R.EcoRII

La endonucleasa de restricción (REase) EcoRII (pronunciada "eco R two") es una enzima del sistema de modificación de restricción (RM) que se encuentra de forma natural en Escherichia coli , una bacteria Gram-negativa . Su masa molecular es de 45,2 kDa y está compuesta por 402 aminoácidos . ^[1]

Modo de acción

EcoRII es una REasa bacteriana de tipo IIE ^[2] que interactúa con dos ^[3] o tres ^[4] copias de la secuencia de reconocimiento de ADN pseudopalindrómica 5' - CC W GG - 3' (W = A o T ), una siendo el objetivo real de la escisión, el otro(s) sirviendo como el( los) activador(es) alostérico (s). EcoRII corta la secuencia de ADN objetivo CCWGG, generando extremos pegajosos . ^[5]

Diagrama de corte

Estructura

La estructura cristalina apo del mutante EcoRII R88A ( PDB : 1NA6 ) ^[6] se ha resuelto con una resolución de 2,1 Å . El monómero EcoRII tiene dos dominios , N-terminal y C-terminal , unidos a través de un bucle de bisagra .

Dominio de unión al efector

El dominio de unión del efector N-terminal tiene un pliegue pseudobarril de unión al ADN arquetípico ( SCOP 101936 ) con una hendidura prominente . La superposición estructural mostró que está relacionado evolutivamente con:

Dominio de unión al ADN B3 ( SCOP 117343 ) de los factores de transcripción en plantas superiores ( PDB : 1WID ) ^[7]
Dominio C-terminal de la endonucleasa de restricción BfiI ^[8] ( PDB : 2C1L ) ^[9]

Dominio catalítico

El dominio catalítico C-terminal tiene un pliegue típico similar a la endonucleasa de restricción ^{[10] (}SCOP 52979 ) y pertenece a la gran superfamilia de endonucleasas de restricción (más de 30 miembros) ( SCOP 52980 ).

Mecanismo de autoinhibición/activación

La alineación de secuencias basada en la estructura y la mutagénesis dirigida al sitio identificaron los supuestos sitios activos PD..D/EXK del dímero del dominio catalítico EcoRII que en la estructura apo están bloqueados espacialmente por los dominios N-terminales. ^[6]

Véase también

EcoRI , otra enzima nucleasa de Escherichia coli .
EcoRV , otra enzima nucleasa de Escherichia coli .
El dominio de unión al ADN B3 de las plantas superiores está relacionado evolutivamente con EcoRII
FokI , otra enzima nucleasa de Flavobacterium okeanokoites

Enlaces externos

EcoRII en la base de datos de enzimas de restricción REBASE

Referencias

^ Richard J. Roberts. "EcoRII". REBASE - Base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .
^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. (2003). "Una nomenclatura para enzimas de restricción, metiltransferasas de ADN, endonucleasas homing y sus genes". Nucleic Acids Res . 31 (7): 1805–12. doi :10.1093/nar/gkg274. PMC 152790 . PMID 12654995. PDF ^{[ enlace roto ]}
^ Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). "Obtención de imágenes de bucles de ADN inducidos por la endonucleasa de restricción EcoRII. Una única sustitución de aminoácidos desacopla el reconocimiento de la diana de la interacción cooperativa y la escisión del ADN". J. Biol. Chem . 275 (39): 30631–7. doi : 10.1074/jbc.M003904200 . PMID 10903314.PDF ^{[ enlace muerto permanente ]}
^ Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL (2007). "Visualización directa del complejo sináptico triple EcoRII-ADN mediante microscopía de fuerza atómica". Bioquímica . 46 (39): 11128–36. doi :10.1021/bi701123u. PMID 17845057. S2CID 27800123.
^ Griffiths, Anthony JF (1999). Introducción al análisis genético . San Francisco: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5.
^ ab Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción de tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión a efectores". J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19. doi :10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
^ Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). "Estructura de la solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción sensible al frío RAV1 de Arabidopsis". Plant Cell . 16 (12): 3448–59. doi :10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885 . PMID 15548737. PDF
^ Richard J. Roberts. "BfiI". REBASE - Base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .
^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "La estructura de la enzima de restricción independiente del metal BfiI revela la fusión de un dominio específico de unión al ADN con una nucleasa no específica" (PDF) . Proc. Natl. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Bibcode :2005PNAS..10215797G. doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004. PDF
^ Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). "Topología de las REases de tipo II revisada; clases estructurales y el núcleo común conservado". Investigación de ácidos nucleicos . 35 (7): 2227–37. doi :10.1093/nar/gkm045. PMC 1874628 . PMID 17369272.

[title-1] Richard J. Roberts. "EcoRII". REBASE - Base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .

[pmid12654995-2] Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. (2003). "Una nomenclatura para enzimas de restricción, metiltransferasas de ADN, endonucleasas homing y sus genes". Nucleic Acids Res . 31 (7): 1805–12. doi :10.1093/nar/gkg274. PMC 152790 . PMID 12654995. PDF ^{[ enlace roto ]}

[pmid10903314-3] Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). "Obtención de imágenes de bucles de ADN inducidos por la endonucleasa de restricción EcoRII. Una única sustitución de aminoácidos desacopla el reconocimiento de la diana de la interacción cooperativa y la escisión del ADN". J. Biol. Chem . 275 (39): 30631–7. doi : 10.1074/jbc.M003904200 . PMID 10903314.PDF ^{[ enlace muerto permanente ]}

[pmid17845057-4] Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL (2007). "Visualización directa del complejo sináptico triple EcoRII-ADN mediante microscopía de fuerza atómica". Bioquímica . 46 (39): 11128–36. doi :10.1021/bi701123u. PMID 17845057. S2CID 27800123.

[isbn0-7167-3520-2-5] Griffiths, Anthony JF (1999). Introducción al análisis genético . San Francisco: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5.

[Zhou_2004-6] Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción de tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión a efectores". J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19. doi :10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.

[pmid15548737-7] Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). "Estructura de la solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción sensible al frío RAV1 de Arabidopsis". Plant Cell . 16 (12): 3448–59. doi :10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885 . PMID 15548737. PDF

[BfiI-8] Richard J. Roberts. "BfiI". REBASE - Base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .

[pmid16247004-9] Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "La estructura de la enzima de restricción independiente del metal BfiI revela la fusión de un dominio específico de unión al ADN con una nucleasa no específica" (PDF) . Proc. Natl. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Bibcode :2005PNAS..10215797G. doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004. PDF

[pmid17369272-10] Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). "Topología de las REases de tipo II revisada; clases estructurales y el núcleo común conservado". Investigación de ácidos nucleicos . 35 (7): 2227–37. doi :10.1093/nar/gkm045. PMC 1874628 . PMID 17369272.