FAM178B

FAM178B es un gen codificante de proteínas ubicado en la cadena positiva del cromosoma 2. [ ^{5 ] El} locus del gen es 2q11.2. También se le conoce con los nombres de Familia con Similitud de Secuencia 178, Miembro B y HSPC234. ^{[ 6 ]} El gen consta de 24 exones . FAM178B abarca 110 720 pares de bases y contiene 827 aminoácidos.

Existen dos isoformas del transcrito del gen que existen por empalme alternativo , y un precursor del gen. ^{[ 5 ]}

SLF2 (FAM178A) es un parálogo importante de FAM178B. Se predice que SLF2 desempeña un papel en la vía de respuesta al daño del ADN (DDR) al regular la reparación posterior a la replicación del ADN dañado por UV y el mantenimiento de la estabilidad genómica. ^{[ 7 ]}

El peso molecular de la proteína es de 76,5 kilodaltons, ^{[ 8 ]} y el punto isoeléctrico es de 5,47. El gen tiene 6 variantes de empalme de transcripción . ^{[ 9 ]} La proteína se ha asociado fenotípicamente con la enfermedad bipolar debido a su locus, ^{[ 10 ]} así como con el índice de masa corporal (IMC) y la adhesión celular . ^{[ 11 ]} Una estructura propuesta para la proteína se puede encontrar en las imágenes de estructuras propuestas. ^{[ 12 ]} Se predice que la estructura secundaria para la proteína FAM178B es principalmente hélices alfa. ^{[ 13 ]} La estructura terciaria de la proteína puede asumir una estructura de hélice enrollada. ^{[ 13 ]}

FAM178B se expresa principalmente en el músculo esquelético y el tejido cerebral ^{[ 14 ]} . Su mayor concentración se encuentra en el cuerpo calloso del cerebro ^{[ 14 ]} . Además, presenta altos niveles en el nervio trigémino y la médula espinal. Asimismo, se han encontrado altas concentraciones del gen cerca del corazón, los testículos y las regiones olfativas.

Según el Atlas Cerebral de Allen , ^{[ 15 ]} las regiones olfativas y el hipocampo del cerebro del ratón mostraron las mayores expresiones del gen cuando se probaron experimentalmente.

A continuación se muestra la región promotora propuesta de la proteína FAM178B. ^{[ 16 ]} También se incluye una tabla de sitios de unión de factores de transcripción relevantes que corresponden a la secuencia y los colores resaltados en la región promotora.

La región promotora de FAM178B está altamente conservada entre sus ortólogos más relacionados y es casi idéntica entre los organismos humanos, gorilas, chimpancés, bonobos y gibones. ^{[ 17 ]}

A continuación se muestra una tabla que muestra las modificaciones de proteínas que potencialmente podrían hacerse a FAM178B y los posibles efectos de estas modificaciones en la propia proteína: ^{[ 18 ]}

Un parálogo importante del gen es SLF2, que participa en la vía de respuesta al daño del ADN (DDR) regulando la reparación post-replicación del ADN dañado por UV. También ayuda a mantener la estabilidad genómica. ^{[ 19 ]} Existen 74 ortólogos conocidos de la proteína, y su origen se remonta a los crustáceos. ^{[ 5 ]} FAM178B se encuentra abundantemente tanto en vertebrados como en invertebrados. El espacio de ortólogos para la proteína FAM178B es bastante amplio, ya que se remonta a 794 millones de años (mya) en moluscos como el caracol manzana y la ostra del Pacífico. Existen 134 ortólogos conocidos de FAM178B. Sin embargo, la proteína no se encuentra en artrópodos ni insectos, lo cual es interesante porque estos organismos también existieron en ese período, lo que significa que se conservó en algunos taxones, pero no en otros. La proteína se encuentra con mayor facilidad en primates y otros mamíferos no primates. Esta proteína también se conserva en reptiles, algunos peces óseos, peces cartilaginosos y aves.

A continuación se muestra una tabla que ilustra algunos de los ortólogos de FAM178B utilizando BLAST ^{[ 20 ]} y BLAT . ^{[ 21 ]}

Árbol de tiempo ^{[ 22 ]} para FAM178B

Hay dos proteínas que tienen valores predichos altos de interacción con FAM178B: LRSAM1 y ZNF598. ^{[ 23 ]} LRSAM1 ^{[ 24 ]} también se conoce como proteína 1 con repetición rica en leucina y motivo alfa estéril. El valor para la proteína es 0,29 y la evidencia es física a partir de enfoques de agrupamiento híbrido. LRSAM1 se conocía anteriormente como ligasa asociada a Tsg y se encuentra en el gen LRSAM1. Las mutaciones se han asociado con neuropatía periférica y trastornos sensoriales. Se expresa en gran medida en la médula espinal, al igual que FAM178B. Actualmente no se conoce la estructura de la proteína. ZNF598 es una proteína de dedo de zinc y el valor es 0,13. Juega un papel clave en el control de calidad del ribosoma. Las estructuras predichas para ambas proteínas se muestran a continuación.

MENTHA ^{[ 23 ]} proteínas que interactúan con FAM178B.

STRING ^{[ 25 ]} proteínas que interactúan con FAM178B.

1. Hillier, Ladeana W.; Graves, Tina A.; Fulton, Robert S.; Fulton, Lucinda A.; Pepin, Kymberlie H.; Minx, Patrick; Wagner-McPherson, Caryn; Layman, Dan; Wylie, Kristine (2005-04-07). "Generación y anotación de las secuencias de ADN de los cromosomas humanos 2 y 4" . Nature . 434 (7034): 724– 731. Bibcode : 2005Natur.434..724H . doi : 10.1038/nature03466 . ISSN 1476-4687 . PMID 15815621 .  
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3. Clonación y análisis funcional de ADNc con marcos de lectura abiertos para 300 genes previamente no definidos expresados ​​en células madre/progenitoras hematopoyéticas CD34+