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YEASTRACT ( Yeast Search for Transscriptional Regulators And Consensus Tracking ) es un repositorio curado de más de 48000 asociaciones reguladoras entre factores de transcripción ( TF) y genes diana en Saccharomyces cerevisiae , basado en más de 1200 referencias bibliográficas. [ 1 ] También incluye la descripción de aproximadamente 300 sitios de unión de ADN específicos para más de cien TF caracterizados. Se ha extraído información adicional sobre cada gen de levadura de la base de datos del genoma de Saccharomyces (SGD). Para cada gen , los términos de Gene Ontology (GO) asociados y su jerarquía en GO se obtuvieron del consorcio GO. Actualmente, YEASTRACT mantiene más de 7100 términos de GO. Las secuencias de nucleótidos de las regiones promotoras y codificantes para los genes de levadura se obtuvieron de Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT). Toda la información de YEASTRACT se actualiza periódicamente para coincidir con los datos más recientes de SGD, el consorcio GO, RSA Tools y la literatura reciente sobre redes reguladoras de levaduras.

YEASTRACT incluye DISCOVERER, un conjunto de herramientas que se pueden usar para identificar motivos complejos que se encuentran sobrerrepresentados en las regiones promotoras de genes corregulados. [ 2 ] DISCOVERER se basa en el algoritmo MUSA. Estos algoritmos toman como entrada una lista de genes e identifican motivos sobrerrepresentados, que luego se pueden comparar con los sitios de unión de factores de transcripción descritos en la base de datos YEASTRACT.

También se proporcionan herramientas para aprovechar los datos recopilados al resolver diversas cuestiones biológicas, como se ejemplifica en el tutorial. YEASTRACT permite identificar reguladores de transcripción documentados o potenciales de un gen determinado y regulones documentados o potenciales para cada factor de transcripción. Asimismo, posibilita la comparación entre motivos de ADN y los sitios de unión de factores de transcripción descritos en la literatura. El sistema también ofrece un mecanismo útil para agrupar una lista de genes (por ejemplo, un conjunto de genes con perfiles de expresión similares, según lo revelado por el análisis de microarrays) en función de sus asociaciones reguladoras con factores de transcripción conocidos.

YEASTRACT proporciona un conjunto de consultas para buscar y recuperar información biológica importante a partir de los datos recopilados y para predecir redes de regulación de la transcripción en levaduras a partir de datos que surgen del análisis gen por gen o de enfoques globales.

Véase también

Referencias

  1. ^ Teixeira , MC; Monteiro, P; Jainista, P; Tenreiro, S; Fernández, AR; Mira, NP; Alenquer, M; Freitas, AT; Oliveira, AL; Sá-Correia, I (enero de 2006). "La base de datos YEASTRACT: una herramienta para el análisis de asociaciones reguladoras de la transcripción en Saccharomyces cerevisiae" . Ácidos nucleicos Res . 34 (Problema de base de datos). Inglaterra: D446–51. doi : 10.1093/nar/gkj013 . PMC 1347376 . PMID 16381908 .  
  2. ^ Monteiro, PT; Mendes, ND; Teixeira, MC; d'Orey, S; Tenreiro, S; Mira, NP; País, H; Francisco, AP; Carvalho, AM; Lourenço, AB; Sá-Correia, I; Oliveira, AL; Freitas, AT (2008). "YEASTRACT-DISCOVERER: Nuevas herramientas para mejorar el análisis de asociaciones reguladoras transcripcionales en Saccharomyces cerevisiae" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D132–6. doi : 10.1093/nar/gkm976 . PMC 2238916 . PMID 18032429 .  
  • http://www.yeastract.com