Articulo de referencia

Instituto Leibniz DSMZ

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El Instituto Leibniz DSMZ - Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GmbH (en alemán: Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH ), ubicado en Braunschweig , es una infraestructura de investigación perteneciente a la Asociación Leibniz . Originalmente una colección de cultivos de microorganismos (DSM), el DSMZ se ha expandido para ofrecer cultivos celulares , servicios bioinformáticos en línea y servicios de análisis fuera de línea. También alberga proyectos de investigación.

A partir de 2021, DSMZ es la colección de biorrecursos más diversa del mundo con 75 000 accesiones diferentes. [ 1 ] [ 2 ] Estas incluyen microorganismos (incluyendo más de 32 000 cepas bacterianas , 690 cepas de arqueas , 7 000 cepas de levaduras y hongos ), así como más de 840 cultivos de células humanas y animales , más de 1 500 virus de plantas , más de 940 bacteriófagos y 250 plásmidos (estado 2021). [ 2 ]

Desde 2010, el director científico del Instituto Leibniz DSMZ es Jörg Overmann, microbiólogo con doctorado por la Universidad de Constanza. [ 3 ] Es catedrático de microbiología en la Universidad Técnica de Braunschweig . [ 3 ] Desde agosto de 2018, dirige el instituto junto con Bettina Fischer como directora administrativa. [ 3 ]

Historia

Estructura

Casi 200 científicos y personal técnico trabajan actualmente en el DSMZ. [ 4 ] Es una empresa/organización sin ánimo de lucro reconocida como de interés público. [ 1 ] En 2018, el Instituto Leibniz DSMZ fue reconocido como la primera colección registrada del mundo en virtud de la Directiva (Unión Europea) 511/2014, lo que proporciona a todos los usuarios la seguridad jurídica necesaria en el manejo de sus biorrecursos de conformidad con el Protocolo de Nagoya . [ 5 ] [ 6 ] El DSMZ es socio de organizaciones internacionales como la Organización Europea de Colecciones de Cultivos (ECCO), la Federación Mundial de Colecciones de Cultivos (WFCC) y el Sistema Mundial de Información sobre Biodiversidad (GBIF). [ 7 ]

Funciones

DSMZ es un proveedor de servicios global con más de 10 000 clientes en más de 80 países y proporciona microorganismos y cultivos celulares para la investigación universitaria, no universitaria e industrial en ciencias de la vida . También funciona como depósito de patentes y seguridad para material biológico (un total de más de 11 700 biorrecursos) de acuerdo con las directrices del Tratado de Budapest . [ 8 ] Es el único depósito de patentes para biorrecursos en Alemania. [ 9 ] DSMZ solo conserva biorrecursos de nivel de bioseguridad 1 y 2.

Servicios web

En 2010, DSMZ creó el servidor web GGDC (Calculadora de Distancia Genoma a Genoma), que genera un valor análogo a la hibridación ADN-ADN mediante el algoritmo GBDP (Filogenia de Distancia Blast Genoma). Permite comparar genomas completos y genes individuales. GGDC 2 se publicó en 2013. [ 10 ] GGDC 3 se publicó en 2021. [ 11 ] [ 12 ]

En 2012, se creó la base de datos de acceso libre BacDive (The Bacterial Diversity Metadatabase) [ 13 ] , mantenida y curada por el DSMZ. La base de datos contiene información sobre una amplia variedad de cepas de procariotas ; en 2016, se podía encontrar información sobre 53.978 cepas [ 14 ] , y para 2021, el número había aumentado a más de 82.000 [ 15 ] . Para las líneas celulares proporcionadas por el DSMZ, existe un servicio análogo llamado "DSMZCellDive".

En 2017, DSMZ estableció VICTOR, que clasifica los genomas virales según las distancias GGDC en comparación con los genomas de una base de datos de clasificación de referencia ICTV . [ 16 ] En 2021, DSMZ estableció TYGS (Type Strain Genome Server), que permite clasificar un genoma bacteriano cargado según su valor dDDH relativo a los genomas de cepas tipo en la base de datos del servidor. [ 17 ]

En 2020 se estableció en DSMZ una nueva versión de la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN). [ 18 ] En 2021, LPSN se integró estrechamente con TYGS. [ 12 ]

Departamentos

Además de los departamentos de investigación Ecología Microbiana e Investigación de la Diversidad [ 19 ] e Investigación del Genoma Microbiano [ 20 ], los ocho departamentos del DSMZ incluyen los departamentos de colecciones Microorganismos [ 21 ] Biorrecursos para la Investigación en Bioeconomía y Salud [ 22 ] Líneas Celulares Humanas y Animales [ 23 ] y Virus Vegetales [ 24 ] , así como los departamentos de Analítica [ 25 ] y Bioinformática, TI y Bases de Datos [ 26 ] . El establecimiento de grupos de investigación junior independientes (a partir de 2021: VirusInteract (interacciones de virus vegetales con sus huéspedes) y Biotecnología Microbiana ) proporciona oportunidades de cualificación para jóvenes científicos que realizan investigaciones sobre temas seleccionados y actuales.

Referencias

  1. 1 2 "Misión" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH . Recuperado el 30-11-2023 .
  2. 1 2 "Catálogo" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH . Recuperado el 30-11-2023 .
  3. 1 2 3 "Gestión" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH .
  4. "Bakterien für ein besseres und gesünderes Leben" [ Bacterias para una vida mejor y más saludable ] . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH (en alemán). 2019-10-21.
  5. "Colección" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH . Consultado el 30 de noviembre de 2023 .
  6. "Protocolo de Nagoya" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH . Consultado el 30 de noviembre de 2023 .
  7. "Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH: Red" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH . Consultado el 26 de diciembre de 2023 .
  8. "Guía para el depósito de microorganismos en virtud del Tratado de Budapest" . Organización Mundial de la Propiedad Intelectual . Consultado el 23 de junio de 2025 .
  9. "Depósito de patente" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH . Consultado el 30 de noviembre de 2023 .
  10. Meier-Kolthoff JP, Auch AF, Klenk HP, Goeker M (2013). "Delimitación de especies basada en secuencias genómicas con intervalos de confianza y funciones de distancia mejoradas" . BMC Bioinformatics . 14 : 60. doi : 10.1186/1471-2105-14-60 . PMC 3665452. PMID 23432962 .  
  11. "Noticias y anuncios" . ggdc.dsmz.de .
  12. ^ Meier -Kolthoff, enero P; Carbasse, Joaquim Sardá; Peinado-Olarte, Rosa L; Göker, Markus (7 de enero de 2022). "TYGS y LPSN: un tándem de bases de datos para una clasificación y nomenclatura de procariotas basada en el genoma rápida y confiable" . Investigación de ácidos nucleicos . 50 (D1): D801– D807. doi : 10.1093/nar/gkab902 . PMC 8728197 . 
  13. "BacDive" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH .
  14. Söhngen, Carola; Podstawka, Adam; Litera, Boyke; Gleim, Dorotea; Vetcininova, Anna; Reimer, Lorenz Christian; Ebeling, cristiano; Pendarovski, Cezar; Overmann, Jörg (4 de enero de 2016). "Bac Dive : la metadatos de diversidad bacteriana en 2016" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D581– D585. doi : 10.1093/nar/gkv983 . PMC 4702946 . PMID 26424852 .  
  15. "BacDive | La metadatabase de diversidad bacteriana" . bacdive.dsmz.de . Consultado el 1 de diciembre de 2023 .
  16. Meier-Kolthoff, Jan P; Göker, Markus (1 de noviembre de 2017). "VICTOR: filogenia y clasificación de virus procariotas basadas en el genoma" . Bioinformatics . 33 (21): 3396–3404 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx440 . PMC 5860169 . 
  17. Meier-Kolthoff, Jan P.; Göker, Markus (16 de mayo de 2019). "TYGS es una plataforma automatizada de alto rendimiento para la taxonomía basada en genomas de última generación" . Nature Communications . 10 (1). doi : 10.1038/s41467-019-10210-3 . PMC 6522516 . 
  18. Parte, AC; Sardà Carbasse, J.; Meier-Kolthoff, JP; Reimer, LC; Göker, M. (2020). " La lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) se traslada a la DSMZ" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 70 (11): 5607– 5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 . PMC 7723251. PMID 32701423 .  
  19. "Investigación sobre ecología y diversidad microbiana" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH .
  20. "Investigación del genoma microbiano" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH .
  21. "Microorganismos" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH .
  22. "Biorrecursos para la bioeconomía y la investigación en salud" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH .
  23. "Líneas celulares humanas y animales" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH .
  24. "Virus vegetales" . Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GMBH .
  25. "Análisis" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH .
  26. "Bioinformática" . Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GMBH .