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BacDive

Bac Dive ( The Bacterial Diversity Database ) is the worldwide largest database for standardized bacterial and archaeal strain-level information. Bac Dive is a comprehensive res...

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BacDive (The Bacterial Diversity Database) is the worldwide largest database for standardized bacterial and archaeal strain-level information.

BacDive is a comprehensive resource containing diverse data on bacterial and archaeal strains, including taxonomy, morphology, physiology, sampling and environmental data and sequence information.[1][2] The database is built on a base of curated data from culture collections. In 2025 BacDive contains information on 99,392 strains, including 21,168 type strains. The database is hosted by the Leibniz Institute DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH and is part of the integrated DSMZ Digital Diversity infrastructure. BacDive is a member of de.NBI - the German Network for Bioinformatics Infrastructure, as well as ELIXIR. The Global Biodata Coalition designated BacDive a Global Core Biodata Resource (GCBR) in 2022.[3] In 2023, BacDive was additionally named as an ELIXIR Core Data Resource.[4]

Database content

BacDive was initially released in April 2012 to standardize and make publicly available strain data of culture collections, other compendia, and publications. The first release, contained 89,758 entries for 18,157 strains and 179 different used data fields.[5]

Today (as of December 2024), the database encompassed over 1000 different data fields. The database now comprises 2,709,516 entries for 99,392 strains. Each entry is linked to a reference.[6] Data for each strain is divided into the categories "Name and taxonomic classification", "Morphology", "Culture and growth conditions, "Physiology and metabolism", "Isolation, sampling and environmental information." "Safety information", "Sequence information".[7]

Since 2023 high-quality predicted data produced using machine learning models trained on curated BacDive data can be found in an additional section titled "Genome-based predictions".[8]

Data access

Data can be accessed either via a GUI, via the RESTful web service.,[9] or via a SPARQL endpoint.

La interfaz gráfica de usuario (GUI) ofrece una búsqueda sencilla con autocompletado para buscar cepas por nombre, número de colección de cultivos, ID fiscal del NCBI o número de acceso de secuencia del INSDC. Además, el usuario puede utilizar la búsqueda avanzada, que permite buscar en 130 campos de datos y ofrece la posibilidad de realizar consultas complejas combinando varios campos. Los datos se pueden descargar en formato CSV para una o varias cepas. [ 10 ]

A través del portal web RESTful, se puede acceder automáticamente al contenido de Bac Dive (se requiere registro gratuito). Para facilitar el uso de la API, se encuentran disponibles clientes de software en Python y R.

Otras bases de datos

Para los datos que no se ajustan al enfoque de Bac Dive , se proporcionan enlaces a otras bases de datos.

Otras bases de datos dentro de la infraestructura de Diversidad Digital de DSMZ:

Bases de datos externas:

Referencias

  1. ↑ Abu-Jamous, Basilea; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Análisis de clústeres integrador en bioinformática . John Wiley & Sons. pág. 448. ISBN  9781118906552.
  2. ↑ Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J (7 de enero de 2022). "Bac Dive en 2022: la base de conocimientos para datos bacterianos y arqueales estandarizados" . Nucleic Acids Research . 50 (Número especial de bases de datos): D741– D746. doi : 10.1093/nar/ gkab961 . PMC 8728306. PMID 34718743 .  
  3. ↑ "La base de datos de Braunschweig es esencial para la investigación bacteriana mundial" . dsmz.de. Consultado el 14 de noviembre de 2024 .
  4. ↑ "ELIXIR anuncia nuevos recursos de datos básicos y recursos de interoperabilidad recomendados" . elixir-europe.org . 14 de diciembre de 2023. Consultado el 14 de noviembre de 2024 .
  5. ↑ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13 de octubre de 2013). "Bac Dive - La metabase de datos de diversidad bacteriana" . Nucleic Acids Research . 42 (número especial de bases de datos): D592– D599. doi : 10.1093/nar/ gkt1058 . PMC 3965005. PMID 24214959 .  
  6. ↑ "Noticias de BacDive" . 19 de diciembre de 2024.
  7. ↑ Reimer, LC; Vetchininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17 de septiembre de 2018). "Bac Dive en 2019: datos fenotípicos bacterianos para análisis de biodiversidad de alto rendimiento" . Nucleic Acids Research . 47 (número especial de bases de datos): D631– D636. doi : 10.1093/nar/gky879 . PMC 6323973. PMID 30256983 .  
  8. ↑ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC (29 de octubre de 2024). "BacDive en 2025: la base de datos central para datos de cepas procariotas" . Nucleic Acids Research . 53 (D1): D748– D756. doi : 10.1093/nar/ gkae959 . PMC 11701647. PMID 39470737 .  
  9. ↑ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30 de septiembre de 2015). "Bac Dive : la base de metadatos de diversidad bacteriana en 2016" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (Problema de base de datos): D581– D585. doi : 10.1093/nar/gkv983 . PMC 4702946 . PMID 26424852 .  
  10. ↑ Schober, I; Koblitz, J; Sardà Carbasse, J; Ebeling, C; Schmidt, ML; Podstawka, A; Gupta, R; Ilangovan, V; Chamanara, J; Overmann, J; Reimer, LC (29 de octubre de 2024). "BacDive en 2025: la base de datos central para datos de cepas procariotas" . Nucleic Acids Research . 53 (D1): D748– D756. doi : 10.1093/nar/ gkae959 . PMC 11701647. PMID 39470737 .  
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  • Servicios web en Bac Dive Archivados el 17/09/2016 en Wayback Machine