Proyecto de Genomas de Vertebrados

El Proyecto de Genomas de Vertebrados (VGP) es un proyecto que tiene como objetivo generar genomas de referencia completos y de alta calidad de las 66 000 especies de vertebrados. Es un proyecto de cooperación internacional con miembros de más de 50 instituciones diferentes y se lanzó en febrero de 2017. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

En octubre de 2021, VGP se asoció con Colossal Biosciences para secuenciar y ensamblar genomas de elefantes con fines de preservación. ^{[ 6 ]}

En abril de 2022, VGP se asoció con el Proyecto Genoma Humano ^{[ 7 ]} y el Proyecto BioGenoma Africano para la investigación de secuenciación. ^{[ 8 ]}

En julio de 2022, VGP y Colossal Biosciences anunciaron que habían secuenciado con éxito el genoma completo del elefante asiático ; esta es la primera vez que el código genético de un mamífero se ha secuenciado completamente hasta este grado desde que se completó el Proyecto Genoma Humano a principios de la década de 2000. ^{[ 9 ]}

En noviembre de 2022, VGP secuenció con éxito el genoma de la rata del Nilo para facilitar la investigación sobre la diabetes tipo 2 y los efectos en la salud de la alteración del ritmo circadiano . Los investigadores no solo secuenciaron una rata individual, sino también a sus dos progenitores, lo que les permitió separar los alelos de la rata original según el haplotipo parental. La secuencia resultante mostró que se contabilizaba la gran mayoría de los genes codificadores de proteínas esperados. ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

Referencias

↑ "El Proyecto de Genomas de Vertebrados en la Universidad Rockefeller" .
↑ Rhie, Arang; McCarthy, Shane A.; Fedrigo, Olivier; et al. (29 de abril de 2021). "Hacia ensamblajes genómicos completos y sin errores de todas las especies de vertebrados" . Nature . 592 (7856): 737– 746. Bibcode : 2021Natur.592..737R . doi : 10.1038/ s41586-021-03451-0 . PMC 8081667. PMID 33911273 .
↑ "Científicos buscan mapear los genes de miles de animales" . AP NEWS . 13 de septiembre de 2018.
↑ "Investigadores retoman un ambicioso proyecto para secuenciar todos los genomas de vertebrados, pero se avecinan desafíos" . Ciencia | AAAS . 13 de septiembre de 2018.
↑ "Un esfuerzo masivo de secuenciación animal publica el primer conjunto de genomas" . The Scientist Magazine® . Archivado del original el 9 de noviembre de 2020. Consultado el 29 de abril de 2021 .
↑ Christie Rizk (6 de octubre de 2021). "Colossal inicia un ambicioso plan de desextinción con un proyecto de secuenciación de elefantes, a pesar de las críticas" . Genome Web .
↑ Wang, T; Antonacci-Fulton, L; Howe, K; Lawson, H; Lucas, J; Phillippy, A; Popejoy, A; Asri, M; Carson, C; Chaisson, M; Chang, X; Cook-Deegan, R; Felsenfeld, A; Fulton, R; Garrison, E; Garrison, N; Graves-Lindsay, T; Ji, H; Kenny, E; Koenig, B; Li, D; Marschall, T; McMichael, J; Novak, A; Purushotham, D; Schneider, V; Schultz, B; Smith, M; Sofia, H; Weissman, T; Flicek, P; Li, H; Miga, K; Paten, B; Jarvis, E; Hall, I; Eichler, E; Haussler, D (20 de abril de 2022). " El Proyecto Pangenoma Humano: un recurso global para mapear la diversidad genómica" . Science . 604 ( 7906): 437– 446. Bibcode : 2022Natur.604..437W . doi : 10.1038/s41586-022-04601-8 . PMC 9402379. PMID 35444317. S2CID 248297723 .
↑ John Agaba (12 de abril de 2022). "Secuenciación de 100.000 especies para garantizar el suministro de alimentos" . SciDevNet .
↑ "Colossal Biosciences y el Vertebrate Genomes Project secuencian el genoma del elefante asiático, cromosoma a cromosoma" . BioSpace . 12 de julio de 2022.
↑ Christie Wilcox (23 de noviembre de 2022). "Genome Spotlight: Nile Rat (Avicanthis niloticus)" . The Scientist . Archivado del original el 15 de diciembre de 2022. Consultado el 15 de diciembre de 2022 .
↑ Huishi Toh; Chentao Yang; Giulio Formenti; Kalpana Raja; Lily Yan; Alan Tracey; William Chow; Kerstin Howe; Lucie A. Bergeron; Guojie Zhang; Bettina Haase; Jacquelyn Mountcastle; Olivier Fedrigo; John Fogg; Bogdan Kirilenko; Chetan Munegowda; Michael Hiller; Aashish Jain; Daisuke Kihara; Arang Rhie; Adam M. Phillippy; Scott A. Swanson; Peng Jiang; Dennis O. Clegg; Erich D. Jarvis; James A. Thomson; Ron Stewart; Mark JP Chaisson; Yury V. Bukhman (8 de noviembre de 2022). "Un ensamblaje del genoma resuelto por haplotipos de la rata del Nilo facilita la exploración de la base genética de la diabetes". BMC Biology . Vol. 20.doi : 10.1186/ s12915-022-01427-8 .

Enlaces externos

Proyecto de Genomas de Vertebrados

[1] "El Proyecto de Genomas de Vertebrados en la Universidad Rockefeller" .

[2] Rhie, Arang; McCarthy, Shane A.; Fedrigo, Olivier; et al. (29 de abril de 2021). "Hacia ensamblajes genómicos completos y sin errores de todas las especies de vertebrados" . Nature . 592 (7856): 737– 746. Bibcode : 2021Natur.592..737R . doi : 10.1038/ s41586-021-03451-0 . PMC 8081667. PMID 33911273 .

[3] "Científicos buscan mapear los genes de miles de animales" . AP NEWS . 13 de septiembre de 2018.

[4] "Investigadores retoman un ambicioso proyecto para secuenciar todos los genomas de vertebrados, pero se avecinan desafíos" . Ciencia | AAAS . 13 de septiembre de 2018.

[5] "Un esfuerzo masivo de secuenciación animal publica el primer conjunto de genomas" . The Scientist Magazine® . Archivado del original el 9 de noviembre de 2020. Consultado el 29 de abril de 2021 .

[6] Christie Rizk (6 de octubre de 2021). "Colossal inicia un ambicioso plan de desextinción con un proyecto de secuenciación de elefantes, a pesar de las críticas" . Genome Web .

[7] Wang, T; Antonacci-Fulton, L; Howe, K; Lawson, H; Lucas, J; Phillippy, A; Popejoy, A; Asri, M; Carson, C; Chaisson, M; Chang, X; Cook-Deegan, R; Felsenfeld, A; Fulton, R; Garrison, E; Garrison, N; Graves-Lindsay, T; Ji, H; Kenny, E; Koenig, B; Li, D; Marschall, T; McMichael, J; Novak, A; Purushotham, D; Schneider, V; Schultz, B; Smith, M; Sofia, H; Weissman, T; Flicek, P; Li, H; Miga, K; Paten, B; Jarvis, E; Hall, I; Eichler, E; Haussler, D (20 de abril de 2022). " El Proyecto Pangenoma Humano: un recurso global para mapear la diversidad genómica" . Science . 604 ( 7906): 437– 446. Bibcode : 2022Natur.604..437W . doi : 10.1038/s41586-022-04601-8 . PMC 9402379. PMID 35444317. S2CID 248297723 .

[8] John Agaba (12 de abril de 2022). "Secuenciación de 100.000 especies para garantizar el suministro de alimentos" . SciDevNet .

[9] "Colossal Biosciences y el Vertebrate Genomes Project secuencian el genoma del elefante asiático, cromosoma a cromosoma" . BioSpace . 12 de julio de 2022.

[10] Christie Wilcox (23 de noviembre de 2022). "Genome Spotlight: Nile Rat (Avicanthis niloticus)" . The Scientist . Archivado del original el 15 de diciembre de 2022. Consultado el 15 de diciembre de 2022 .

[11] Huishi Toh; Chentao Yang; Giulio Formenti; Kalpana Raja; Lily Yan; Alan Tracey; William Chow; Kerstin Howe; Lucie A. Bergeron; Guojie Zhang; Bettina Haase; Jacquelyn Mountcastle; Olivier Fedrigo; John Fogg; Bogdan Kirilenko; Chetan Munegowda; Michael Hiller; Aashish Jain; Daisuke Kihara; Arang Rhie; Adam M. Phillippy; Scott A. Swanson; Peng Jiang; Dennis O. Clegg; Erich D. Jarvis; James A. Thomson; Ron Stewart; Mark JP Chaisson; Yury V. Bukhman (8 de noviembre de 2022). "Un ensamblaje del genoma resuelto por haplotipos de la rata del Nilo facilita la exploración de la base genética de la diabetes". BMC Biology . Vol. 20.doi : 10.1186/ s12915-022-01427-8 .

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