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EMAGE (e-Mouse Atlas of Gene Expression [ nota 1 ] ) es una base de datos biológica en línea de datos de expresión génica en el embrión de ratón ( Mus musculus ) en desarrollo. ...

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EMAGE (e-Mouse Atlas of Gene Expression [ nota 1 ] ) es una base de datos biológica en línea de datos de expresión génica en el embrión de ratón ( Mus musculus ) en desarrollo. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Los datos contenidos en EMAGE están anotados espacialmente en un marco de modelos 3D de embriones de ratón producidos por EMAP (e-Mouse Atlas Project). Estas anotaciones espaciales permiten a los usuarios consultar EMAGE por patrón espacial, así como por nombre de gen, término anatómico o término de Gene Ontology (GO) . EMAGE es un recurso web de libre acceso financiado por el Medical Research Council (Reino Unido) y ubicado en la Unidad de Genética Humana del MRC en el Instituto de Genética y Medicina Molecular, Edimburgo, Reino Unido.

Contenido

EMAGE contiene datos de hibridación in situ , inmunohistoquímica y reporteros in situ (por ejemplo , inserción génica y trampa génica ). Incluye datos de preparaciones completas , datos de secciones y datos completos de OPT ( tomografía de proyección óptica ) 3D . Los patrones de expresión génica se mapean en los modelos estándar mediante un equipo de bioconservadores , utilizando un software de mapeo específico. Además de las anotaciones espaciales, los datos de EMAGE también se anotan textualmente para proporcionar una descripción textual de los patrones de expresión. Esta anotación textual se realiza en colaboración con la base de datos de expresión génica MGI (GXD) utilizando la ontología de anatomía del ratón EMAP.

Los datos de EMAGE provienen principalmente de artículos de revistas científicas revisados ​​por pares y publicados, así como de estudios a gran escala, pero también de contribuciones directas de investigadores que trabajan en el campo. No es necesario que los datos estén publicados para ser incluidos en EMAGE; sin embargo, EMAGE es una base de datos curada. Los biocuradores verifican la precisión de los metadatos incluidos en las entradas de la base de datos y realizan las anotaciones espaciales de los datos.

Las entradas de EMAGE están diseñadas para cumplir con las especificaciones de la Especificación de información mínima para experimentos de hibridación in situ e inmunohistoquímica (MISFISHIE) [ 4 ] y, como tales, contienen información sobre la publicación del remitente/autor, el reactivo de detección, la preparación de la muestra del ensayo y los procedimientos experimentales, así como las imágenes de datos originales y las anotaciones espaciales y de texto. Las entradas de EMAGE también contienen enlaces a diversos recursos relacionados, ya sea en función del gen analizado o del ensayo en sí.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Richardson L, Venkataraman S, Stevenson P, et al. (enero de 2010). "Base de datos de expresión génica espacial de embriones de ratón EMAGE: actualización de 2010" . Nucleic Acids Res . 38 (número especial de bases de datos): D703–9. doi : 10.1093/nar/gkp763 . PMC 2808994. PMID 19767607 .   
  2. ↑ Venkataraman S, Stevenson P, Yang Y, et al. (enero de 2008). "EMAGE--Edinburgh Mouse Atlas of Gene Expression: actualización de 2008" . Nucleic Acids Res . 36 (número especial de bases de datos): D860–5. doi : 10.1093 / nar/gkm938 . PMC 2238921. PMID 18077470 .   
  3. ↑ Christiansen JH, Yang Y, Venkataraman S, et al. (enero de 2006). "EMAGE: una base de datos espacial de patrones de expresión génica durante el desarrollo embrionario del ratón" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de bases de datos): D637–41. doi : 10.1093/nar/gkj006 . PMC 1347369. PMID 16381949 .   
  4. ↑ Deutsch EW; et al. (marzo de 2008). "Especificación de información mínima para experimentos de hibridación in situ e inmunohistoquímica (MISFISHIE)" . Nature Biotechnology . 26 (3): 305–312 . doi : 10.1038/nbt1391 . PMC 4367930. PMID 18327244 .   
Notas
  1. ↑ Históricamente, EMAGE era un acrónimo de Edinburgh Mouse Atlas of Gene Expression (Atlas de expresión génica del ratón de Edimburgo).
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