Cosechador bioinformático

El Bioinformatic Harvester era un metabuscador bioinformático creado por el Laboratorio Europeo de Biología Molecular ^{[ 1 ]} y posteriormente alojado y desarrollado por el Instituto Tecnológico KIT Karlsruhe para información relacionada con genes y proteínas. Actualmente, Harvester funciona con información basada en humanos , ratones , ratas , peces cebra , drosophila y arabidopsis thaliana . Harvester enlaza más de 50 recursos bioinformáticos populares y permite búsquedas cruzadas. Harvester proporciona decenas de miles de páginas diariamente a científicos y médicos. Desde 2014, el servicio está inactivo.

Cómo funciona Harvester

Harvester recopila información de bases de datos de proteínas y genes, junto con información de los llamados "servidores de predicción". Los servidores de predicción, por ejemplo, proporcionan análisis de secuencias en línea para una sola proteína. El índice de búsqueda de Harvester se basa en la colección de información de proteínas IPI y UniProt . Las colecciones constan de:

Aproximadamente 72.000 páginas de proteínas humanas, 57.000 de ratones, 41.000 de ratas, 51.000 de peces cebra y 35.000 de Arabidopsis, que enlazan entre sí unos 50 recursos bioinformáticos importantes.

Harvester enlaza varios tipos de información

Información basada en texto

De las siguientes bases de datos:

UniProt , una de las bases de datos de proteínas más grandes.
FUENTE , resumen práctico de información genética
Herramienta de investigación de arquitectura modular simple (SMART)
SOSUI predice dominios transmembrana
PSORT predice la localización de proteínas
HomoloGene compara proteínas de diferentes especies.
gfp-cdna , localización de proteínas mediante microscopía de fluorescencia
Índice Internacional de Proteínas (IPI)

Bases de datos ricas en elementos gráficos

Estas bases de datos no se recopilan, sino que se interconectan y se muestran mediante iframes . Un iframe es una ventana dentro de una página HTML que permite visualizar e interactuar con la base de datos vinculada. Varios de estos iframes se combinan en una única página de proteínas de Harvester. Esto permite comparar de forma simultánea y sencilla la información de varias bases de datos.

NCBI- BLAST , un algoritmo para comparar secuencias biológicas del NCBI
Ensembl , anotación automática de genes por el EMBL- EBI y el Instituto Sanger.
FlyBase es una base de datos del organismo modelo Drosophila melanogaster.
GoPubMed es un motor de búsqueda basado en el conocimiento para textos biomédicos.
iHOP , información con hipervínculos sobre proteínas mediante sinónimos de genes/proteínas.
El proyecto Herencia Mendeliana en el Hombre cataloga todas las enfermedades conocidas.
RZPD , Centro Alemán de Recursos para la Investigación del Genoma en Berlín/Heidelberg
STRING , herramienta de búsqueda para la recuperación de genes/proteínas que interactúan, desarrollada por EMBL , SIB y UZH.
Red de información sobre el pez cebra
Base de datos de localización subcelular LOCATE (ratón)

Acceso desde una aplicación externa

Navegador de genomas , ensamblajes preliminares de genomas de UCSC
Google Académico
Mitocheck
PolyMeta , metabuscador para Google, Yahoo, MSN, Ask, Exalead, AllTheWeb, GigaBlast

Lo que uno puede encontrar

Harvester permite combinar diferentes términos de búsqueda y palabras individuales.

Ejemplos de búsqueda:

Nombre del gen: "golga3"
Alias del gen: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (un solo nombre de gen es suficiente)
Ontologías genéticas: "Vía de señalización de la proteína receptora ligada a enzimas"
Unigene -Clúster: "Hs.449360"
Anotación Go: "transporte intra-Golgi"
Función molecular: "unión a la proteína quinasa"
Proteína: "Q9NPD3"
Dominio proteico: "SH2 sar"
Localización de la proteína: "retículo endoplasmático"
Cromosoma: "2q31"
Relevante para la enfermedad: utilice la palabra "enlace a la enfermedad".
Combinaciones: "golgi diseaselink" (encuentra todas las proteínas del aparato de Golgi asociadas a una enfermedad)
ARNm : "AL136897"
Palabra: "Cáncer"
Comentario: "muy expresado en el corazón"
Autor: "Merkel, Schmidt"
Publicación o proyecto: " Proyecto de secuenciación de ADNc "

Véase también

Literatura

Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (agosto de 2004). "'Harvester': un motor de metabúsqueda rápido de recursos de proteínas humanas" . Bioinformática . 20 (12): 1962–3 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth146 . PMID 14988114 .
Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Bioinformatic "Harvester": Un motor de búsqueda para recursos de proteínas de todo el genoma humano, de ratón y de rata". GTPasas que regulan la dinámica de la membrana . Métodos en enzimología. Vol. 404. págs. 19–26 . doi : 10.1016/S0076-6879(05)04003-6 . ISBN 9780121828097. PMID 16413254 .

Notas y referencias

↑ Manoj, M; Elizabeth, Jacob (octubre de 2008). "Recuperación de información en Internet mediante motores de metabúsqueda: una revisión" (PDF) . Journal of Scientific & Industrial Research . 67 (10): 739–746 . ISSN 0022-4456 .

Enlaces externos

Sitio web oficial de Bioinformatic Harvester V enel Instituto Tecnológico de Karlsruhe
"Harvester42 en KIT: integración de 50 motores de búsqueda generales" . Consultado el 6 de enero de 2013 .{{cite web}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace )

[1] Manoj, M; Elizabeth, Jacob (octubre de 2008). "Recuperación de información en Internet mediante motores de metabúsqueda: una revisión" (PDF) . Journal of Scientific & Industrial Research . 67 (10): 739–746 . ISSN 0022-4456 .

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