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Articulo de referencia

C6orf58

C6orf58 es un gen humano ubicado en el locus 6q22.33 del cromosoma 6 y codifica para UPF0762, una proteína que posteriormente se secreta tras la escisión de un péptido señal . [...

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C6orf58 es un gen humano ubicado en el locus 6q22.33 del cromosoma 6 y codifica para UPF0762, una proteína que posteriormente se secreta tras la escisión de un péptido señal . [ 5 ] DUF781, que es el único dominio identificable en UPF0762, está relacionado con el desarrollo del hígado en una proteína ortóloga en el pez cebra . [ 6 ] La función de la UPF0762 humana aún no está bien caracterizada. [ 7 ]

Gen y ARNm

Expresión

Aunque existen 3 variantes de empalme de C6orf58, solo una codifica una proteína funcional. [ 7 ] En humanos, las etiquetas de secuencia expresada de C6orf58 se detectaron principalmente en la laringe y la tráquea . [ 8 ] Los transcritos solo se detectaron durante la etapa adulta del desarrollo. [ 8 ] Sin embargo, los datos experimentales de microarrays revelan regiones adicionales de expresión de C6orf58, concretamente en la glándula salival , la tiroides y el intestino delgado . [ 9 ] El arsénico también puede regular la expresión, ya que aumenta la metilación del promotor de C6orf58 . [ 10 ]

Perfil de expresión tisular de C6orf58
Un experimento de microarrays realizado en diversos tejidos muestra que la expresión de C6orf58 es limitada.

Vecindario genético

Los genes ubicados a menos de 500 kilobases de C6orf58 incluyen RSPO3 , C6orf174 , KIAA0408 , RPL17P23 , ECHDC1 , RPL5P18 , YWHAZP4 , LOC100420743 , LOC100421513 , MRPS17P5 y THEMIS .

Homología

A continuación se muestra una selección de secuencias homólogas, cuya identidad se calcula en comparación con la secuencia de referencia humana.

Proteína

Propiedades

La espectrometría de masas ha demostrado que el peso molecular observado de UPF0762 es de 32 kDa. [ 12 ] Aún no está claro por qué el peso molecular observado es menor que el predicho, incluso después de considerar la escisión del péptido señal. La unión de un azúcar en el sitio de glicosilación N-ligada también aumentaría el peso molecular.

Homología

UPF0762 muestra una alta homología en primates y se pueden rastrear proteínas ortólogas hasta Trichoplax adhaerens . La lista de proteínas que aparece a continuación no es exhaustiva. La identidad y similitud de secuencias se determinaron mediante BLAST [ 13 ] con la secuencia humana de referencia como consulta.

Dominios conservados

DUF781 es el dominio singular de la proteína y abarca 318 de los 330 aminoácidos de la misma . DUF781 se ha relacionado con el desarrollo del hígado en el pez cebra . [ 6 ]

Modificaciones postraduccionales

Las modificaciones postraduccionales observadas incluyen la glicosilación N-ligada en el aminoácido 69. [ 14 ] Un péptido señal, que se predice que dirige la proteína al retículo endoplasmático para su secreción, [ 15 ] se escinde de los primeros 20 aminoácidos de la secuencia peptídica. [ 5 ] La mutación de sentido erróneo S18F detectada en el carcinoma hepatocelular [ 16 ] reduce significativamente la puntuación de escisión predicha del péptido señal. [ 17 ]

Estructura proteica anotada de UPF0762 que indica los aminoácidos sujetos a modificación postraduccional.
Representación gráfica de UPF0762 que muestra diversas modificaciones postraduccionales.

Interacciones

Se ha informado que el gen humano C6orf58 interactúa con la enzima ribonucleótido reductasa codificada por el virus vaccinia mediante un ensayo de doble híbrido en levadura . [ 18 ]

Patología

El análisis estadístico ha demostrado que C6orf58 está asociado con el tiempo de supervivencia del cáncer de páncreas . [ 19 ] Además, se ha observado una mutación de sentido erróneo en el aminoácido 18 en células de cáncer de hígado donde la serina se convierte en fenilalanina . [ 16 ] El análisis de la secuencia de proteína mutada para un péptido señal muestra que se pierde la capacidad de escisión en el aminoácido regular 20. [ 17 ] La asociación de DUF781 con el desarrollo hepático y la asociación de la mutación de sentido erróneo con el cáncer de hígado es una correlación que aún debe investigarse.

Un análisis SignalP de la secuencia de referencia y de una secuencia con la mutación S18F mostró una disminución significativa en la escisión del péptido señal. La leyenda está disponible en el resumen de la imagen.
Un análisis SignalP de la secuencia de referencia y de una secuencia con la mutación S18F dio como resultado una disminución significativa en la escisión del péptido señal.

Referencias

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  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000015519 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
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