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Base de datos del Dominio de la Muerte

La base de datos del Dominio de Muerte es una base de datos secundaria de interacciones proteína-proteína (PPI) de la superfamilia del dominio de muerte . [ 1 ] Los miembros de ...

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La base de datos del Dominio de Muerte es una base de datos secundaria de interacciones proteína-proteína (PPI) de la superfamilia del dominio de muerte . [ 1 ] Los miembros de esta superfamilia son actores clave en la apoptosis , la inflamación , la necrosis y las vías de señalización de las células inmunitarias. Los eventos de señalización negativos mediados por la superfamilia del dominio de muerte dan lugar a diversas enfermedades humanas, entre las que se incluyen cánceres , enfermedades neurodegenerativas y trastornos inmunológicos. La creación de bases de datos del dominio de muerte es de particular interés para los investigadores en el campo biomédico, ya que permite una mayor comprensión de los mecanismos moleculares implicados en las interacciones del dominio de muerte, al tiempo que proporciona un fácil acceso a herramientas como un mapa de interacción que ilustra la red de interacción proteína-proteína y la información. Actualmente solo existe una base de datos que se centra exclusivamente en los dominios de muerte, pero existen otras bases de datos y recursos que contienen información sobre esta superfamilia. [ 1 ] Según PubMed, [ 2 ] esta base de datos ha sido citada por siete artículos revisados ​​por pares hasta la fecha debido a su información extensa y específica sobre los dominios de muerte y sus resúmenes de PPI.

La superfamilia del Dominio de la Muerte

La superfamilia de dominios de muerte, conservada evolutivamente, se define por un motivo de pliegue de muerte formado por varios dominios de interacción proteica. [ 3 ] Los dominios constan de seis o siete hélices alfa fuertemente enrolladas, dispuestas en un "pliegue de llave griega" . [ 1 ] [ 3 ] Esta superfamilia se considera una de las redes de interacción proteína-proteína (PPI) más grandes y estudiadas.

Hay cuatro tipos de subfamilias de dominios de muerte: dominio efector de muerte (DED), [ 4 ] dominio de reclutamiento de caspasa (CARD), [ 5 ] dominio de pirina (PYD) y dominio de muerte (DD). [ 1 ] [ 6 ] Estos dominios de subfamilia se agrupan debido a la similitud en su secuencia y estructura. [ 7 ] Sin embargo, aunque similares, cada dominio tiene su propia característica estructural definitoria: un motivo RxDL en los DED, una primera hélice interrumpida en los CARD, una tercera hélice más pequeña (o a veces ambigua) en los PYD y una tercera hélice más expuesta y flexible en los DD. [ 1 ] Los miembros de esta subfamilia solo forman enlaces homotípicos con el mismo tipo de dominio de subfamilia. Por ejemplo, DED solo se unirá con DED, CARD-CARD, PYD-PYD y DD-DD. Estas interacciones homotípicas se dan solo con dos miembros del mismo dominio (o en raras ocasiones con más) y no hay evidencia que sugiera que estos dominios tengan interacciones heterotípicas entre sí. [ 3 ]

subfamilias del Dominio de la Muerte

Dominio efector de muerte (DED)

Los dominios DED están altamente conservados en el filo Chordata y también se pueden encontrar en porcentajes menores en el filo Echinodermata y en virus . [ 8 ] Las proteínas que contienen DED están asociadas con la regulación de la apoptosis con interacción de proteínas caspasa y se han documentado notablemente en mamíferos . [ 3 ] [ 9 ] Se sabe que los dominios DED interactúan con otros dominios e incluyen: secuencias de localización nuclear (en DEDD), dominios transmembrana (en Bap31 y Bar), dominios de unión a nucleótidos (en Dap3), dominios SAM (en Bar), dominios de hélice enrollada (en Hip y Hippi) y dominios RING de unión a E2 (en Bar). [ 10 ]

Dominio de reclutamiento de caspasas (CARD)

Los dominios CARD se encuentran principalmente en cordados, muchos de ellos pertenecientes al reino animal , y en menor proporción en los filos Nematoda y Echinodermata. [ 11 ] Los módulos proteicos que contienen el dominio CARD están asociados con la apoptosis, a través de la regulación de las caspasas con las que interactúan, así como con los procesos inflamatorios mediante su participación en las vías de señalización de NF-kappaB . [ 12 ]

Dominio de pirina (PYD)

El dominio PYD, también conocido como dominio de respuesta a la apoptosis y al interferón (dominio DAPIN), se encuentra típicamente en vertebrados y proteínas virales, y participa en la apoptosis, el cáncer y la inflamación. [ 13 ] Las funciones de este grupo son las menos comprendidas entre los 4 miembros de la superfamilia del dominio de muerte. [ 3 ]

Dominio de la muerte (DD)

Este dominio se encuentra predominantemente en el reino animal, especialmente entre los mamíferos, que tienen muchos tipos diferentes de PPI que contienen dominios de muerte. [ 7 ] Según la base de datos no redundante de SMART , los mamíferos tienen alrededor del 61% de los dominios DD conocidos. [ 14 ] Las proteínas que contienen DD están asociadas con la apoptosis y la inflamación, de forma similar al dominio CARD. También se ha relacionado con la inmunidad innata. [ 15 ] Los DD también se pueden encontrar con otros tipos de dominios, incluidos repeticiones de anquirina, pliegues tipo caspasa, dominios quinasa, cremalleras de leucina, repeticiones ricas en leucina (LRR), dominios TIR y dominios ZU5. [ 7 ]

Descripción general

Deathdomain.org fue creado inicialmente por Kwon et al. (2012) para estimular la investigación sobre la vía de señalización mediada por la superfamilia del dominio de muerte. Su base de datos se actualiza manualmente y se centra en proporcionar información detallada sobre la superfamilia del dominio de muerte y sus interacciones proteína-proteína . Kwon y su equipo comenzaron investigando, recopilando y organizando 295 estudios publicados y revisados ​​por pares que se centraban en los módulos PPI y sus dominios de muerte asociados. Actualmente, la base de datos proporciona a los usuarios información de 311 estudios revisados ​​por pares, un ligero aumento con respecto a la publicación original. [ 1 ]

Esta base de datos proporciona:

  • Resúmenes completos de las proteínas de la superfamilia del dominio de muerte y datos de interacción proteína-proteína asociados.
  • Información sobre métodos analíticos relevantes de la literatura, estructura del dominio y recursos experimentales.
  • Funcionalidades y herramientas para facilitar el aprendizaje y la investigación sobre la red de señalización mediada por la superfamilia del dominio de la muerte (motor de búsqueda, mapa de interacciones y enlaces para comparar información con otras bases de datos).

Construcción de la base de datos

La base de datos PubMed [ 2 ] fue la fuente principal utilizada para la recopilación de datos en la base de datos DeathDomain.org. Los autores del sitio comenzaron buscando sinónimos para las 99 proteínas de la superfamilia del dominio de muerte en UniProt KB [ 16 ] y Entrez Gene [ 17 ] . Junto con el nombre de la proteína, se utilizaron sinónimos para buscar artículos en la base de datos PubMed sobre proteínas del dominio de muerte que estuvieran involucradas en la unión física a otras proteínas. Se realizaron búsquedas adicionales en las bases de datos DIP [ 18 ] , IntAct [ 19 ] , MINT [ 20 ] y STRING [ 21 ] para asegurar que todos los artículos relevantes se incluyeran en el estudio. Los autores pudieron encontrar y curar manualmente 295 artículos revisados ​​por pares que discutían 175 pares PPI entre 99 proteínas de la superfamilia DD. Estas cifras han aumentado desde la publicación original a 311 artículos revisados ​​por pares que discuten 181 pares PPI entre 99 proteínas de la superfamilia DD. [ 1 ]

Para seleccionar los datos de la literatura, los autores optaron por centrarse en los métodos analíticos, los resultados experimentales, los recursos y la nomenclatura . Si los artículos contenían datos insuficientes, los usuarios verían "No especificado" en estas secciones. [ 1 ]

Características

Resúmenes de superfamilias DD y PPI

Se puede acceder a esta función seleccionando un dominio de muerte de interés y utilizando la subpestaña para elegir una proteína que contenga dicho dominio. Esto llevará al usuario a una gran cantidad de información que se puede ver con gran detalle (pestaña "En detalle") o con menos detalle (pestaña "De un vistazo") en la parte superior (Fig. 1D y 1C, respectivamente). Los datos se dividen además en tres categorías: interacción, caracterización y función. Estas categorías se eligieron porque se utilizaron en estudios similares. [ 22 ] En la mayoría de los casos, para cada PPI, los usuarios pueden obtener más información haciendo clic en el ID de PubMed , que proporciona detalles como el título, el resumen, los autores, las interacciones mencionadas en el artículo y un enlace a la publicación. [ 23 ]

Otras pestañas de subencabezado dan acceso a información sobre proteínas, incluyendo el nombre completo de la proteína, nombres alternativos, función, subfamilia del dominio de muerte y región límite. Esto último permite a los usuarios obtener convenientemente las secuencias de aminoácidos y los límites del dominio de las bases de datos UniProtKB/ Swiss-Prot y UniProtKB/TrEMBL en formato embl, genbank o fasta . [ 16 ] Al hacer clic en el enlace de la base de datos externa, los usuarios pueden obtener esta información para la proteína que contiene el dominio encontrada en otras especies . También pueden acceder a más información sobre bases de datos similares ( Uniprot , DIP , STRING , KEGG , IntAct y MINT) haciendo clic en el número de identificador correspondiente. Las dos últimas pestañas proporcionarán a los usuarios imágenes de la estructura 3D descargables en la pestaña "Estructura 3D" y las mutaciones naturales y enfermedades relacionadas en las que están involucradas en la pestaña "Enfermedad" (Fig. 1E). [ 23 ]

Estadística

La página de estadísticas consta de una lista de publicaciones (separadas por año de publicación) utilizadas en la base de datos y se puede acceder a ella mediante un hipervínculo . La página también presenta resúmenes tabulados del número de PPI por dominio y también están hipervinculados a su página de resumen de PPI. Otra característica tabulada es una comparación de los pares PPI mediados por la superfamilia DD encontrados en la base de datos Death Domain con otras bases de datos de PPI. Esta página muestra a los usuarios que su base de datos tiene más pares PPI que Deathbase.org y el mismo número que IntAct y Mint. [ 24 ]

Otros recursos

Referencias

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 Kwon, Dongseop; Yoon Jong Hwan; Shin Soo-Yong; Jang Tae-Ho; Kim Hong-Gee; So Insuk; Jeon Ju-Hong; Park Hyun Ho (enero de 2012). "Una base de datos integral de interacción proteína-proteína curada manualmente para la superfamilia del dominio de muerte" . Nucleic Acids Research . 40 (D1): D331– D336. doi : 10.1093/nar/ gkr1149 . PMC 3245059. PMID 22135292 .  
  2. 1 2 Sayers, EW; Barrett, T; Benson, DA; Bolton, E; Bryant, SH; Canese, K; Chetvernin, V; Church, DM; Dicuccio, M; Federhen, S; et al. (2011). "Recursos de bases de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial sobre bases de datos): D38– D51. doi : 10.1093/nar/gkq1172 . PMC 3013733. PMID 21097890 .   
  3. 1 2 3 4 5 Lahm, A; Paradiso, A; Green, DR; Melino, G (2003). "Interacción del dominio de pliegue de muerte en la apoptosis". Cell Death and Differentiation . 10 (1): 10– 12. doi : 10.1038/sj.cdd.4401203 . ISSN 1350-9047 . PMID 12655289 . S2CID 32593733 .   
  4. ↑ Chinnaiyan, AM; O'Rourke, K; Tewari, M; Dixit, VM (1995). "FADD, una nueva proteína que contiene un dominio de muerte, interactúa con el dominio de muerte de fas e inicia la apoptosis" . Cell . 81 ( 4): 505– 512. doi : 10.1016/0092-8674(95)90071-3 . PMID 7538907. S2CID 16906755 .  
  5. ↑ Hofmann, K; Bucher, P; Tschopp, J (1997). "El dominio CARD: un nuevo motivo de señalización apoptótica". Trends in Biochemical Sciences . 22 (5): 155– 156. doi : 10.1016/S0968-0004(97)01043-8 . ISSN 0968-0004 . PMID 9175472 .  
  6. ↑ Tartaglia, LA; Ayres, TM; Wong, GHW; Goeddel, DV (1993), "Un nuevo dominio dentro del receptor TNF de 55 kd señala la muerte celular", Cell , 74 (5): 845–53 , doi : 10.1016/0092-8674(93)90464-2 , PMID 8397073 , S2CID 38732043  
  7. 1 2 3 Dominio de la muerte (IPR000488) , consultado el 3 de noviembre de 2016
  8. ↑ Thomas, L; Henson, A; Reed, JC; Salsbury, FR; Thorburn, A (2004). "La unión directa del dominio de muerte asociado a Fas (FADD) al receptor del ligando inductor de apoptosis relacionado con el factor de necrosis tumoral DR5 está regulada por el dominio efector de muerte de FADD" . The Journal of Biological Chemistry . 279 (31): 32780–5 . doi : 10.1074/jbc.M401680200 . PMID 15173180 . 
  9. ↑ DED: Dominio efector de la muerte , consultado el 3 de noviembre de 2016
  10. ↑ Reed, JC; Doctor, KS; Godsik, A (2004). "Los dominios de la apoptosis: una perspectiva genómica". Science 's STKE . 2004 (239): re9. doi : 10.1126/stke.2392004re9 . PMID 15226512. S2CID 40047696 .  
  11. ↑ TARJETA: Dominio de reclutamiento de caspasas , consultado el 3 de noviembre de 2016
  12. ↑ Bouchier-Hayes, L; Martin, SJ (2002). " Juegos de cartas en la apoptosis y la inmunidad" . EMBO Reports . 3 (7): 616– 621. doi : 10.1093/embo-reports/kvf139 . PMC 1084193. PMID 12101092 .  
  13. ↑ Staub, E.; Dahl, E; Rosenthal, A (2001). "La familia DAPIN: un nuevo dominio vincula las proteínas de respuesta apoptótica e interferón". Trends in Biochemical Sciences . 26 (2): 83– 85. doi : 10.1016/S0968-0004(00)01717-5 . PMID 11166557 . 
  14. ↑ MUERTE: Dominio MUERTE, presente en proteínas implicadas en la muerte celular (apoptosis). , consultado el 3 de noviembre de 2016
  15. ↑ O'Neill, LA; Dunne, A; Edjeback, M; Gray, P; Jefferies, C; Wietek, C (2003), "Mal y MyD88: Proteínas adaptadoras implicadas en la transducción de señales por receptores tipo Toll", Journal of Endotoxin Research , 9 (1): 55– 59, doi : 10.1177/09680519030090010701 , ISSN 0968-0519 , PMID 12691620  
  16. 1 2 El Consorcio UniProt (2010). "El Recurso Universal de Proteínas (UniProt) en 2010" . Nucleic Acids Res . 38 (número especial de bases de datos): D142– D148. doi : 10.1093/nar/gkp846 . PMC 2808944. PMID 19843607 .  
  17. ↑ Maglott, D ; Ostell, J; Pruitt, KD; Tatusova, T (2011). "Entrez Gene: información centrada en genes en NCBI" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos): D52– D57. doi : 10.1093/nar/gkq1237 . PMC 3013746. PMID 21115458 .  
  18. 1 2 Salwinski, L; Miller, CL; Smith, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D (2004). "La base de datos de proteínas interactuantes: actualización de 2004" . Nucleic Acids Res . 32 (90001): D449– D451. doi : 10.1093 / nar/gkh086 . PMC 308820. PMID 14681454 .  
  19. ↑ Aranda, B; Achután, P; Alam-Faruque, Y; Armean, yo; Puente, A; Derow, C; Feuermann, M; Ghanbarian, AT; Kerrien, S; Khadake, J; et al. (2010). "La base de datos de interacciones moleculares IntAct en 2010" . Ácidos nucleicos Res . 38 (Problema de base de datos): D525 – D531. doi : 10.1093/nar/gkp878 . PMC 2808934 . PMID 19850723 .   
  20. 1 2 Ceol, A; Chatr Aryamontri, A; Licata, L; Peluso, D; Briquanti, L; Perfecto, L; Castagnoli, L; Cesareni, G (2010). "MINT, la base de datos de interacciones moleculares: actualización de 2009" . Ácidos nucleicos Res . 38 (Problema de base de datos): D532– D539. doi : 10.1093/nar/gkp983 . PMC 2808973 . PMID 19897547 .  
  21. 1 2 Szklarcyk, D; Francheschini, A; Kuhn, M; Simonovic, M; Roth, A; Minquez, P; Doerks, T; Stark, M; Muller, J; Bork, P; et al. (2011). "La base de datos STRING en 2011: redes de interacción funcional de proteínas, integradas y puntuadas globalmente" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos): D561– D568. doi : 10.1093/nar/ gkq973 . PMC 3013807. PMID 21045058 .   
  22. ↑ Xenarios, I; Eisenberg, D (2001). "Bases de datos de interacción de proteínas" (PDF) . Curr. Opin. Biotechnol . 12 (4): 334– 339. doi : 10.1016/s0958-1669(00)00224-x . PMID 11551460 . 
  23. 1 2 "Información detallada sobre la superfamilia Death Domain y las PPI" . Deathdomain . Consultado el 3 de noviembre de 2016 .
  24. ↑ "Estadísticas" . Deathdomain . Consultado el 3 de noviembre de 2016 .
  25. ↑ "Base de datos sobre muerte celular/apoptosis" . Deathbase.org . Consultado el 1 de diciembre de 2016 .
  • http://www.deathdomain.org
  • http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http://www.deathbase.org/
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