Hispanopedia WikiEn biología molecular, el dominio BEN es un dominio proteico conservado que se encuentra en diversos reguladores transcripcionales eucariotas y proteínas asociadas a la cromatina . Recibe su nombre de las tres proteínas en las que se identificó por primera vez: BANP , E5R y NAC1 . [ 1 ] Se cree que el dominio BEN desempeña un papel fundamental en las interacciones proteína-ADN y proteína-proteína, especialmente en el silenciamiento génico , la regulación transcripcional y la organización de la cromatina . Suele estar implicado en procesos como el desarrollo , la diferenciación y el mantenimiento de la identidad celular mediante la regulación epigenética .
Estructura
Se predice que este dominio formará un plegamiento totalmente alfa con cuatro hélices conservadas. Su patrón de conservación reveló varios residuos conservados , la mayoría de los cuales tienen cadenas laterales hidrofóbicas y es probable que estabilicen el plegamiento a través del empaquetamiento hélice-hélice. [ 1 ] La primera estructura del dominio BEN humano (BEND3) se resuelve junto con el dominio TPR (ERCC6L) y estimula las actividades de translocasa y ATPasa de ERCC6L. [ 2 ]
Función
Se predice que el dominio BEN funciona como un adaptador para la estructuración de orden superior de la cromatina y el reclutamiento de factores modificadores de la cromatina en la regulación transcripcional . Se ha sugerido que media las interacciones proteína-ADN y proteína-proteína durante la organización de la cromatina y la transcripción . La presencia de dominios BEN en una proteína virosomal temprana de poxvirus y en proteínas de polidnavirus también sugiere un posible papel en la organización del ADN viral durante la replicación o la transcripción . Generalmente están vinculados a otros dominios globulares con funciones relacionadas con la regulación transcripcional y la estructura de la cromatina, como BTB, C4DM y los dedos C2H2 . [ 1 ]
Ejemplos
El dominio BEN se encuentra en todo el árbol de la vida. En los humanos, se encuentra en 9 proteínas: BANP, BEND2, BEND3, BEND4, BEND5, BEND6, BEND7, NACC1 (BEND8) y NACC2 (BEND9).
En los humanos
- SMAR1 (proteína 1 de unión a la región de unión al andamiaje/matriz; también conocida como BANP ), una proteína supresora de tumores que se une a MAR y que regula negativamente la expresión de la ciclina D1 mediante el reclutamiento del complejo correpresor HDAC1-mSin3A en el locus promotor de la ciclina D1; SMAR1 es el objetivo de la detención del crecimiento inducida por la prostaglandina A2 (PGA2). [ 3 ] [ 4 ]
- NACC1 , un nuevo miembro de POZ/BTB ( virus de la viruela y dedo de zinc /complejo ancho, Tramtrack y Bric-a-brac), pero que se diferencia de otras proteínas de esta clase en que carece del motivo de unión al ADN característico . [ 5 ]
- BEND2 , una proteína de función desconocida, que se cree que participa en la modificación de la cromatina y que se ha asociado clínicamente con trastornos del sistema nervioso central.
En otros organismos
- La isoforma C de Mod(mdg4), el modificador del locus mdg4 en Drosophila melanogaster (mosca de la fruta), donde mdg4 codifica proteínas de la cromatina que participan en la variegación por efecto de posición, el establecimiento de límites de la cromatina, la búsqueda de la ruta nerviosa , el apareamiento de cromosomas meióticos y la apoptosis . [ 6 ] El trans-splicing de Mod(mdg4) produce al menos 26 transcritos.
- Proteína E5R de los virosomas del Chordopoxvirus, que se encuentra en los sitios citoplasmáticos de replicación del ADN viral . [ 7 ]
- Varias proteínas de los polidnavirus.
Referencias
- 1 2 3 Abhiman S, Iyer LM, Aravind L (febrero de 2008). "BEN: un nuevo dominio en factores de cromatina y proteínas virales de ADN" . Bioinformatics . 24 ( 4): 458– 61. doi : 10.1093/bioinformatics/btn007 . PMC 2477736. PMID 18203771 .
- ^ Pitchai GP, Kaulich M, Bizard AH, Mesa P, Yao Q, Sarlos K, et al. (noviembre de 2017). "Una nueva interacción del dominio TPR-BEN media la asociación PICH-BEND3". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (19): 11413– 11424. doi : 10.1093/nar/gkx792 . PMID 28977671 .
- ↑ Rampalli S, Pavithra L, Bhatt A, Kundu TK, Chattopadhyay S (octubre de 2005). "El supresor tumoral SMAR1 media la represión de la ciclina D1 mediante el reclutamiento del complejo SIN3/histona deacetilasa 1" . Biología molecular y celular . 25 (19): 8415–8429 . doi : 10.1128/MCB.25.19.8415-8429.2005 . PMC 1265755. PMID 16166625 .
- ↑ Pavithra L, Rampalli S, Sinha S, Sreenath K, Pestell RG, Chattopadhyay S (2007). "La estabilización del ARNm de SMAR1 por PGA2 implica una estructura de bucle de tallo en la región 5' UTR" . Nucleic Acids Research . 35 (18): 6004– 6016. doi : 10.1093/nar/gkm649 . PMC 2094063. PMID 17726044 .
- ↑ Mackler S, Pacchioni A, Degnan R, Homan Y, Conti AC, Kalivas P, et al. (febrero de 2008). " Requisito de la proteína POZ/BTB NAC1 en la respuesta psicomotora estimulante aguda pero no crónica" . Behavioural Brain Research . 187 (1): 48– 55. doi : 10.1016/j.bbr.2007.08.036 . PMC 2248375. PMID 17945361 .
- ↑ Krauss V, Dorn R (abril de 2004). "Evolución del locus de trans-splicing mod(mdg4) de Drosophila en varias especies de dípteros y lepidópteros". Gene . 331 : 165–176 . doi : 10.1016/j.gene.2004.02.019 . PMID 15094203 .
- ↑ Murcia-Nicolas A, Bolbach G, Blais JC, Beaud G (enero de 1999). "Identificación mediante espectrometría de masas de tres proteínas tempranas principales asociadas a virosomas en células infectadas por el virus vaccinia". Virus Research . 59 (1): 1– 12. doi : 10.1016/S0168-1702(98)00114-2 . PMID 10854161 .
Lecturas adicionales
- Zheng L, Liu J, Niu L, Kamran M, Yang AW, Jolma A, et al. (febrero de 2022). "Bases estructurales distintas para la unión de ADN específica de secuencia por proteínas del dominio BEN de mamíferos" . Genes & Development . 36 ( 3–4 ). Cold Spring Harbor Laboratory: 225–240 . doi : 10.1101/gad.348993.121 . PMC 8887127. PMID 35144965 .
- dominios de proteínas