Proteína que contiene repeticiones WD y estructura de hélice enrollada

La isoforma 1 de la proteína WDCP tiene una longitud de 721 aminoácidos. Su peso molecular es de 79 kDa y su punto isoeléctrico teórico es de 6,2. ^{[ 12 ]} La secuencia de la proteína WDCP isoforma 1 se muestra a continuación. ^{[ 13 ]}

 1 MELGKGKLLR TGLNALHQAV HPIHGLAWTD GNQVVLTDLR LHSGEVKFGD SKVIGQFECV 61 CGLSWAPPVA DDTPVLLAVQ HEKHVTVWQL CPSPMESSKW LTSQTCEIRG SLPILPQGCV 121 WHPKCAILTV LTAQDVSIFP NVHSDDSQVK ADINTQGRIH CACWTQDGLR LVVAVGSSLH 181 SYIWDSAQKT LHRCSSCLVF DVDSHVCSIT ATVDSQVAIA TELPLDKICG LNASETFNIP 241 PNSKDMTPYA LPVIGEVRSM DKEATDSETN SEVSVSSSYL EPLDLTHIHF NQHKSEGNSL 301 ICLRKKDYLT GTGQDSSHLV LVTFKKAVTM TRKVTIPGIL VPDLIAFNLK AHVVAVASNT 361 CNIILIYSVI PSSVPNIQQI RLENTERPKG ICFLTDQLLL ILVGKQKLTD TTFLPSSKSD 421 QYAISLIVRE IMLEEEPSIT SGESQTTYST FSAPLNKANR KKLIESLSPD FCHQNKGLLL 481 TVNTSSQNGR PGRTLIKEIQ SPLSSICDGS IALDAEPVTQ PASLPRHSST PDHTSTLEPP 541 RLPQRKNLQS EKETYQLSKE VEILSRNLVE MQRCLSELTN RLHNGKKSSS VYPLSQDLPY 601 VHIIYQKPYY LGPVVEKRAV LLCDGKLRLS TVQQTFGLSL IEMLHDSHWI LLSADSEGFI 661 PLTFTATQEI IIRDGSLSRS DVFRDSFSHS PGAVSSLKVF TGLAAPSLDT TGCCNHVDGM 721 A

Figura 1. Secuencia de proteínas de la isoforma 1 de la proteína WDCP.

El análisis composicional de la isoforma 1 de WDCP no muestra niveles extremadamente altos ni bajos de aminoácidos específicos. La proteína no contiene grupos con carga positiva, negativa o mixta. ^{[ 14 ]}

Existen dos isoformas de WDCP, como se puede observar en la tabla a continuación.

Tabla 3. Tabla de isoformas de la proteína WDCP e información sobre la proteína.

La estructura secundaria de la isoforma 1 de la proteína WDCP consta de 47 bucles aleatorios (429 residuos, 59,5 %), 19 hélices alfa (160 residuos, 22,19 %) y 31 cadenas extendidas (132 residuos, 18,31 %). ^{[ 17 ]}

En WDCP se predicen dos enlaces disulfuro, uno entre los residuos de cisteína 574 y 623, y el otro entre los residuos de cisteína 713 y 714. ^{[ 18 ]}

Los dominios de la proteína WDCP incluyen dos sitios de repetición de triptófano-ácido aspártico, múltiples sitios de fosforilación y un dominio que interactúa con la quinasa de la célula hematopoyética . ^{[ 19 ]}

WDCP no tiene islas CpG asociadas a su promotor. WDCP tiene niveles relativamente bajos de H3K27ac , pero niveles más altos de H3K4me1 y H3K4me3 en varios tipos de células, incluidas HeLa , HUVEC y líneas celulares de leucemia . ^{[ 8 ]}

El promotor GeneHancer para WDCP aparece como GH02J024045. Los sitios de unión de factores de transcripción asociados con este promotor y confirmados con una señal ChIP incluyen HNF4A , CEBPB , ERG1 , FOS1 , ETS1 y E2F6 . ^{[ 8 ]} Los sitios de unión para FOS, EGR1 y ETS1 se encuentran en un sitio hipersensible a la DNasa .

En la tabla de la sección de ARNm se detallan dos variantes de transcripción de WDCP.

Las estructuras secundarias del ARNm de las regiones UTR exhibieron un alto número de estructuras de tallo-bucle predichas en el transcrito WDCP. La región 5' UTR más cercana al codón de inicio contenía aproximadamente 22 bucles predichos. Los bucles de tallo en la región 5' UTR cerca del codón de inicio podrían indicar niveles de expresión más bajos. ^{[ 23 ]} Hay 108 bucles predichos en la región 3' UTR. ^{[ 24 ]} No hay dianas de miRNA conocidas en la región 3' UTR.

La isoforma 1 de WDCP contiene las siguientes modificaciones postraduccionales:

La glicación es la adición de una molécula de azúcar a un aminoácido y está asociada con patologías que incluyen insuficiencia renal y diabetes. ^{[ 25 ]} Se predice que la glicación ocurre en los residuos de lisina: 5, 7, 83, 189, 244, 262, 294, 325, 389, 405, 407, 461, 552 y 617.

La acetilación es la adición de un grupo acetilo al residuo de metionina inicial. Generalmente se asocia con vías metabólicas. WDCP tiene un sitio de acetilación confirmado en el residuo de metionina inicial. ^{[ 26 ]}

La fosforilación es la adición de un grupo fosfato a los aminoácidos. Se asocia principalmente con las vías de señalización celular y puede desencadenar el desarrollo de tumores. Se identificaron sitios de fosforilación de serina, treonina y tirosina en 27 residuos con un umbral de NetPhos de 0,9. ^{[ 27 ]} Se detectó fosforilación en:

• Residuos de serina 43, 97, 147, 181, 267, 274, 278, 416, 417, 441, 504, 505, 528, 529, 535, 550, 590, 630, 676, 678, 686, 688 y 690.
• Residuos de treonina 73 y 385.
• Residuos de tirosina 422 y 555.

Entre las posibles quinasas que interactúan con WDCP se incluyen la caseína quinasa 1 , la caseína quinasa 2 , el cAMP , el cGMP , la P38MAPK , la DNAPK , la proteína quinasa A y la proteína quinasa C. ^{[ 27 ]}

La SUMOilación es la adición de un pequeño modificador similar a la ubiquitina a los residuos de lisina en las proteínas. Los sitios de SUMOilación en WDCP incluyen los residuos de lisina 47, 152, 298, 310 y 709, siendo los residuos 47 y 152 los que presentan la mayor probabilidad de SUMOilación. ^{[ 28 ]} La SUMOilación puede afectar las interacciones proteína-proteína y la ubiquitinación de proteínas. ^{[ 29 ]}

La palmitoilación es la adición de una cadena de ácidos grasos a los residuos de cisteína. Existe un sitio confirmado de palmitoilación en el residuo de cisteína 714. ^{[ 30 ]}

La O-glicosilación de GalNAc es la adición de una molécula de azúcar a un residuo de serina o treonina, lo que posiblemente aumenta la estabilidad estructural. ^{[ 31 ]} Algunos de estos residuos se superponen con sitios de fosforilación, lo que indica que estos residuos pueden cambiar entre un sitio de fosforilación. ^{[ 32 ] [ 33 ]} Estos sitios se detectaron en:

• Residuos de serina 137, 243, 267, 271, 274, 295, 485, 528, 529, 688 y 695. Los sitios 267, 274, 528, 529 y 688 se superponen con un sitio de fosforilación.
• Residuos de treonina 412, 440, 447, 484, 534.

La N-glicosilación es la adición de una molécula de azúcar a un residuo de asparagina. El residuo de asparagina 483 es ​​el único sitio de N-glicosilación detectado en WDCP. ^{[ 34 ]}

No se encontraron sitios de amidación , manosilación ligada a C, sitios de modificación de GPI, secreción de proteínas no clásica, hélices o regiones transmembrana, predicción de sitios de escisión R y K, sitios de lipoproteínas, tirosinas sulfonadas o péptidos señal de arginina doble. ^{[ 35 ]}

La isoforma 1 de WDCP no tiene dominios transmembrana, motivos de unión a actina, motivos de retención en el RE ni señales de transporte del Golgi. Lo más probable es que la proteína se encuentre en el núcleo, con una puntuación de fiabilidad del 47,8 %, y una probabilidad del 30,4 % de que se encuentre en el citoplasma. ^{[ 36 ] [ 37 ]} Los ortólogos cercanos de la isoforma 1 de WDCP han mostrado resultados similares para las proteínas ortólogas, donde lo más probable es que la proteína se encuentre en el núcleo. ^{[ 37 ]} Además, hay dos secuencias de localización nuclear predichas en WDCP, que comienzan en los residuos 401 y 581. ^{[ 38 ]}

La inmunotinción de WDCP ha mostrado localización en los nucléolos de las células de osteosarcoma , así como en el citoplasma de las células renales . ^{[ 39 ]}