FAM193A

La proteína FAM193A, perteneciente a la familia con similitud de secuencia 193, está codificada en humanos por el gen FAM193A ^{[ 5 ],} ubicado en el locus p16.3 del cromosoma 4. [ ^{6 ] FAM193A} también se conoce como C4orf8, marco de lectura abierto 8 del cromosoma 4 , RES4-22, proteína IT143 y proteína hipotética LOC86032. ^{[ 7 ]}

Comparando la variación del empalme a lo largo del gen FAM193A usando Ensembl , se encontraron 11 transcripciones de las cuales tres son proteínas erróneas o truncadas y dos son intrones retenidos de transcripciones no CDS. ^{[ 8 ]} Todas las transcripciones representadas revelan exactamente el mismo punto de inicio con respecto al exón 1. Esta continuidad se observa a lo largo de la 5'UTR en todos los ARNm empalmados alternativamente, con la excepción en la variante de empalme 4. Hay tres áreas dentro de la proteína expresada que posiblemente tienen motivos; cremallera de leucina dentro de una hélice enrollada. Estos tres motivos se encuentran dentro de los exones 5, 16 y 17. Las áreas se expresan o se pierden por completo y otras partes se expresan.

El gen FAM193A se expresa con mayor abundancia, según el análisis de la intensidad de las señales de su perfil EST Hs.652364 , en los tejidos embrionarios, ganglios linfáticos, nervios, útero, testículos y laringe, y en menor medida en la sangre. ^{[ 9 ]} Este gen se expresa en diversas afecciones, como tumores suprarrenales, condrosarcomas y tumores uterinos; también está implicado en tumores de tejidos blandos y musculares. ^{[ 10 ]}

Un microarreglo de BRAINSPAN.org, dentro de los datos del microarreglo LCM prenatal, muestra una alta abundancia de expresión de FAM193A en humanos, presente de forma ubicua en todo el cerebro. Una de las tres sondas mostró una expresión génica muy baja de FAM193A (A_24_P126465). Las estructuras más significativas en términos de intensidad de señal del microarreglo son: lóbulo occipital, formación hipocampal, globo pálido, giro parahipocampal, amígdala, pero una expresión relativamente baja en la ínsula. ^{[ 11 ]}

FAM193A presenta varias interacciones químico-genéticas específicas, recopiladas a partir de la literatura publicada. Se investigó el potencial carcinogénico de las interacciones con la aflatoxina , una micotoxina natural, mediante bioensayos crónicos en roedores. Este compuesto aumenta la expresión del ARNm de FAM193A y, mediante agrupamiento jerárquico ^{[ 12 ],} implica a este gen en procesos relacionados con macromoléculas, organización celular y regulación. ^{[ 13 ]}

La dihidrotestosterona es un andrógeno de la hormona sexual masculina. Los andrógenos desempeñan un papel importante en el mantenimiento y crecimiento de las células prostáticas . En un estudio con la línea celular de cáncer de próstata LNCaP, tratada con dihidrotestosterona y bicalutamida durante 6, 24 y 48 horas, los investigadores registraron 56 transcripciones diferentes que mostraron homología con factores de transcripción, reguladores del ciclo celular, enzimas metabólicas y proteínas hipotéticas. De estas, la expresión del gen FAM193A se incrementó en presencia de dihidrotestosterona durante 48 horas. ^{[ 14 ]}

Utilizando cBLAST de NCBI, se encontraron cinco estructuras que se alineaban parcialmente con FAM193A. De estas estructuras, solo dos fueron examinadas: la cadena A, la ARN polimerasa II de Schizosaccharomyces pombe y la tropomiosina de cadena A. La comparación con la estructura previa de la enzima de la levadura Saccharomyces cerevisiae revela diferencias en regiones implicadas en la selección del sitio de inicio y la interacción con factores de transcripción. Estos aspectos del mecanismo de transcripción difieren entre S. pombe y S. cerevisiae, pero se conservan entre S. pombe y los humanos. Los cambios de aminoácidos aparentemente responsables de las diferencias estructurales también se conservan entre S. pombe y los humanos, lo que sugiere que la estructura de S. pombe podría ser un buen sustituto de la de la enzima humana.

La estructura secundaria predicha de FAM193A, examinada mediante predictprotein.org, mostró que más de ¾ de los residuos exponen más del 16% de su superficie. Este programa también muestra que FAM193A es aproximadamente ½ hélice alfa. ^{[ 15 ]}

Existe un gen novedoso, IRIZIO, que coopera con el gen de fusión PAX3-FOXO1 y podría contribuir a la rabdomiosarcomagénesis en niños. Este gen novedoso es homólogo a FAM193A; utilizando la herramienta de búsqueda de alineación local básica del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), se reveló una homología general del 53%. Además, la mayor similitud se encuentra en los últimos 76 aminoácidos (89% de homología) de ambas proteínas. ^{[ 16 ]}

Locus de rasgo cuantitativo : ^{[ 17 ]}