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Articulo de referencia

Chloroflexota

{{cite journal | vauthors = Oren A, Garrity GM | title = Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes | journal = Int J Syst Evol Microbiol | year = 2021 | v...

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Las Chloroflexota son un filo de bacterias que se describen principalmente como bacterias verdes del azufre . Este filo contiene clases con una amplia gama de fenotipos, incluyendo miembros termófilos aerobios , que utilizan oxígeno y crecen bien a altas temperaturas; fotótrofos anoxigénicos , que utilizan la luz para la fotosíntesis ; y halorrespiradores anaerobios , que utilizan compuestos orgánicos halogenados (como los etenos clorados tóxicos y los bifenilos policlorados ) como aceptores de electrones.

El filo consta de ocho clases distintas: Anaerolinae , Ardenticatenia , Caldilineae , Chloroflexia , Dehalococcoidia , Ktedonobacteria , Tepidiformia y Thermoflexia [ 2 ] .

Los miembros del filo Chloroflexota son monodermos (es decir, tienen una membrana celular sin membrana externa), pero las especies se tiñen tanto de gram positivas como de gram negativas . Muchos filos de bacterias bien estudiados son didermos y se tiñen de gram negativas , mientras que entre los monodermos bien conocidos que se tiñen de gram positivas se incluyen Firmicutes (o Bacillota ) ( gram positivas con bajo contenido de G+C ) y Actinomycetota (gram positivas con alto contenido de G+C).

Historia

El nombre del taxón se creó en la edición de 2001 del Volumen 1 del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey y es el plural latino del nombre Chloroflexus , el nombre del género tipo del filo, una práctica común . [ 3 ]

En 1987, Carl Woese , considerado uno de los precursores de la revolución de la filogenia molecular, dividió las Eubacterias en 11 divisiones basándose en secuencias de ARN ribosomal 16S (SSU) y agrupó los géneros Chloroflexus , Herpetosiphon y Thermomicrobium en las "bacterias verdes no sulfurosas y parientes", [ 4 ] [ 5 ] que fueron renombradas temporalmente como "Chloroflexi" en el Volumen Uno del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey. [ 6 ]

Dado que Chloroflexota es un filo de ramificación profunda (véase Filos bacterianos ), en el Volumen Uno del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey se consideró que incluía una sola clase con el mismo nombre. [ 6 ] Sin embargo, desde 2001 se han creado nuevas clases gracias a especies recién descubiertas, y el filo Chloroflexi ahora se divide en varias clases.

" Dehalococcoidetes " es un nombre provisional dado por Hugenholtz y Stackebrandt, 2004, [ 7 ] después de " Dehalococcoides ethenogenes ", una especie descrita parcialmente en 1997. [ 8 ] La primera especie descrita completamente fue Dehalogenimonas lykanthroporepellens , por Moe et al. 2009, [ 9 ] pero en la descripción de esa especie no se oficializó la clase ni se establecieron familias u órdenes, ya que las dos especies comparten solo un 90% de identidad de ARN ribosomal 16S , lo que significa que podrían pertenecer a diferentes familias o incluso órdenes. [ 9 ]

Análisis filogenético reciente de Chloroflexota ha encontrado un apoyo muy débil para la agrupación de las diferentes clases que actualmente forman parte del filo. [ 10 ] Las seis clases que componen el filo no formaron consistentemente un clado bien respaldado en árboles filogenéticos basados ​​en secuencias concatenadas para grandes conjuntos de datos de proteínas, y no se identificaron indels característicos conservados que fueran compartidos exclusivamente por todo el filo. [ 10 ] Sin embargo, se encontró que las clases Chloroflexi y Thermomicrobia se agrupan consistentemente tanto por los medios filogenéticos habituales como por la identificación de indels característicos conservados compartidos en la proteína ribosómica 50S L19 y la enzima UDP-glucosa 4-epimerasa. [ 10 ] Se ha sugerido que el filo Chloroflexi sensu stricto debería comprender solo las clases Chloroflexi y Thermomicrobia, y las otras cuatro clases ("Dehalococcoidetes," Anaerolineae, Caldilineae y Ktedonobacteria) pueden representar uno o más filos independientes que se ramifican en la vecindad de Chloroflexi. [ 10 ]

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) [ 11 ] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [ 12 ]

Taxonomía

Género " Candidatus Caldibacter " corrig. Spiek et al. 2020 Género " Candidatus Chlorotrichoides " corrig. Oren et al. 2020 [" Candidatus Chlorothrix " Klappenbach & Pierson 2004 no Dyar 1921 no Berger-Perrot 1982 [ 22 ] ] Género " Candidatus Nitrocaldera " Spieck et al. 2020 Género " Candidatus Nitrotheca " Spieck et al. 2020 Clase " Bathosphaeria " Mehrshad et al. 2018

  • Orden "Bathosphaerales" Mehrshad et al. 2018
    • Familia "Bathosphaeraceae" Mehrshad et al. 2018
      • Género  ?" Candidatus Bathosphaera " Mehrshad et al. 2018 (JG30-KF-CM66)

Clase " Martimicrobia " Williams et al. 2024

  • Orden "Martimicrobianos" Williams et al. 2024
    • Familia "Martimicrobiaceae" Williams et al. 2024

Clase " Poriflexia " Mehrshad et al. 2018

  • Género  ?" Candidatus Poriflexus " Kogawa et al. 2022

Clase " Spiritibacteria " Williams et al. 2024

  • Orden "Spiritibacterales" Williams et al. 2024
    • Familia "Spiritibacteraceae" Williams et al. 2024
      • Género  ?" Candidatus Aglaurobacter " Williams et al. 2024
      • Género  ?" Candidatus Otrerea " Williams et al. 2024
      • Género  ?" Candidatus Spiritibacter " Williams et al. 2024

Clase " Tarhunnaeia " Williams et al. 2024

  • Orden "Tarhunnaeales" Williams et al. 2024
    • Familia "Tarhunnaeaceae" Williams et al. 2024
      • Género  ?" Candidatus Sutekhia " Williams et al. 2024
      • Género  ?" Candidatus Tarhunnaea " Williams et al. 2024

Clase " Uliximicrobia " Williams et al. 2024

  • Orden "Uliximicrobiales" Williams et al. 2024
    • Familia "Uliximicrobiaceae" Williams et al. 2024

Clase " Umbricyclopia " Mehrshad et al. 2018

  • Orden "Umbricyclopales" Mehrshad et al. 2018
    • Familia "Umbricyclopaceae" Mehrshad et al. 2018
      • Género  ?" Candidatus Umbricyclops " Mehrshad et al. 2018 (TK10)

Clase " Limnocylindria " Mehrshad et al. 2018

  • Orden "Limnocylindrales" Mehrshad et al. 2018
    • Familia "Limnocylindraceae" Mehrshad et al. 2018 (SL56)
      • Género " Candidatus Aquidulcis " corrig. Rodríguez-R et al. 2020
      • Género " Candidatus Limnocylindrus " Mehrshad et al. 2018

Clase Ktedonobacteria Cavaletti et al. Enmienda de 2007. Yabe et al. 2010

  • Orden Thermogemmatisporales Yabe et al. 2011
  • Orden Ktedonobacterales Cavaletti et al. 2007

Clase Thermomicrobiia Oren, Parte y Garrity 2016

Clase Chloroflexia Gupta et al. 2013

Clase Tepidiformia Kochetkova et al. 2020

  • Orden Tepidiformales Kochetkova et al. 2020
    • Familia Tepidiformaceae Kochetkova et al. 2020

Clase Dehalococcoidia Löffler et al. 2013

  • Orden Dehalococcoidales Löffler et al. 2013
  • Orden "Lucifugimonadales" Lim et al. 2023
    • Familia "Lucifugimonadaceae" Lim et al. 2023
      • Género " Candidatus Lucifugimonas " Lim et al. 2023 [SAR202; UBA1151]
  • Orden "Australimonadales" Prabhu et al. 2024
    • Familia "Australimonadaceae" Prabhu et al. 2024
      • Género " Candidatus Australimonas " Prabhu et al. 2024 [UBA2963]
  • Orden "Monstramariales" Landry et al. 2017 [SAR202 grupo III; UBA3495]
    • Familia "Monstramariaceae" Landry et al. 2017

Clase Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013

  • Orden Ardenticatenales Kawaichi et al. 2013
    • Familia Ardenticatenaceae Kawaichi et al. 2013
  • Orden "Epilineales" Petriglieri et al. 2023
    • Familia "Epilineaceae" Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Avedoeria " Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Epilinea " Petriglieri et al. 2023

Clase " Caldilineia " Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020

  • Orden Caldilineales Yamada et al. 2006
    • Familia "Amarolineaceae" Andersen et al. 2019
      • Género " Candidatus Amarolinea " Andersen et al. 2019
    • Familia Caldilineaceae Yamada et al. 2006

Clase Thermoflexia Dodsworth et al. 2014

  • Orden Thermoflexales Dodsworth et al. 2014
    • Familia "Roseilineaceae" Ward et al. 2021
      • Género " Candidatus Brachythrix " Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Roseilinea " Thiel et al. 2016
    • Familia Thermoflexaceae Dodsworth et al. 2014

Clase " Thermofontia " correg. Ward et al. 2018

  • Orden "Phototrophicales" Zheng et al. 2022
    • Familia "Phototrophicaceae" Zheng et al. 2022

Clase " Anaerolineia " Oren, Parte & Garrity 2016

  • Género  ?" Candidatus Defluviifilum " Nierychlo et al. 2019
  • Familia "Profundisolitariaceae" Mehrshad et al. 2018
  • Orden "Promineifilales" Chuvochina et al. 2023
    • Familia "Promineifilaceae" Chuvochina et al. 2023
      • Género " Candidatus Hadersleviella " Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Leptofilum " Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Leptovillus " Petriglieri et al. 2023
      • Género " Candidatus Promineifilum " corrig. McIlroy et al. 2016
      • Género " Candidatus Trichofilum " Petriglieri et al. 2023
  • Orden Aggregatilineales Nakahara et al. 2019
    • Familia Aggregatilineaceae Nakahara et al. 2019
  • Orden Anaerolineales Yamada et al. 2006

Etimología

El nombre Chloroflexi es un neolatino nominativo masculino plural de Chloroflexus , que es el nombre del primer género descrito. El sustantivo es una combinación del adjetivo griego chloros, -a, on (χλωρός, -ά, -όν) , [ 27 ] que significa "verde amarillento", y el participio perfecto pasivo masculino latino flexus (de flecto ), [ 28 ] que significa "doblado". [ 6 ] La etimología no está relacionada con el cloro , un elemento que fue descubierto en 1810 por Sir Humphry Davy y nombrado por su color verde pálido. Otro filo con la misma raíz es Chlorobiota , mientras que " Cianobacteria " tiene la raíz cyanos ( κύανος ), que significa "azul verdoso". [ 29 ]

A diferencia de otros filos, no existe una raíz temática en el nombre de los géneros de Chloroflexota, y de hecho muchos géneros que comienzan con " Chloro- " o terminan en "-chloris" son cianobacterias o clorobios.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas" . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308 .  
  2. ↑ Freches, Andre; Costa, Fradinho (18 de junio de 2024). "El potencial biotecnológico del filo Chloroflexota" . Applied and Environmental Microbiology . 90 (6) e01756-23. Bibcode : 2024ApEnM..90E1756F . doi : 10.1128 / aem.01756-23 . PMC 11218635. PMID 38709098 .  
  3. ↑ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26 de julio de 2005) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Ensayos introductorios . Manual de bacteriología sistemática de Bergey. Vol. 2A (2.ª ed.). Nueva York: Springer. pág. 304. ISBN    978-0-387-24143-2Biblioteca Británica n.º GBA561951.
  4. ↑ Holland L. (22 de mayo de 1990). "Woese, Carl a la vanguardia de la revolución de la evolución bacteriana". Scientist . 4 (10).
  5. ↑ Woese, CR (1987). " Evolución bacteriana" . Microbiological Reviews . 51 (2): 221– 271. doi : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105. PMID 2439888 .  
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  10. 1 2 3 4 Gupta, RS; Chander, P.; George, S. (2012). "Marco filogenético y firmas moleculares para la clase Chloroflexi y sus diferentes clados; propuesta para la división de la clase Chloroflexi class. nov. en el suborden Chloroflexineae subord. nov., que consta de la familia enmendada Oscillochloridaceae y la familia Chloroflexaceae fam. nov., y el suborden Roseiflexineae subord. nov., que contiene la familia Roseiflexaceae fam. nov." Antonie van Leeuwenhoek . 103 (1): 99– 119. doi : 10.1007/s10482-012-9790-3 . PMID 22903492 . S2CID 17656551 .  
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