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Articulo de referencia

Depsipéptido

Ejemplo de un depsipéptido con 3 grupos amida (resaltados en azul ) y un grupo éster (resaltado en verde ). Un depsipéptido es un péptido en el que uno o más enlaces amida , -C(...

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Ejemplo de un depsipéptido con 3 grupos amida (resaltados en azul ) y un grupo éster (resaltado en verde ).

Un depsipéptido es un péptido en el que uno o más enlaces amida , -C(O)NHR-, se reemplazan por el éster correspondiente , -C(O)OR-. [ 1 ] Los depsipéptidos suelen contener enlaces amida y éster alternados. [ 2 ] La eliminación de un enlace amida en la estructura de un péptido produce una disminución de la capacidad de formación de enlaces de hidrógeno, que es responsable de la estructura secundaria dentro de los péptidos, induciendo así deformaciones estructurales y diversidad. [ 2 ] [ 3 ] Debido a la menor deslocalización electrónica en los ésteres en relación con las amidas, los depsipéptidos tienen barreras de rotación más bajas y, por lo tanto, son estructuras bastante flexibles y maleables. [ 2 ] [ 3 ] Se producen principalmente en la naturaleza por bacterias que habitan en el suelo y los sedimentos marinos . [ 4 ]

Estructura química de la romidepsina

Un ejemplo de fármaco depsipeptídico es el agente anticancerígeno romidepsina , un conocido inhibidor de la histona deacetilasa (HDACi). Fue aislado por primera vez como producto de fermentación de la bacteria del suelo Chromobacterium violaceum por la compañía farmacéutica Fujisawa. [ 5 ] [ 6 ]

Las estreptograminas , específicamente la estreptogramina B , son depsipéptidos que se unen a la subunidad 50S de los ribosomas bacterianos. [ 7 ] En datos preliminares de 2010 se demostró que la etamicina tenía una potente actividad contra el SARM en un modelo de ratón. [ 8 ]

Varios depsipéptidos de Streptomyces exhiben actividad antimicrobiana. [ 9 ] [ 10 ] Estos forman una nueva clase potencial de antibióticos conocidos como acildepsipéptidos (ADEP). Los ADEP se dirigen a la proteasa lítica de caseína (ClpP) y la activan para iniciar la degradación incontrolada de péptidos y proteínas mal plegadas, eliminando muchas bacterias Gram positivas. [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]

Los depsipéptidos pueden formarse mediante una reacción de Passerini . [ 14 ]

Referencias

  1. ↑ IUPAC , Compendio de Terminología Química , 5.ª ed. (el "Libro de Oro") (2025). Versión en línea: (2006 – ) " depsipéptidos ". doi : 10.1351/goldbook.D01604
  2. 1 2 3 Avan, Ilker; Tala, Srinivasa R.; Steel, Peter J.; Katritzky, Alan R. (17 de junio de 2011). "Síntesis de depsipéptidos y oligoésteres mediadas por benzotriazol" . The Journal of Organic Chemistry . 76 (12): 4884– 4893. doi : 10.1021/jo200174j . PMID 21452874 . 
  3. 1 2 Avan, Ilker; Hall, C. Dennis; Katritzky, Alan R. (2014). "Peptidomiméticos mediante modificaciones de aminoácidos y enlaces peptídicos" . Chemical Society Reviews . 43 (10): 3575– 3594. doi : 10.1039/C3CS60384A . PMID 24626261 . 
  4. ↑ Yasumasa Hamada; Takayuki Shioiri (2005). "Avances recientes en los estudios sintéticos de péptidos y depsipéptidos cíclicos marinos biológicamente activos". Chem. Rev. 105 ( 12): 4441– 4482. doi : 10.1021/cr0406312 . PMID 16351050 . 
  5. ↑ Yurek-George, Alexander; Cecil, Alexander Richard Liam; Mo, Alex Hon Kit; Wen, Shijun; Rogers, Helen; Habens, Fay; Maeda, Satoko; Yoshida, Minoru; et al. (2007). "Los primeros análogos sintéticos biológicamente activos de FK228, el inhibidor de la histona deacetilasa depsipéptido". Journal of Medicinal Chemistry . 50 (23): 5720– 5726. doi : 10.1021/jm0703800 . PMID 17958342 .  
  6. ↑ Kitagaki, J.; Shi, G.; Miyauchi, S.; Murakami, S.; Yang, Y. (2015). "Depsipéptidos cíclicos como posibles terapias contra el cáncer". Anticancer Drugs . 26 (3): 259– 71. doi : 10.1097/CAD.0000000000000183 . PMID 25419631. S2CID 22071968 .  
  7. ↑ Aronson, JK, ed. (2016). «Estreptograminas». Efectos secundarios de los medicamentos de Meyler . pág. 499. doi : 10.1016/B978-0-444-53717-1.01472-4 . ISBN  978-0-444-53716-4Las estreptograminas [1] son ​​una clase de antibióticos de dos tipos: estreptogramina A y estreptogramina B. Por separado, las estreptograminas de los grupos A y B son bacteriostáticas, al unirse reversiblemente a la subunidad 50S de los ribosomas bacterianos 70S. Sin embargo, en conjunto, las estreptograminas de cada grupo tienen un efecto sinérgico y bactericida.
  8. ^ Prisa, Nina M; Perera, Varahenage R; Maloney, Katherine N; Tran, Dan N; Jensen, Pablo; Fenical, William; Nizet, Víctor; Hensler, María E (2010). "Actividad del antibiótico estreptogramina etamicina contra Staphylococcus aureus resistente a meticilina" . Revista de antibióticos . 63 (5): 219– 24. doi : 10.1038/ja.2010.22 . PMC 2889693 . PMID 20339399 .  
  9. ↑ KH Michel, RE Kastner (Eli Lilly and Company), US 4492650, 1985 [Chem. Abstr. 1985, 102, 130459]
  10. ↑ Osada, Hiroyuki; Yano, Tatsuya; Koshino, Hiroyuki; Isono, Kiyoshi (1991). "Enopeptina A, un nuevo antibiótico depsipéptido con actividad antibacteriófago" . The Journal of Antibiotics . 44 (12): 1463– 1466. doi : 10.7164/antibiotics.44.1463 . PMID 1778798 . 
  11. ↑ Li; Él Shun, Dominic; Guarne, Alba; Maurizi, Michael R.; Cheng, Yi-Qiang; Wright, Gerard D.; Ghirlando, Rodolfo; José, Ebenezer; Gloyd, Melanie; Seon Chung, Yu; Ortega, Joaquín (2010). "Los antibióticos acildepsipéptidos inducen la formación de un canal axial estructurado en ClpP: un modelo para el estado de ClpP unido a ClpX/ClpA" . Química y Biología . 17 (9): 959– 969. doi : 10.1016/j.chembiol.2010.07.008 . PMC 2955292 . PMID 20851345 .  
  12. ↑ Hinzen, Berthold; Labischinski, Harald; Brötz-Oesterhelt, Heike ; Endermann, Rainer; Benet-Buchholz, Jordi; Hellwig, Verónica; Habich, Dieter; Schumacher, Andrés; Lámpara, Thomas; Paulsen, Holger; Raddatz, Siegfried (2006). "Optimización de la química medicinal de los acildepsipéptidos de los antibióticos de la clase enopeptina". ChemMedChem . 1 (7): 689– 693. doi : 10.1002/cmdc.200600055 . PMID 16902918 . S2CID 36525372 .  
  13. ↑ Carney, Daniel W.; Schmitz, Karl R.; Truong, Jonathan V.; Sauer, Robert T.; Sello, Jason K. (2014). "La restricción de la dinámica conformacional de los antibióticos acildepsipeptidos cíclicos mejora su actividad antibacteriana" . Journal of the American Chemical Society . 136 (5): 1922– 1929. Bibcode : 2014JAChS.136.1922C . doi : 10.1021 / ja410385c . PMC 4004210. PMID 24422534 .  
  14. ↑ Li, Jie Jack (2021), "Reacción de Passerini" , Reacciones de nombres , Cham: Springer International Publishing, pp. 424–426 , doi : 10.1007/978-3-030-50865-4_115 , ISBN  978-3-030-50864-7, consultado el 26 de octubre de 2022

Lecturas adicionales

  • papuamida Ford, PW; Gustafson, KR; McKee, TC; Shigematsu, N; Maurizi, LK; Pannell, LK; Williams, DE; de Silva, ED; Lassota, P; Allen, TM; Van Soest, R; Andersen, RJ; Boyd, señor (1999). "Papuamidas AD, depsipéptidos citotóxicos e inhibidores del VIH de las esponjas Theonella mirabilis y Theonella swinhoei recolectadas en Papua Nueva Guinea". J. Am. Química. Soc . 121 (25): 5899– 5909. Bibcode : 1999JAChS.121.5899F . doi : 10.1021/ja990582o .
  • neamfamida A Oku, N; Gustafson, KR; Cartner, LK; Wilson, JA; Shigematsu, N; Hess, S; Pannell, LK; Boyd, MR; McMahon, JB (2004). "Neamfamida A. Un nuevo depsipéptido inhibidor del VIH de la esponja marina de Papúa Nueva Guinea Neamphius huxleyi ". J. Nat. Prod . 67 (8): 1407–11 . Bibcode : 2004JNAtP..67.1407O . doi : 10.1021/np040003f . PMID 15332865 . 
  • callipeltin A Zampella, A; D'Auria, MV; Paloma, LG; Casapullo, A; Minale, L; Débito, C; Henin, Y (1996). "Callipeltin A, un depsipéptido cíclico contra el VIH de la esponja Lithistida Callipelta sp de Nueva Caledonia ". J. Am. Química. Soc . 118 (26): 6202– 9. Bibcode : 1996JAChS.118.6202Z . doi : 10.1021/ja954287p .
  • mirabamides AD Plaza, A; Gustchina, E; Baker, HL; Kelly, M; Bewley, CA (2007). "Mirabamides AD. Depsipéptidos de la esponja Siliquariaspongia mirabilis que inhiben la fusión del VIH-1". J. Nat. Prod . 70 (11): 1753– 60. Bibcode : 2007JNAtP..70.1753P . doi : 10.1021/np070306k . PMID 17963357 . ; Andjelic, CD; Planelles, V; Barrows, LR (2008). "Caracterización de la actividad anti-VIH de la papuamida A." Mar Drugs . 6 (4): 528– 49. doi : 10.3390/md20080027 . PMC 2630844 . PMID 19172193 .