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dominio B3

El dominio de unión al ADN B3 (DBD) es un dominio altamente conservado que se encuentra exclusivamente en factores de transcripción (≥40 especies) ( Pfam PF02362 ) combinado con...

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El dominio de unión al ADN B3 (DBD) es un dominio altamente conservado que se encuentra exclusivamente en factores de transcripción (≥40 especies) ( Pfam PF02362 ) combinado con otros dominios ( InterPro : IPR003340 ). Consta de 100-120 residuos, incluye siete hebras beta y dos hélices alfa que forman un pliegue proteico de pseudobarril de unión al ADN ( SCOP 117343 ); interactúa con el surco mayor del ADN . [ 1 ] 

Familias B3

En Arabidopsis thaliana , existen tres familias principales de factores de transcripción que contienen el dominio B3: [ 2 ]

PDB : 1WID ​[1 ] y PDB : 1YEL ​[8 ] son ​​las únicas estructuras conocidas en fase de solución por RMN del dominio de unión al ADN B3.

El dominio N-terminal de la endonucleasa de restricción EcoRII y el dominio C-terminal de la endonucleasa de restricción BfiI poseen un plegamiento de proteína de pseudobarril de unión al ADN similar . [ 9 ] [ 10 ]

Véase también

Referencias

  1. 1 2 3 4 5 Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). "Estructura en solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción RAV1 sensible al frío de Arabidopsis" . Plant Cell . 16 (12): 3448– 59. Bibcode : 2004PlanC..16.3448Y . doi : 10.1105/tpc.104.026112 . PMC 535885. PMID 15548737 .  
  2. ↑ Riechmann JL, Heard J, Martin G, Reuber L, Jiang C, Keddie J, Adam L, Pineda O, Ratcliffe OJ, Samaha RR, Creelman R, Pilgrim M, Broun P, Zhang JZ, Ghandehari D, Sherman BK, Yu G (2000). "Factores de transcripción de Arabidopsis: análisis comparativo del genoma entre eucariotas". Science . 290 (5499): 2105– 10. Bibcode : 2000Sci...290.2105R . doi : 10.1126/science.290.5499.2105 . PMID 11118137 . 
  3. ↑ Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ (1997). "ARF1, un factor de transcripción que se une a elementos de respuesta a la auxina". Science . 276 (5320): 1865–8 . doi : 10.1126/science.276.5320.1865 . PMID 9188533 . 
  4. ↑ Tiwari SB, Hagen G, Guilfoyle TJ (2003). "Los roles de los dominios del factor de respuesta a la auxina en la transcripción sensible a la auxina" . Plant Cell . 15 (2): 533– 43. Bibcode : 2003PlanC..15..533T . doi : 10.1105/tpc.008417 . PMC 141219. PMID 12566590 .  
  5. ↑ Suzuki M, Kao CY, McCarty DR (1997). "El dominio B3 conservado de VIVIPAROUS1 tiene una actividad de unión cooperativa al ADN" . Plant Cell . 9 (5): 799– 807. doi : 10.1105/tpc.9.5.799 . PMC 156957. PMID 9165754 .  
  6. ↑ Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). "La transactivación del promotor napin de Brassica napus por ABI3 requiere la interacción de los dominios conservados B2 y B3 de ABI3 con diferentes elementos cis: B2 media la activación a través de un ABRE, mientras que B3 interactúa con una caja RY/G". Plant J. 24 ( 1): 57– 66. doi : 10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x . PMID 11029704 . 
  7. ↑ Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T (1999). "RAV1, una nueva proteína de unión al ADN, se une a una secuencia de reconocimiento bipartita a través de dos dominios de unión al ADN distintos que se encuentran exclusivamente en plantas superiores" . Nucleic Acids Res . 27 (2): 470–8 . doi : 10.1093 / nar/27.2.470 . PMC 148202. PMID 9862967 .  
  8. ↑ Waltner, JK; Peterson, FC; Lytle, BL; Volkman, BF (2005). "Estructura del dominio B3 de la proteína At1g16640 de Arabidopsis thaliana" . Protein Sci . 14 (9): 2478–83 . doi : 10.1110/ps.051606305 . PMC 2253459. PMID 16081658 .  
  9. ↑ Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión al efector". J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19 . doi : 10.1016/j.jmb.2003.10.030 . PMID 14659759 . 
  10. ↑ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "Estructura de la enzima de restricción independiente de metales BfiI revela la fusión de un dominio de unión al ADN específico con una nucleasa no específica" ( PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 102 (44): 15797–802 . Bibcode : 2005PNAS..10215797G . doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039. PMID 16247004 .  
  • Base de datos DBD de factores de transcripción predichos Archivado el 4 de diciembre de 2008 en Wayback Machine Kummerfeld SK, Teichmann SA (2006). "DBD: una base de datos de predicción de factores de transcripción" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de bases de datos): D74–81. doi : 10.1093/nar/ gkj131 . PMC 1347493. PMID 16381970 .  Utiliza un conjunto seleccionado de dominios de unión al ADN para predecir factores de transcripción en todos los genomas completamente secuenciados.
  • Clasificación en la tabla "Factores de transcripción" según la base de datos Transfac .
  • Base de datos de factores de transcripción de Arabidopsis
  • B3 Archivado el 17/10/2019 en Wayback Machine , RAV y ARF Archivado el 17/10/2019 en la familia Wayback Machine en PlantTFDB:Base de datos de factores de transcripción de plantas