Coeficiente de coincidencia

En genética, el coeficiente de coincidencia (coc) es una medida de la interferencia en la formación de entrecruzamientos cromosómicos durante la meiosis . Generalmente, si hay un entrecruzamiento en un punto de un cromosoma, disminuye la probabilidad de que ocurra un entrecruzamiento en un punto cercano. ^{[ 1 ]} Esto se denomina interferencia.

El coeficiente de coincidencia se calcula típicamente a partir de las tasas de recombinación entre tres genes. Si hay tres genes en el orden ABC, podemos determinar su grado de ligamiento mediante la frecuencia de recombinación. Conociendo la tasa de recombinación entre A y B, y la tasa de recombinación entre B y C, cabría esperar que la tasa de recombinación doble fuera el producto de estas dos tasas.

El coeficiente de coincidencia se calcula dividiendo la frecuencia real de recombinantes dobles por esta frecuencia esperada: ^{[ 1 ]}

coc = frecuencia real de recombinación doble / frecuencia esperada de recombinación doble

La interferencia se define entonces de la siguiente manera: ^{[ 1 ]}

interferencia = 1 − coc

Esta figura nos indica hasta qué punto un entrecruzamiento en una de las regiones de ADN (AB o BC) interfiere con la formación de un entrecruzamiento en la otra región.

Se cruzaron hembras de Drosophila con genotipo a ⁺ a b ⁺ b c ⁺ c con machos con genotipo aa bb cc . Esto dio como resultado 1000 descendientes con los siguientes fenotipos :

a ⁺ b ⁺ c ⁺ : 244 (genotipo parental, no muestra recombinación)

a ⁺ b ⁺ c: 81 (recombinante entre B y C)

a ⁺ bc ⁺ : 23 (doble recombinante)

a ⁺ bc: 152 (recombinante entre A y B)

ab ⁺ c ⁺ : 148 (recombinante entre A y B)

ab ⁺ c: 27 (doble recombinante)

abc ⁺ : 89 (recombinante entre B y C)

abc: 236 (genotipo parental, no muestra recombinación)

A partir de estos números, queda claro que el locus b ⁺ /b se encuentra entre el locus a ⁺ /a y el locus c ^{+ /c.}

Hay 23 + 152 + 148 + 27 = 350 descendientes que muestran recombinación entre los genes A y B. Y hay 81 + 23 + 27 + 89 = 220 descendientes que muestran recombinación entre los genes B y C. Por lo tanto, la tasa esperada de doble recombinación es (350 / 1000) * (220 / 1000) = 0,077, o 77 por cada 1000.

Sin embargo, en realidad solo hay 23 + 27 = 50 recombinantes dobles. Por lo tanto, el coeficiente de coincidencia es 50 / 77 = 0,65.

La interferencia es 1 − 0,65 = 0,35.

Cuando tres marcadores genéticos, a, b y c, están muy cerca (por ejemplo, dentro del mismo gen ), el coeficiente de coincidencia (calculado como en el ejemplo anterior) suele ser significativamente mayor que 1. Esto implica que cualquier evento de recombinación individual tiende a estar más estrechamente asociado con otro evento de recombinación cercano de lo que cabría esperar por azar. Este tipo de asociación se conoce como "interferencia negativa". Cuando el coeficiente de coincidencia es sustancialmente mayor que 1, se denomina "alta interferencia negativa". Se ha informado de una alta interferencia negativa en el bacteriófago T4 (por ejemplo ^{, [ 2 ] [ 3 ]} ) y en infecciones por el virus de la inmunodeficiencia humana ( VIH ). ^{[ 4 ] [ 5 ]}