Base de datos del metaboloma de la levadura

La base de datos del metaboloma de levadura ( YMDB ) ^{[ 1 ]} es una base de datos en línea completa, de alta calidad y de libre acceso, de metabolitos de moléculas pequeñas que se encuentran en o son producidos por Saccharomyces cerevisiae ( levadura de panadero ). La YMDB fue diseñada para facilitar la investigación en metabolómica de levadura , específicamente en las áreas de fermentación general , así como en el análisis de vino, cerveza y alimentos fermentados. La YMDB admite la identificación y caracterización de metabolitos de levadura utilizando espectroscopia de RMN , espectrometría GC-MS y cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS). La YMDB contiene dos tipos de datos: 1) datos químicos y 2) datos de biología molecular / bioquímica . Los datos químicos incluyen 2027 estructuras de metabolitos con descripciones detalladas, junto con casi 4000 espectros de RMN , GC-MS y LC/MS .

Los datos bioquímicos incluyen 1104 secuencias de proteínas (y ADN ) y más de 900 reacciones bioquímicas (Fig. 1) que están vinculadas a estas entradas de metabolitos. ^{[ 1 ]} Cada entrada de metabolito en la YMDB contiene más de 80 campos de datos, con 2/3 de la información dedicada a datos químicos y el otro 1/3 dedicado a datos enzimáticos o bioquímicos. Muchos campos de datos están hipervinculados a otras bases de datos ( KEGG , PubChem , MetaCyc , ChEBI , Protein Data Bank , UniProt y GenBank ) y a una variedad de applets para visualizar estructuras y vías metabólicas. La base de datos YMDB admite búsquedas extensas de texto, secuencias, espectros, estructuras químicas y consultas relacionales.

Todos los datos de YMDB son de dominio público o provienen de fuentes públicas. Son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, casi todos los datos son completamente rastreables y se referencian explícitamente a su fuente original. Los datos de YMDB están disponibles a través de una interfaz web pública y mediante descargas.

Los usuarios pueden buscar en la base de datos YMDB utilizando diversas herramientas específicas. La consulta de texto simple admite consultas generales del componente textual de la base de datos. Al seleccionar metabolitos o proteínas en el campo "Buscar", es posible restringir la búsqueda y los resultados a los datos asociados con metabolitos o proteínas. La herramienta de navegación de YMDB genera una sinopsis tabular del contenido (Fig. 2). Esta vista permite a los usuarios desplazarse por la base de datos o reordenar su contenido. Al hacer clic en un botón de MetaboCard, se muestra el contenido completo de datos del metabolito correspondiente (Fig. 3). Debajo del enlace Buscar, los usuarios encontrarán varias opciones de búsqueda en un menú desplegable. La opción Consulta Química permite dibujar (usando el applet MarvinSketch o un applet ChemSketch) o escribir ( cadena SMILES ) un compuesto químico y buscar en la base de datos YMDB compuestos similares o idénticos al compuesto consultado. La opción Búsqueda Avanzada admite una búsqueda de texto más sofisticada en la parte textual de la base de datos YMDB. El botón de búsqueda de secuencias permite a los usuarios realizar búsquedas BLAST ( de proteínas ) de todas las secuencias contenidas en YMDB. Se admiten consultas BLAST tanto de secuencias individuales como múltiples (es decir, del proteoma completo ). YMDB también ofrece una opción de extractor de datos que permite buscar y/o extraer campos de datos específicos o combinaciones de campos de datos. Asimismo, se admiten búsquedas espectrales de los datos espectrales de RMN y EM de los compuestos de referencia de YMDB mediante los enlaces de búsqueda de espectros de MS, MS/MS , GC-MS y RMN . Los usuarios pueden descargar los datos textuales completos, las estructuras químicas y los datos de secuencia de YMDB haciendo clic en el botón de descarga.

• Levadura de panadero
• Lista de bases de datos biológicas
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• Metabolómica
• Levadura
• Levadura en la elaboración del vino

• El Centro de Innovación en Metabolómica (TMIC)
• Sitio web de YMDB