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Articulo de referencia

Red de información sobre el pez cebra

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La Red de Información del Pez Cebra ( ZFIN ) es una base de datos biológica en línea con información sobre el pez cebra ( Danio rerio ). El pez cebra es un organismo modelo ampliamente utilizado para estudios genéticos , genómicos y del desarrollo , y ZFIN proporciona una interfaz integrada para consultar y visualizar el gran volumen de datos generados por esta investigación. [ 2 ] Para facilitar el uso del pez cebra como modelo de la biología humana , ZFIN vincula estos datos con información correspondiente sobre otros organismos modelo (p. ej., ratón ) y con bases de datos de enfermedades humanas. [ 3 ] Se incluyen numerosos enlaces a bases de datos de secuencias externas (p. ej., GenBank ) y a navegadores de genomas. Los datos de productos génicos, expresión génica y fenotipos están anotados con términos de ontologías biomédicas . ZFIN tiene su sede en la Universidad de Oregón , Estados Unidos, y cuenta con financiación de los Institutos Nacionales de la Salud (NIH).

Contenido

ZFIN consta de dos partes principales:

  1. un sitio web de noticias y anuncios de la comunidad, así como recursos biológicos como protocolos de laboratorio, una guía de nomenclatura genética e información anatómica.
  2. una base de datos relacional que contiene datos biológicos seleccionados de la literatura científica y que son enviados directamente por laboratorios de investigación de pez cebra (por ejemplo, este análisis de expresión genética de alto rendimiento [ 4 ] ).

La información de ZFIN está estrechamente vinculada a los recursos web del Centro Internacional de Recursos del Pez Cebra ( ZIRC ), el Centro de Recursos del Pez Cebra de China ( CZRC ), etc., que mantienen y proporcionan recursos, materiales y servicios de investigación relacionados con el pez cebra.

La interfaz de base de datos relacional de ZFIN proporciona formularios de consulta y páginas de visualización para los siguientes tipos de datos biológicos:

  • Genes, marcadores y clones
  • expresión génica
  • anticuerpos
  • Alineamientos de secuencias ( BLAST )
  • Mutantes y líneas transgénicas
  • Anatomía
  • Mapas genéticos

ZFIN también mantiene una base de datos de publicaciones, laboratorios, personas y empresas relacionadas con el pez cebra.

Además de sus interfaces de búsqueda especializadas, ZFIN ofrece una búsqueda global en el sitio web similar a la de Google .

La wiki comunitaria de ZFIN permite a los investigadores que trabajan con pez cebra compartir información sobre protocolos de laboratorio y anticuerpos.

Notas y referencias

  1. ↑ Bradford, Yvonne; Conlin, Tom; Dunn, Nathan; Fashena, David; Frazer, Ken; Howe, Douglas G; Knight, Jonathan; Mani, Prita; Martin, Ryan; Moxon, Sierra AT; Paddock, Holly; Pich, Christian; Ramachandran, Sridhar; Ruef, Barbara J; Ruzicka, Leyla; Bauer Schaper, Holle; Schaper, Kevin; Shao, Xiang; Singer, Amy; Sprague, Judy; Sprunger, Brock; Van Slyke, Ceri; Westerfield, Monte (enero de 2011). "ZFIN: mejoras y actualizaciones de la base de datos del organismo modelo pez cebra" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D822-9. doi : 10.1093/nar/gkq1077 . PMC 3013679 . PMID 21036866 .  
  2. ↑ Sprague et al. (2008). La Red de Información del Pez Cebra: la base de datos del organismo modelo del pez cebra proporciona un soporte ampliado para genotipos y fenotipos. Nucleic Acids Res 36:D768.
  3. ↑ "El proyecto de base de datos del pez cebra" . Archivado del original el 18 de noviembre de 2017. Consultado el 31 de mayo de 2017 .
  4. ↑ B. Thisse; C. Thisse (2004). "Clones de liberación rápida: un análisis de expresión de alto rendimiento" . Envío directo de datos a ZFIN (Inédito).
  • ZFIN: La base de datos de organismos modelo del pez cebra
  • Anotación del genoma del pez cebra Vega
  • FishMap  : El navegador de genómica comunitaria del pez cebra mantenido en el Instituto de Genómica y Biología Integrativa.
  • Vista previa beta de GenomeWiki del pez cebra mantenida en el Instituto de Genómica y Biología Integrativa.

Véase también

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