Articulo de referencia

Atlas Europeo de Referencia del Genoma

El Atlas Europeo del Genoma de Referencia (ERGA) es una iniciativa comunitaria que coordina la producción de un genoma de referencia para todas las especies eucariotas en Europa...

El Atlas Europeo del Genoma de Referencia (ERGA) es una iniciativa comunitaria que coordina la producción de un genoma de referencia para todas las especies eucariotas en Europa . [ 1 ] [ 2 ] Esto implica el muestreo de campo y la secuenciación de ADN , seguidos del ensamblaje y la anotación de secuencias, para generar un catálogo de genomas que cumplan con los estándares de calidad de referencia. [ 3 ] Como nodo regional europeo del Proyecto BioGenoma de la Tierra (EBP [ 4 ] [ 5 ] ), ERGA colabora con otros proyectos genómicos en todo el mundo, como el Proyecto BioGenoma Africano [ 6 ] y el Proyecto Genomas de Vertebrados [ 7 ]

Fondo

ERGA se lanzó en 2020 para construir una iniciativa europea centrada en la producción de genomas de referencia. La formalización de la comunidad incluyó el establecimiento del Consejo de representantes de todos los países participantes y la creación de los Comités para supervisar las etapas principales del flujo de trabajo de generación del genoma. El establecimiento de la comunidad continuó a través de las actividades del Consejo y los Comités, el establecimiento de Proyectos Centrales, la asociación con proveedores de tecnología como Pacific BioSciences [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] y Arima Genomics, [ 11 ] la publicación de un artículo en un foro [ 12 ] y un artículo de revisión de la comunidad , [ 13 ] así como la definición de los objetivos, principios y participación de la comunidad ERGA. [ 1 ] [ 14 ] Los proyectos principales incluyen el Proyecto Piloto, [ 15 ] que tiene como objetivo completar al menos un genoma de referencia de cada país asociado a ERGA, y el Proyecto Biodiversity Genomics Europe financiado por Horizon Europe , [ 16 ] un esfuerzo conjunto con la comunidad International Barcode of Life Europe, [ 17 ] así como la creación del ERGA Knowledge Hub [ 18 ] que recopila y comparte materiales educativos sobre genómica de la biodiversidad y temas relacionados para promover el intercambio de conocimientos.

Referencias

  1. 1 2 Mazzoni, Camila J.; Ciofi, Claudio; Waterhouse, Robert M. (2023-07-11). "Biodiversidad: un atlas de genomas de referencia europeos" . Nature . 619 (7969): 252. Bibcode : 2023Natur.619..252M . doi : 10.1038/d41586-023-02229-w . PMID 37433931 . 
  2. "Un atlas genómico de la biodiversidad europea" . erga . Consultado el 21 de noviembre de 2024 .
  3. Lawniczak, Mara KN; Durbin, Richard; Flicek, Paul; Lindblad-Toh, Kerstin; Wei, Xiaofeng; Archibald, John M.; Baker, William J.; Belov, Katherine; Blaxter, Mark L.; Marques Bonet, Tomas; Childers, Anna K.; Coddington, Jonathan A.; Crandall, Keith A.; Crawford, Andrew J.; Davey, Robert P. (2022-01-25). "Recomendaciones de estándares para el Proyecto BioGenoma de la Tierra" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 119 (4). Bibcode : 2022PNAS..11915639L . doi : 10.1073/pnas.2115639118 . ISSN 0027-8424 . PMC 8795494 . PMID 35042802 .   
  4. Lewin, Harris A.; Robinson, Gene E.; Kress, W. John; Baker, William J.; Coddington, Jonathan; Crandall, Keith A.; Durbin, Richard; Edwards, Scott V.; Forest, Félix; Gilbert, M. Thomas P.; Goldstein, Melissa M.; Grigoriev, Igor V.; Hackett, Kevin J.; Haussler, David; Jarvis, Erich D. (2018-04-24). "Proyecto BioGenoma de la Tierra: Secuenciando la vida para el futuro de la vida" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 115 (17): 4325– 4333. Bibcode : 2018PNAS..115.4325L . doi : 10.1073/pnas.1720115115 . ISSN 0027-8424 . PMC 5924910 . PMID 29686065 .   
  5. Lewin, Harris A.; Richards, Stephen; Lieberman Aiden, Erez; Allende, Miguel L.; Archibald, John M.; Bálint, Miklós; Barker, Katharine B.; Baumgartner, Bridget; Belov, Katherine; Bertorelle, Giorgio; Blaxter, Mark L.; Cai, Jing; Caperello, Nicolette D.; Carlson, Keith; Castilla-Rubio, Juan Carlos (2022-01-25). "The Earth BioGenome Project 2020: Starting the clock" . Proceedings of the National Academy of Sciences . 119 (4). Bibcode : 2022PNAS..11915635L . doi : 10.1073/pnas.2115635118 . ISSN 0027-8424 . PMC 8795548 . PMID 35042800 .   
  6. "100.000 genomas — en África, para África" . Nature Biotechnology . 40 (7): 988. 2022-07-01. doi : 10.1038/s41587-022-01404-0 . ISSN 1546-1696 . PMID 35831666 .  
  7. Rhie, Arang; McCarthy, Shane A.; Fedrigo, Olivier; Damas, Joana; Formenti, Giulio; Koren, Sergey; Uliano-Silva, Marcela; Chow, William; Fungtammasan, Arkarachai; Kim, Juwan; Lee, Chul; Ko, Byung June; Chaisson, Mark; Gedman, Gregory L.; Cantin, Lindsey J. (abril de 2021). "Hacia ensamblajes de genomas completos y sin errores de todas las especies de vertebrados" . Nature . 592 (7856): 737– 746. Bibcode : 2021Natur.592..737R . doi : 10.1038/s41586-021-03451-0 . hdl : 10230/48169 . ISSN 1476-4687 . PMC 8081667 .  
  8. Heuertz, Myriam; Carvalho, Silvia B.; Galindo, Juan; Rinkevich, Baruch; Robakowski, Piotr; Aavik, Tsipe; Altinok, Ilhan; Barth, Julia MI; Cotrim, Helena; Goessen, Roos; González-Martínez, Santiago C.; Grebenc, Tine; Hoban, Sean; Kopatz, Alexander; McMahon, Barry J. (2023-02-01). "La brecha de aplicación: Genómica para la gestión de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos" . Biological Conservation . 278 109883. Bibcode : 2023BCons.27809883H . doi : 10.1016/j.biocon.2022.109883 . hdl : 10449/79175 . ISSN 0006-3207 . 
  9. Hogg, Carolyn J. (mayo de 2024). "Traduciendo los avances genómicos en conservación de la biodiversidad" . Nature Reviews Genetics . 25 (5): 362– 373. doi : 10.1038/s41576-023-00671-0 . ISSN 1471-0064 . PMID 38012268 .  
  10. "PacBio se asocia con la Iniciativa del Atlas del Genoma de Referencia Europeo" . PacBio . Consultado el 21 de noviembre de 2024 .
  11. "Arima Genomics y el Atlas Europeo del Genoma de Referencia unen fuerzas para preservar la biodiversidad" . Arima Genomics . Consultado el 21 de noviembre de 2024 .
  12. Formenti, Giulio; Theissinger, Kathrin; Fernández, Carlos; Bista, Iliana; Bombardemente, Aureliano; Bleidorn, Christoph; Ciofi, Claudio; Crottini, Angélica; Godoy, José A.; Höglund, Jacob; Malukiewicz, Joanna; Mouton, Alicia; Oomen, Rebekah A.; Páez, Sadye; Palsbøll, Per J. (marzo de 2022). "La era de los genomas de referencia en genómica de conservación" . Tendencias en ecología y evolución . 37 (3): 197– 202. Bibcode : 2022TEcoE..37..197F . doi : 10.1016/j.tree.2021.11.008 . hdl : 10230/52728 . ISSN 0169-5347 . PMID 35086739 .  
  13. ^ Theissinger, Kathrin; Fernández, Carlos; Formenti, Giulio; Bista, Iliana; Berg, Paul R.; Bleidorn, Christoph; Bombardemente, Aureliano; Crottini, Angélica; Gallo, Guido R.; Godoy, José A.; Jentoft, Sissel; Malukiewicz, Joanna; Mouton, Alicia; Oomen, Rebekah A.; Páez, Sadye (julio de 2023). "Cómo la genómica puede ayudar a la conservación de la biodiversidad" . Tendencias en Genética . 39 (7): 545– 559. doi : 10.1016/j.tig.2023.01.005 . hdl : 10230/59627 . ISSN 0168-9525 . PMID 36801111 .  
  14. Consejo ERGA; et al. (2023). "Comunidad del Atlas del Genoma de Referencia Europeo - Miembros de la Fase 1 - 2020-2023" . doi : 10.5281/zenodo.8083652 . 
  15. ^ Mc Cartney, Ann M.; Formenti, Giulio; Mouton, Alicia; De Panís, Diego; Marins, Luisa S.; Leitao, Henrique G.; Diedericks, Genevieve; Kirangwa, José; Morselli, Marco; Salces-Ortiz, Judit; Escudero, Nuria; Iannucci, Alessio; Natalí, Chiara; Svardal, Hannes; Fernández, Rosa (2024-09-17). "El Atlas europeo del genoma de referencia: pilotaje de un enfoque descentralizado para una genómica de la biodiversidad equitativa" . npj Biodiversidad . 3 (1) 28: 1– 17. Código Bib : 2024npjBD...3...28M . doi : 10.1038/s44185-024-00054-6 . hdl : 11585/986534 . ISSN 2731-4243 . PMC 11408602 .  
  16. Genómica, Biodiversidad. "Página principal de BGE" . Biodiversity Genomics Europe . Consultado el 21 de noviembre de 2024 .
  17. Europa, iBOL. "iBOL Europa – Nodo europeo del Código de Barras Internacional de la Vida" . iBOL Europa . Consultado el 21 de noviembre de 2024 .
  18. "ERGA Knowledge Hub - Material de formación para la genómica de la biodiversidad" . knowledge.erga-biodiversity.eu . Consultado el 21/11/2024 .
  • El Atlas Europeo de Referencia del Genoma (ERGA)