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Motivo de ARN YjdF

El motivo de ARN yjdF es una estructura de ARN conservada identificada mediante bioinformática . [ 1 ] La mayoría de los ARN yjdF se encuentran en bacterias clasificadas dentro ...

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El motivo de ARN yjdF es una estructura de ARN conservada identificada mediante bioinformática . [ 1 ] La mayoría de los ARN yjdF se encuentran en bacterias clasificadas dentro del filo Bacillota . Se ha encontrado un ARN yjdF en la presunta región 5' no traducida (5' UTR) del gen yjdF en Bacillus subtilis , y casi todos los ARN yjdF se encuentran en las 5' UTR de homólogos de este gen. Se desconoce la función del gen yjdF , pero la proteína que se predice que codifica está clasificada por la base de datos Pfam como DUF2992. [ 2 ]

La estructura secundaria moderadamente compleja y las posiciones de nucleótidos conservadas en el motivo de ARN yjdF y el hecho de que probablemente esté presente en las regiones 5' UTR llevaron a la hipótesis de que los ARN yjdF funcionan como ribointerruptores . Un ARN yjdF se encuentra en la supuesta región 5' UTR de genes que codifican enzimas involucradas en la síntesis de nicotinamida adenina dinucleótido (NAD + ). Estos ARN carecen de una región del motivo de ARN yjdF conservado y podrían no ser funcionales, o bien conformarse a una estructura distinta que logra la misma función. Si los ARN yjdF son ribointerruptores, este otro ARN podría unirse a un ligando de molécula pequeña distinto .

Los experimentos respaldan la conclusión de que el ARN yjdF en B. subtilis se encuentra efectivamente en la región 5' UTR del gen yjdF , y que los genes yjdF se transcriben por separado del operón manPA corriente arriba . [ 1 ] La función bioquímica de los ARN yjdF sigue siendo desconocida.

Los ARN yjdF parecen funcionar como ribointerruptores que detectan compuestos azaaromáticos, aunque el compuesto o conjunto preciso de compuestos que detecta este ribointerruptor en la célula aún no está claro. [ 3 ]

Estructura secundaria consensuada de los ARN yjdF . Esta figura está adaptada de una publicación anterior. [ 1 ]

Referencias

  1. 1 2 3 Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et  al. (marzo de 2010). "La genómica comparativa revela 104 ARN estructurados candidatos de bacterias, arqueas y sus metagenomas" . Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .  
  2. ↑ "DUF2992 (PF11208)" . InterPro .
  3. ↑ Li S, Hwang XY, Stav S, Breaker RR (2016). "El candidato a riboswitch yjdF regula la expresión génica mediante la unión a diversos compuestos azaaromáticos" . RNA . 22 ( 4): 530– 41. doi : 10.1261/rna.054890.115 . PMC 4793209. PMID 26843526 .  
  • Página para el ARN yjdF en Rfam