Hispanopedia WikiLa proteína FAM155B (miembro B de la familia con similitud de secuencia 155) es una proteína humana codificada por el gen FAM155B . Pertenece a una familia de proteínas cuya función aún no se comprende completamente. Es una proteína transmembrana que se expresa abundantemente en el corazón, la tiroides y el cerebro.
Gene
FAM155B se localiza en el cromosoma X en la posición Xq13.1. [ 5 ] Se encuentra en la cadena positiva, entre los nucleótidos 69504326 y 69532508. Sus genes vecinos incluyen el gen EDA (ectodisplasina A) corriente abajo y un ARN largo intergénico no codificante de proteínas corriente arriba. [ 6 ] La secuencia completa del transcrito de este gen tiene una longitud de 3528 pb, con una secuencia codificante de 1418 pb. [ 7 ] Este transcrito incluye 3 exones y 2 intrones . [ 8 ]
Los alias de FAM155B son TMEM28, cXorf63 y TED. [ 6 ]
ARNm
El gen FAM155B tiene dos isoformas conocidas.
La transcripción de la isoforma 1 tiene una longitud de 4685 pb con una secuencia codificante de 1022 pb. Posee una región 5' UTR de 79 pb y una región 3' UTR de 3583 pb. [ 9 ]
La transcripción de la isoforma 2 es mucho más corta, con 975 pb y una secuencia codificante de 878 pb. También tiene una región 5' UTR de 79 pb, pero la región 3' UTR es simplemente de 17 pb. [ 10 ]
Proteína
Composición
La secuencia de proteínas de FAM155B tiene 472 aminoácidos de longitud. [ 7 ] Se predice que su peso molecular es de 52,5 kDa y su punto isoeléctrico se estima en 8,2. [ 11 ] Los aminoácidos más prominentes son la leucina (L) y la prolina (P), ya que representan el 11,4 % y el 10 % de la proteína, respectivamente. En cuanto a la agrupación de aminoácidos, los más comunes son AGP, LVIFM y KRED, con un 24,8 %, 22,2 % y 21 %, respectivamente. Esta proteína carece de segmentos cargados o grupos de carga. [ 12 ]
Existen dos isoformas de la proteína FAM155B. La isoforma 1 tiene 340 aminoácidos [ 9 ] , mientras que la isoforma 2 está compuesta por 292 aminoácidos [ 10 ] .
Dominios
FAM155B posee dos dominios transmembrana, lo que sugiere que se trata de una proteína de membrana de múltiples pasos. [ 6 ] También presenta un dominio citoplasmático ubicado justo entre los dos dominios transmembrana y tres regiones con composición sesgada. Una región rica en cisteína se encuentra al inicio de la secuencia, seguida de una región rica en prolina y una región rica en histidina mucho más adelante en la secuencia. [ 13 ]
Estructura secundaria
Se predice que esta proteína tiene 9 láminas beta , 16 hélices alfa y 2 hélices transmembrana. [ 14 ]
Estructura terciaria
En términos de topología de membrana, los extremos N y C parecen estar ubicados extracelularmente, mientras que la secuencia de proteínas entre los dominios transmembrana parece estar ubicada en la región citoplasmática. [ 14 ]
Regulación
Regulación a nivel de ADN
El único elemento regulador es una región promotora ubicada aproximadamente a 2303 pb río arriba del sitio de inicio de la transcripción. Hay un grupo de hipersensibilidad a la ADNasa y una isla CpG asociados con la región promotora. Hay una baja intensidad de señal entre las líneas celulares en ambas pistas H3K4me3 y H3K27Ac. La pista H3k4me1 muestra señales relativamente más altas en las líneas celulares NHEK y H1-hESC. [ 15 ] Múltiples sitios de unión de factores de transcripción están asociados con el promotor, tales como ERE, C2H2 y TFIIB . [ 16 ]
Regulación a nivel de ARN
No se conocen sitios diana de miRNA en FAM155B. Se predicen muchas estructuras de tallo-bucle a partir de la región 3' UTR de FAM155B humano y ortólogos cercanos. [ 17 ] Esto indica cierta conservación de las estructuras secundarias del ARNm entre diferentes especies.
Regulación del nivel de proteínas
Localización
Es muy probable que la proteína humana FAM155B, junto con sus ortólogos estrechamente relacionados, se localice en el retículo endoplasmático, con una probabilidad del 34,8 %. Posteriormente, es probable que la proteína se encuentre en la membrana plasmática, con una probabilidad del 21,7 %. [ 18 ]
Modificación postraduccional
FAM155B tiene dos sitios de N-glicosilación propuestos en la asparagina 120 y 193. [ 19 ] No parece haber ningún sitio de O-glicosilación significativo. [ 20 ] Hay dos sitios de fosforilación de CKII en la treonina 302 y 469 junto con dos sitios de fosforilación de PKC en 283 y 349. [ 21 ] Un análisis de sumoilación identificó dos motivos con puntuaciones de probabilidad bajas de 0,5 y 0,13. [ 22 ] Dado que las puntuaciones de probabilidad son bajas, esto indica que es poco probable que FAM155B tenga algún motivo de sumoilación verdadero.
Expresión
La mayor expresión se observa en los tejidos del corazón , la tiroides y el cerebro , según la secuenciación de ARN de tejidos humanos. Específicamente, se observa que el tejido cerebral fetal y el cerebelo tienen una mayor expresión que el cerebro en su conjunto. Con respecto al tejido fetal, se observó una alta expresión en el corazón a las 11 semanas, mientras que el estómago y el intestino se expresan en niveles elevados a las 20 semanas. El riñón también se expresa relativamente alto a las 10 semanas. [ 6 ] Esto implica que la expresión en tejidos como el estómago, el intestino y los riñones disminuye a medida que continúa el desarrollo fetal.
Homología
Ortólogos
FAM155B tiene muchos ortólogos que se encuentran exclusivamente dentro del filo Metazoa. Esto indica que FAM155B no está conservado en formas de vida como plantas , protistas , hongos , bacterias y arqueas . Dentro de Metazoa, se encuentran muy pocos ortólogos fuera del subfilo Vertebrata , lo que implica que la mayoría de los ortólogos de FAM155B son vertebrados. El ortólogo más distante detectado es Actinia tenebrosa (anémona de mar roja australiana). Los ortólogos estrechamente relacionados incluyen primates , roedores y mamíferos africanos, mientras que los ortólogos moderadamente relacionados incluyen aves , reptiles y anfibios . Los ortólogos distantemente relacionados incluyen peces óseos y la anémona de mar.
Parálogo
Existe un parálogo humano para este gen, FAM155A . La identidad de aminoácidos entre ambos parálogos es del 46,29 %. Al igual que su parálogo, FAM155A también se conserva en animales del filo Metazoa. Sin embargo, FAM155A se conserva en más invertebrados que FAM155B, lo que sugiere que el gen original pudo haberse dividido en un ancestro invertebrado hace aproximadamente 824 millones de años.
Historia evolutiva
Este gen parece haber aparecido por primera vez en los cnidarios hace unos 824 millones de años. Luego apareció en los peces óseos hace unos 435 millones de años. Se observa por primera vez en vertebrados (específicamente anfibios) hace unos 351,8 millones de años y en mamíferos hace unos 159 millones de años .
Función
La función de FAM155B es poco conocida por la comunidad científica. Sin embargo, podría estar implicada en la función inmunitaria, ya que se ha descubierto que interactúa con elementos del sistema inmunitario .
Proteínas que interactúan
Entre los socios funcionales predichos de FAM155B se incluyen C3, SH2B3 y C1R , todos ellos asociados a funciones inmunitarias. C3 y C1R participan en el sistema del complemento, mientras que SH2B3 es una proteína que vincula la señal del receptor de células T con la fosfolipasa GRB2 y PI3K . FAM155B también podría interactuar con AGBL4 y AGBL5, metalocarboxipeptidasas que median la desglutamilación de proteínas. [ 23 ]
Importancia clínica
FAM155B se expresa de forma diferencial en diversas circunstancias, lo que indica que podría estar asociado a varias enfermedades. Se ha observado una disminución significativa en la expresión de FAM155B en líneas celulares de cáncer de mama humano MCF7 cuando se silencia el receptor de estrógeno . Otro estudio observó que este gen se sobreexpresaba en líneas celulares de cáncer de mama en condiciones normales, lo que reforzó la asociación con el cáncer de mama. [ 24 ] Además, se descubrió que FAM155B era uno de los genes candidatos clave característicos de la mutación de la quinasa B-type Raf ( BRAF ) en el cáncer papilar de tiroides . Se expresó de forma diferente en la forma silvestre en comparación con la forma mutante. [ 25 ]
Referencias
- 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000130054 – Ensembl , mayo de 2017
- 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000071719 – Ensembl , mayo de 2017
- ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
- ↑ Informe de símbolos del HGNC (Comité de Nomenclatura de Genes HUGO) para FAM155B - !/hgnc_id/HGNC:30701
- 1 2 3 4 Gen NCBI: FAM155B [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/27112]
- 1 2 ] Nucleótido NCBI: NM_015686.3
- ↑ Genomatix, Transcripciones alternativas: FAM155B
- 1 2 ] Nucleótido NCBI: XM_011530908.2
- 1 2 ] Nucleótido NCBI: XM_011530909.2
- ↑ ExPASy, Herramienta de cálculo pI/MW: FAM155B
- ↑ ] EMBL-EBI, SAPS: FAM155B
- ↑ ] InterProScan: FAM155B
- 1 2 ] Phyre2: FAM155B
- ↑ ] Navegador del genoma de UCSC: FAM155B
- ↑ Genomatix, Promotor: FAM155B
- ↑ Quickfold: FAM155B
- ↑ Servidor PSORTII: FAM155B
- ↑ "SIB Motif Scan: FAM155B" . Archivado del original el 2 de abril de 2019. Consultado el 3 de mayo de 2020 .
- ↑ ] Análisis YinOYang: FAM155B
- ↑ ] NetPhos: FAM155B
- ↑ ] Análisis SUMOplot: FAM155B
- ↑ ] CADENA: FAM155B
- ↑ Apostolou, P., Toloudi, M., & Papasotiriou, I. (2015). Identificación de genes implicados en el cáncer de mama y las células madre del cáncer de mama. Breast Cancer: Targets and Therapy , 7 , 183–191. https://doi.org/10.2147/BCTT.S85202
- ↑ Yu, X., Zhong, P., Han, Y., Huang, Q., Wang, J., Jia, C., & Lv, Z. (2019). Genes candidatos clave asociados con BRAFV600E en carcinoma papilar de tiroides en análisis de microarrays. Journal of Cellular Physiology , 234 (12), 23369–23378. https://doi.org/10.1002/jcp.28906
- Genes en el cromosoma X humano
