatoria de sitios de unión, ensayos de un híbrido en levadura y ensayos de cotransfección realizados con muchas proteínas WRKY diferentes. Estudios basados ​​en silico junto con estudios funcionales de promotores vegetales han identificado grupos de W-boxes en promotores inducibles por estrés. La unión de proteínas WRKY a W-boxes es una característica de las respuestas al estrés biótico y abiótico, junto con otros procesos vegetales como la germinación. [ 3 ] También se ha demostrado que múltiples W-boxes tienen un efecto sinérgico en la transcripción.

Casi todos los factores de transcripción WRKY se unen preferentemente a las cajas W, y desde su descubrimiento, esto ha planteado la cuestión de cómo muestran especificidad por los promotores de sus genes diana. [ 2 ] Ciolkowski et al. (2008) demostraron que, si bien el núcleo de la caja W es necesario, las secuencias adyacentes también desempeñan un papel en la determinación de la preferencia del sitio de unión. [ 4 ] Evidencia reciente sugiere que el núcleo TGAC es más degenerado, compuesto por un núcleo de guanina adenina citosina (GAC), y las secuencias flanqueantes de timina aguas arriba y pirimidina aguas abajo ayudan a determinar el reconocimiento por factores WRKY específicos. [ 5 ] También se cree que los residuos básicos del dominio de la proteína WRKY reconocen el esqueleto de fosfato del elemento cis . [ 5 ]

Recientemente, Yamasaki et al. determinaron la estructura en solución del dominio WRKY C-terminal de Arabidopsis WRKY4 en complejo con el ADN de la caja W mediante RMN. [ 6 ] Encontraron que una lámina β de cuatro hebras entra en el surco mayor del ADN en una estructura que denominaron cuña β, donde la lámina es casi perpendicular a la hélice del ADN. Como se predijo, los aminoácidos del motivo característico conservado WRKYGQK contactan con el ADN de la caja W.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Rushton, Paul; Macdonald, H.; Huttly, AK; Lazarus, CM; Hooley, R (1995). "Miembros de una nueva familia de proteínas de unión al ADN se unen a un elemento cis conservado en los promotores de los genes alfa-Amy2". Plant Molecular Biology . 29 (4): 29: 691–702. doi : 10.1007/bf00041160 . PMID 8541496 . S2CID 21178824 .  
  2. 1 2 Rushton PJ, Somssich IE, Ringler P, Shen QJ (mayo de 2010). "Factores de transcripción WRKY". Trends Plant Sci . 15 (5): 247– 58. doi : 10.1016/j.tplants.2010.02.006 . PMID 20304701 . 
  3. ↑ Rushton, Paul. "El laboratorio del Dr. Paul Rushton" . wordpress.com . Consultado el 17 de junio de 2013 .
  4. ↑ Ciolkowski, I.; Wanke D; Birkenbihl RP; Somssich IE. (2008). "Estudios sobre la selectividad de unión al ADN de los factores de transcripción WRKY aportan pistas estructurales sobre la función del dominio WRKY" . Plant Mol Biol . 68 ( 1–2 ): 81–92 . doi : 10.1007/s11103-008-9353-1 . PMC 2493524. PMID 18523729 .  
  5. 1 2 Brand; Fischer; Harter; Kohlbacher; Wanke (2013). "Dilucidación de las especificidades de unión al ADN conservadas evolutivamente de los factores de transcripción WRKY mediante dinámica molecular y ensayos de unión in vitro" . Nucleic Acids Research . 41 (21): 9764– 9778. doi : 10.1093 / nar/gkt732 . PMC 3834811. PMID 23975197 .  
  6. ↑ Yamasaki, K.; Kigawa T; Watanabe S; Inoue M; Yamasaki T; Seki M; Shinozaki K; Yokoyama S. (2012). " Base estructural para el reconocimiento de ADN específico de secuencia por un factor de transcripción WRKY de Arabidopsis" . J. Biol. Chem . 287 (10): 7683–91 . doi : 10.1074/jbc.M111.279844 . PMC 3293589. PMID 22219184 .  
  • Familia de factores de transcripción WRKY en el recurso de información de Arabidopsis
  • El laboratorio Rushton
  • El Laboratorio Somssich archivado el 20 de julio de 2018 en Wayback Machine.
  • El laboratorio Shen
  • Lista de publicaciones de Somssich relacionadas con WRKY. Archivada el 5 de febrero de 2015 en Wayback Machine.
  • Laboratorio Eulgem