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Articulo de referencia

División candidata SR1 y código de gracilibacteria

La división candidata SR1 y el código de gracilibacterias (tabla de traducción 25) se utilizan en dos grupos de bacterias (hasta ahora) no cultivadas que se encuentran en ambien...

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La división candidata SR1 y el código de gracilibacterias (tabla de traducción 25) se utilizan en dos grupos de bacterias (hasta ahora) no cultivadas que se encuentran en ambientes marinos y de agua dulce, así como en los intestinos y cavidades orales de mamíferos, entre otros. [ 1 ] La diferencia con el código estándar y el código bacteriano es que UGA representa un codón de glicina adicional y no codifica para la terminación. [ 2 ] Un estudio de muchos genomas con el software de asignación de codones Codetta, [ 3 ] analizado a través del sistema de taxonomía GTDB [ 4 ] (versión 220) muestra que este código genético se limita al orden Patescibacteria BD1-5, no a lo que ahora se denomina Gracilibacteria, y que el ensamblaje del genoma SR1 GCA_000350285.1 para el cual se definió originalmente el código de la tabla 25 en realidad utiliza el código genético de Absconditibacterales y tiene los tres ARNt de recodificación especiales asociados. Por lo tanto, este código ahora podría denominarse mejor "código BD1-5".

El código

   AAs = FFLLSSSSYY**CCGWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG
Starts = ---M-------------------------------M---------------M------------
 Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

Bases: adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T) o uracilo (U).

Aminoácidos: Alanina (Ala, A), Arginina (Arg, R), Asparagina (Asn, N), Ácido aspártico (Asp, D), Cisteína (Cys, C), Ácido glutámico (Glu, E), Glutamina (Gln, Q), Glicina (Gly, G), Histidina (His, H), Isoleucina (Ile, I), Leucina (Leu, L), Lisina (Lys, K), Metionina (Met, M) , Fenilalanina (Phe, F), Prolina (Pro, P), Serina (Ser, S), Treonina (Thr, T), Triptófano (Trp, W), Tirosina (Tyr, Y) y Valina (Val, V).

Diferencia con el código estándar

Codones de iniciación

  • AGOSTO, GUG, UUG

Rango sistemático

Véase también

Referencias

Este artículo incorpora texto de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos , que es de dominio público . [ 5 ]

  1. ↑ Davis, James P.; Youssef, Noha H.; Elshahed, Mostafa S. (junio de 2009). "La evaluación de la diversidad, abundancia y distribución ecológica de los miembros de la división candidata SR1 revela un alto nivel de diversidad filogenética pero una diversidad morfotípica limitada" . Microbiología Aplicada y Ambiental . 75 (12): 4139– 4148. Bibcode : 2009ApEnM..75.4139D . doi : 10.1128/AEM.00137-09 . ISSN 1098-5336 . PMC 2698373. PMID 19395567 .   
  2. ↑ JH Campbell; O'P. Donoghue; AG Campbell; P. Schwientek; A. Sczyrba; T. Woyke; D. Söll; M. Podar (2 de abril de 2013). "UGA es un codón de glicina adicional en bacterias SR1 no cultivadas de la microbiota humana" . Proc Natl Acad Sci USA . 110 (14): 5540–5 . Bibcode : 2013PNAS..110.5540C . doi : 10.1073/ pnas.1303090110 . PMC 3619370. PMID 23509275 .  
  3. ↑ Shulgina, Yekaterina; Eddy, Sean R. (9 de noviembre de 2021). " Un análisis computacional de códigos genéticos alternativos en más de 250 000 genomas" . eLife . 10 e71402. doi : 10.7554/eLife.71402 . PMC 8629427. PMID 34751130 .  
  4. ↑ Parks, Donovan H.; Chuvochina, Maria; Chaumeil, Pierre-Alain; Rinke, Christian; Mussig, Aaron J.; Hugenholtz, Philip (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para Bacteria y Archaea". Nature Biotechnol . 38 (9): 1079– 1086. doi : 10.1038/s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . 
  5. ↑ Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. "Los códigos genéticos" . Navegador de taxonomía . Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU . Consultado el 19 de marzo de 2016 .