Hispanopedia WikiZC3H12B , también conocida como CXorf32 o MCPIP2 , es una proteína codificada por el gen ZC3H12B, ubicado en el cromosoma Xq12 en los seres humanos.
Gene
El gen ZC3H12B está compuesto por 19.709 pares de bases (pb) y contiene 5 exones . Se localiza en el cromosoma X, en la posición q12, en la cadena positiva.
Locus ZC3H12B.
ZC3H12B contiene un dominio de ribonucleasa , así como un dominio de dedo de zinc de tipo CCCH. Las ribonucleasas (RNasas) degradan el ARN y participan en el proceso de maduración del ARN. También constituyen una línea de defensa contra el ARN viral (D'Alessio y Riordan 1997). Los dedos de zinc de tipo CCCH están asociados con la desestabilización del ARNm. Se ha demostrado que los dedos de zinc de tipo CCCH renuevan el ARNm sin eliminar la cola de poliA (Lai y Blackshear 2001). ZC3H12B y sus parálogos ZC3H12A, ZC3H12C y ZC3H12D contienen dominios de dedo de zinc de tipo CCCH, que se han asociado con las transiciones del ciclo celular y la fase de crecimiento en eucariotas (InterPro).
Promotor
El programa Genomatix ElDorado predijo un promotor de 601 pb corriente arriba del gen ZC3H12B con múltiples sitios de unión de factores de transcripción, incluido el factor nuclear de células T activadas y la proteína de dedo de zinc asociada a ribonucleoproteína MOK-2 (también conocida como ZNF239 ).
Predicciones de sitios de unión de factores de transcripción en el promotor de ZC3H12B.
ARNm
ZC3H12B contiene 7273 pb de ARNm. Aceview predice un único transcrito. No se han predicho patrones de plegamiento (Mfold). Se han eliminado cuatro intrones de ZC3H12B.
Aceview predijo una única variante de ARNm en ZC3H12B.
Proteína
ZC3H12B es una probable ribonucleasa que contiene un dominio de dedo de zinc tipo CCCH y dominios de ribonucleasa. Esta proteína de 836 aminoácidos tiene un peso molecular predicho de 94,2 kDa. No contiene péptido señal ni región transmembrana. PSORTII predice una probabilidad del 65,2 % de localización nuclear. Se presume que los dedos de zinc tipo CCCH y las ribonucleasas se localizan en el núcleo para la escisión del ARN y, específicamente, para la escisión de la estructura en horquilla del ARN (Boysen y Hearn, 2008).
Características estructurales
La estructura secundaria de la proteína es una mezcla de hélices alfa y láminas beta. Los dos dominios identificados hasta ahora son el dominio de ribonucleasa y el dominio de dedo de zinc de tipo CCCH.
A continuación se muestra un dominio conservado del parálogo ZC3H12B, Mcpip1 (o ZC3H12A). En una comparación de estructuras mediante BLAST, se obtuvo una coincidencia de identidad del 82 % con una cobertura de consulta del 24 %, con un valor E predicho de 2e-118. Esta coincidencia de identidad del 82 % es suficiente para comparar el dominio conservado del dedo de zinc de ZC3H12B y Mcpip1 (ZC3H12A), que se predice que están compuestos por hebras beta y hélices alfa.
Representación en Cn3D del dominio conservado de Mcpip1 con motivo de dedo de zinc.
Modificación postraduccional
El programa Phobius predijo la ubicación no citoplasmática de la proteína. NetPhos 2.0 predijo 63 sitios de fosforilación en ZC3H12B, que están marcados en la traducción conceptual. YinOYang1.2 predijo tres sitios de unión de 0-Beta-GlcNAc, que compiten con los sitios de fosforilación. Se presume que 0-Beta-GlcNAc es el único tipo de glicosilación que ocurre en el núcleo y/o el citoplasma de las células. Existe un vínculo notable entre la activación de antígenos por linfocitos y la glicosilación dinámica de 0-B en proteínas nucleares (Hart y Akimoto). NetNGlyc predijo sitios de glicosilación; sin embargo, estos sitios fueron excluidos porque es probable que la proteína sea nuclear y no experimentaría esta forma de glicosilación. No se predijeron sitios de acetilación en el extremo N-terminal de la proteína. Esto es inusual porque aproximadamente el 85% de las proteínas humanas se acetilan en el extremo N para la síntesis, estabilización y localización de proteínas (Van Damm et al.). No se observaron cúmulos de carga positiva, negativa o mixta. No se detectaron segmentos hidrofóbicos (SAPS SDSC Biology Workbench). MitoProtII no detectó ninguna señal de exportación mitocondrial. Estas pruebas postraduccionales sugieren que la proteína se localiza en el núcleo y experimenta fosforilación dinámica y modificaciones de 0-Beta-GlcNAc.
Evolución
Algunos dominios de ZC3H12B se conservan en la mayoría de los vertebrados, artrópodos y anélidos. No se encontraron dominios conservados en los dominios bacteria o archaea. Tampoco se observaron dominios significativamente conservados en levaduras, plantas o protistas.
Parálogos
Existen tres parálogos de ZC3H12B que pertenecen a la misma familia de dedos de zinc de tipo CCCH, y todos ellos mantienen una identidad superior al 50 % con ZC3H12B según el análisis BLAST (NCBI).
Ortólogos
El gen ZC3H12B se conserva en mamíferos, aves, insectos y nematodos (BLAST). Consulte la tabla a continuación para ver el resumen de los ortólogos de ZC3H12B en humanos.
Expresión y función
Los microarrays en el perfil de expresión de tejido normal mostraron una mayor expresión del gen en el páncreas, la próstata, el cerebro, la médula espinal y el timo (GEO). A diferencia de sus parálogos , no se expresa en tejidos activados por macrófagos, lo que indica la relación paraloga con la respuesta inflamatoria (Liang et al. 2008). ZC3H12B se expresa transitoriamente en los tejidos del cerebro, el timo y los testículos (EST).
Interacción
Las interacciones predichas por Ingenuity Systems no mostraron moléculas diana de fármacos en la vía ni dianas farmacológicas conocidas. Las principales funciones y enfermedades enumeradas fueron cáncer, lesiones y anomalías orgánicas y enfermedades del sistema reproductivo. Se predijeron varias interacciones de miRNA . Las dianas de miRNA predichas aún no se han emparejado con la secuencia ZC3H12B y no está claro si existe una interacción entre ambas. En el futuro, se podrían utilizar pruebas como la transferencia de energía por resonancia de Förster (FRET), la co-inmunoprecipitación, el cribado de doble híbrido, la complementariedad hidropática, el microarreglo de clústeres y el ChiP para probar nuevas interacciones proteína/cromatina con ZC3H12B.
Importancia clínica
Las deleciones del locus Xq12 han dado lugar a varios trastornos, como insensibilidad a los andrógenos , susceptibilidad al cáncer de próstata , atrofia muscular espinal y bulbar de Kennedy y retraso mental ; sin embargo, no se ha encontrado ningún vínculo entre estas enfermedades y ZC3H12B (NCBI).
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000102053 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000035045 – Ensembl , mayo de 2017
- ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
Lecturas adicionales
- Liang J, Wang J, Azfer A, Song W, Tromp G, Kolattukudy PE, Fu M (marzo de 2008). "Una nueva familia de proteínas con dedos de zinc CCCH regula la activación proinflamatoria de los macrófagos" . The Journal of Biological Chemistry . 283 (10): 6337–46 . doi : 10.1074/jbc.m707861200 . PMID 18178554 .
- Van Damme P, Hole K, Pimenta-Marques A, Helsens K, Vandekerckhove J, Martinho RG, Gevaert K, Arnesen T (julio de 2011). "NatF contribuye a un cambio evolutivo en la acetilación N-terminal de proteínas y es importante para la segregación cromosómica normal" . PLOS Genetics . 7 (7) e1002169. doi : 10.1371/journal.pgen.1002169 . PMC 3131286. PMID 21750686 .
- Genes en el cromosoma X humano