Estudios de asociación del genoma completo (GWAS) en alergias

El GWAS en alergia es un estudio de metaanálisis de estudios de asociación de genoma completo en el que la alergia se asocia con diferentes loci de susceptibilidad . Los tres fenotipos alérgicos estudiados fueron a los gatos, los ácaros del polvo y el polen, para los cuales se encontraron pacientes que presentaban síntomas alérgicos. ^{[ 1 ]}

Historia

La alergia es una enfermedad muy común que conlleva numerosos problemas de salud. Las alergias y el asma alérgica son las dos enfermedades más frecuentes en el mundo industrializado, donde la mitad de la población de Estados Unidos dio positivo en una prueba de sensibilidad a al menos un alérgeno común. Se ha demostrado que la prevalencia de este tipo de enfermedades ha aumentado en los últimos diez años.

Además, se estima que la alergia tiene un componente hereditario, lo que sugiere que el conocimiento del componente genético es clave para comprender la enfermedad.

Se ha demostrado que los genes implicados en la alergia y el asma participan tanto en procesos inmunitarios como inflamatorios. Estos genes pertenecen a la familia de receptores tipo Toll (LTR), una familia de proteínas que forman parte del sistema inmunitario innato. Estos receptores son transmembrana y reconocen patrones moleculares expresados por un amplio espectro de agentes infecciosos, estimulando así las respuestas inflamatorias y sirviendo de enlace entre la inmunidad innata y la adaptativa. Además de estos receptores, se encuentran genes asociados a la alergia que codifican citocinas , quimiocinas y otros factores de transcripción . ^{[ 2 ]}

Estudio de asociación de todo el genoma

Lista de estudios de asociación de genoma completo publicados hasta junio de 2009. El código de color representa el tipo de enfermedad asociada.

Para el estudio de las relaciones entre los loci y la alergia a los gatos, los ácaros del polvo y el polen , se realizaron cuestionarios y pruebas de asociación de madres 23andMe ALSPAC.

Han realizado numerosos estudios de asociación de genoma completo (GWA), que consisten en un análisis de la variación genética en todo el genoma humano para identificar su asociación con un rasgo observable. En este caso, la asociación estudiada es un polimorfismo entre SNP o nucleótidos simples y alergia. Por lo tanto, se puede concluir que la aparición de uno o varios SNP o deleciones se manifiesta en un fenotipo de enfermedad. ^{[ 3 ]}

Se realizaron estudios de asociación del genoma completo (GWA) para alergias con efectos compartidos, y se identificaron 22 loci con una asociación significativa con los síntomas de alergia y otros fenotipos relacionados con el sistema inmunitario o el asma en estudios GWA previos, siendo por lo tanto un metaanálisis.

Además, se ha encontrado evidencia de una alergia específica de un solo locus en el cromosoma 6, concretamente en una región del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC), que se asocia claramente con los efectos de la alergia a los gatos. ^{[ 4 ]}

Estudio EQTL

El análisis eQTL determina loci asociados con un rasgo cuantitativo, donde se realizan estudios de expresión de loci asociados con rasgos como la alergia, con una explicación funcional. A través de estos estudios, se observó una superposición entre loci asociados con la alergia y loci previamente implicados en enfermedades autoinmunes. Así, en una región del cromosoma 5 , presenta un locus asociado con el asma alérgica, que está en la ruta de PTGER4, que codifica un receptor de prostaglandina, y presenta desequilibrio de ligamiento (LD), que es la asociación entre dos alelos ubicados cerca uno del otro en un cromosoma, que asume más frecuente de lo esperado en co-herencia aleatoria, ya que presenta un gran LD con otros SNP asociados con la enfermedad de espondilitis . Además, muchos loci asociados con alergias están cerca de genes involucrados en la diferenciación de células T helper . Según el análisis, la asociación puede ser un eQTL, ya que el gen asociado a dicho SNP provoca la expresión de BCL6, un factor de transcripción que suprime la diferenciación de las células T helper tipo 2 en modelos animales.

Muchas enfermedades autoinmunes se asocian con una mayor activación de la respuesta TH1, mientras que las alergias se asocian con la actividad de TH2, por lo que estos resultados pueden ayudar a identificar factores que influyen en el equilibrio entre la actividad de TH1 y TH2, así como elementos que contribuyen a ambas respuestas. ^{[ 5 ]}

Referencias

↑ De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.
↑ De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.
↑ Hinds, DA, McMahon, G., Kiefer, AK, Do, CB, Eriksson, N., Evans, DM, ... & Tung, JY (2013). Un metaanálisis de asociación de todo el genoma de alergias autoinformadas identifica loci de susceptibilidad compartidos y específicos de la alergia. Nature genetics, 45(8), 907-911.
↑ De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.
↑ De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.

Enlaces externos

GDS (Intercambio de Datos Genómicos), en los NIH
Catálogo publicado de GWAS , en NIH

[1] De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.

[2] De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.

[3] Hinds, DA, McMahon, G., Kiefer, AK, Do, CB, Eriksson, N., Evans, DM, ... & Tung, JY (2013). Un metaanálisis de asociación de todo el genoma de alergias autoinformadas identifica loci de susceptibilidad compartidos y específicos de la alergia. Nature genetics, 45(8), 907-911.

[4] De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.

[5] De Jager, PL, Jia, X., Wang, J., de Bakker, PI, Ottoboni, L., Aggarwal, NT, ... & Oksenberg, JR (2009). Metaanálisis de escaneos genómicos y replicación identifican a CD6, IRF8 y TNFRSF1A como nuevos loci de susceptibilidad a la esclerosis múltiple. Nature genetics, 41(7), 776-782.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]