Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

GeneMatcher

GeneMatcher es un servicio y base de datos en línea que conecta a médicos que estudian pacientes con enfermedades raras, basándose en genes de interés . Cuando dos o más médicos...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

GeneMatcher es un servicio y base de datos en línea que conecta a médicos que estudian pacientes con enfermedades raras, basándose en genes de interés . Cuando dos o más médicos envían el mismo gen a la base de datos, el servicio los conecta para que puedan comparar casos. También permite relacionar genes de modelos animales con casos humanos. El servicio busca establecer nuevas relaciones entre genes y enfermedades genéticas de causa desconocida.

El sitio web fue lanzado en septiembre de 2013 por un equipo de un proyecto de colaboración financiado por el gobierno entre el Hospital Johns Hopkins y el Baylor College of Medicine en los Estados Unidos. [ 1 ]

A diciembre de 2019 El sitio contenía 11.855 genes de 7.724 remitentes de 88 países, y se habían realizado 6.609 coincidencias. [ 2 ] El servicio ha ayudado a los genetistas a realizar varios descubrimientos, incluido el establecimiento de las causas genéticas de una forma de trastorno del espectro autista , síndromes de microcefalia con pérdida auditiva, una enfermedad mitocondrial , displasia SPONASTRIME y síndrome de Au-Kline .

Historia

El sitio web fue lanzado en septiembre de 2013 por Nara Sobreira, François Schiettecatte, Ada Hamosh y otros. [ 1 ] El equipo forma parte de un esfuerzo de colaboración entre el Hospital Johns Hopkins en Baltimore , Maryland y el Baylor College of Medicine en Houston , Texas , Estados Unidos, llamado Centro Baylor-Hopkins para la Genómica Mendeliana (BHCMG), uno de los tres Centros para la Genómica Mendeliana (CMG) establecidos y financiados por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI) de Estados Unidos en 2011. [ 3 ] [ 4 ]

Características

El servicio permite a los investigadores enviar genes candidatos a una base de datos y realizar coincidencias basadas en un gen de interés común. Investigadores, profesionales sanitarios o pacientes pueden crear una cuenta con su correo electrónico, nombre y dirección. Una vez creada, pueden publicar un gen mediante su símbolo , ID de Entrez o ID de Ensembl . También pueden especificar genes por número OMIM o ubicación genómica . Si otro usuario ya ha publicado un gen idéntico, la coincidencia se realiza de inmediato y ambos usuarios reciben un correo electrónico con los datos de contacto del otro usuario. De lo contrario, el gen permanece en la base de datos hasta que otro usuario envíe el mismo gen. La base de datos de genes no es explorable y no se puede acceder a los datos de contacto de los usuarios hasta que se haya realizado una coincidencia. Los usuarios pueden retirar el gen que enviaron o eliminar su cuenta en cualquier momento. [ 1 ]

Opcionalmente, los usuarios también pueden consultar la base de datos por trastorno genético o síntoma físico. El servicio también anima a quienes trabajan con modelos animales a enviar sus genes candidatos y ofrece la opción de especificar el envío por organismo modelo . [ 1 ]

Uso

A diciembre de 2019 El sitio contenía 11.855 genes de 7.724 remitentes de 88 países, y se habían realizado 6.609 coincidencias. [ 2 ] A julio de 2015 Aproximadamente el 14% de los genes estaban relacionados con modelos animales, y el propio BHCMG había enviado al menos 180 de los genes y generado 69 coincidencias, 16 de las cuales también coincidían con el fenotipo. Tres de esas coincidencias fenotipo-gen, que involucran a SPATA5 , HNRNPK y TELO2 , fueron suficientes para la publicación de nuevos esquemas de enfermedades en revistas médicas. [ 1 ]

Colaboración con otras bases de datos

GeneMatcher forma parte de una colaboración entre varios servicios de comparación genética llamada MatchmakerExchange, [ 5 ] lanzada en octubre de 2013. Los otros servicios que forman parte del proyecto incluyen PhenomeCentral y DECIPHER . [ 6 ]

La empresa estadounidense de pruebas genéticas GeneDx ha subido genes de su base de datos con variantes probablemente patógenas, lo que ha dado lugar a docenas de coincidencias. [ 1 ]

Impacto

GeneMatcher ha ayudado a los genetistas a realizar varios descubrimientos nuevos, algunos ejemplos de los cuales incluyen los siguientes:

  • En 2015, el servicio relacionó tres prácticas con casos de un síndrome multisistémico desconocido probablemente causado por una mutación en HNRNPK . Se confirmó la causa y el síndrome recibió el nombre de síndrome de Au-Kline, en honor a Ping-Yee Billie Au y Antonie D. Kline, dos de los investigadores involucrados. [ 6 ] [ 7 ] Posteriormente, en 2019, se demostró que el síndrome era idéntico al síndrome de Okamoto , descrito en 1997. [ 8 ]
  • En 2015, el servicio permitió a los investigadores vincular SPATA5 con un síndrome autosómico recesivo de microcefalia, convulsiones y pérdida auditiva. Utilizaron GeneMatcher para encontrar a 4 de 14 pacientes con el síndrome y las mutaciones. [ 9 ]
  • En 2015, GeneMatcher ayudó a los investigadores a vincular TELO2 con un síndrome autosómico recesivo de microcefalia, ataxia, pérdida auditiva, defectos cardíacos congénitos y otras características. El servicio les permitió encontrar a la cuarta de cuatro familias con hijos que presentaban la afección y las mutaciones. El síndrome recibió el nombre de síndrome de You-Hoover-Fong, en honor a las investigadoras Jing You y Julie Hoover-Fong. [ 10 ]
  • En 2016, investigadores en los Países Bajos utilizaron GeneMatcher para identificar a 2 de 4 pacientes con una condición de inmunodeficiencia autosómica recesiva fatal llamada síndrome LICS, causada por mutaciones en NSMCE3 . [ 11 ] [ 12 ]
  • En 2017, se descubrió que las mutaciones en KYNU o HAAO provocan un síndrome autosómico recesivo caracterizado por anomalías esqueléticas, defectos cardíacos congénitos, hipoplasia renal , pérdida auditiva y otras características. Los investigadores utilizaron GeneMatcher para identificar a la cuarta de cuatro familias con hijos que presentaban esta afección. [ 13 ] [ 14 ]
  • En 2017, investigadores del Reino Unido identificaron mutaciones en ADCY3 como la causa de un trastorno ciliar autosómico recesivo que provoca obesidad, anosmia y discapacidad intelectual leve. GeneMatcher les permitió encontrar al cuarto de cuatro pacientes con esta afección. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]
  • En 2018, los investigadores lograron asociar una deficiencia del complejo I mitocondrial con una mutación en NDUFA6 utilizando GeneMatcher. El servicio les permitió localizar a 3 de 4 pacientes con la afección y la mutación. [ 18 ] [ 19 ]
  • En 2019, GeneMatcher permitió a los investigadores vincular DEGS1 con una leucodistrofia hipomielinizante autosómica recesiva . Habían encontrado una mutación homocigótica en el gen en una paciente, y el servicio les ayudó a encontrar otros 18 pacientes con mutaciones autosómicas recesivas en el mismo gen con síntomas similares. [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]
  • En 2019, investigadores lograron establecer, con la ayuda de GeneMatcher, que una mutación en BRSK1 causa un síndrome autosómico dominante de discapacidad intelectual y trastorno del espectro autista . El servicio les permitió identificar a 5 de los 9 pacientes con la afección y la mutación. Los nueve pacientes pertenecían a cohortes que sumaban 3429 individuos, lo que se consideró una prevalencia alta para un trastorno poco común y generó sorpresa, ya que el gen no se había relacionado previamente con el retraso del desarrollo. [ 23 ] [ 24 ]

Referencias

  1. 1 2 3 4 5 6 Sobreira, Nara; Schiettecatte, François; Valle, David; Hamosh, Ada (2015). "GeneMatcher: una herramienta de emparejamiento para conectar a investigadores con interés en el mismo gen" . Human Mutation . 36 (10): 928– 930. doi : 10.1002/humu.22844 . ISSN 1098-1004 . PMC 4833888. PMID 26220891 .   
  2. 1 2 "GeneMatcher (GM)" . 28-12-2019. Archivado del original el 28-12-2019 . Recuperado el 28-12-2019 .
  3. ↑ Bamshad, Michael J.; Shendure, Jay A.; Rieder, Mark J.; Valle, David; Hamosh, Ada; Lupski, James R.; Gibbs, Richard A.; Boerwinkle, Eric; Lifton, Rick P.; Gerstein, Mark; Gunel, Murat (julio de 2012). "Los Centros de Genómica Mendeliana: una nueva iniciativa a gran escala para identificar los genes subyacentes a las afecciones mendelianas raras" . American Journal of Medical Genetics Part A. 158A ( 7): 1523– 1525. doi : 10.1002/ajmg.a.35470 . ISSN 1552-4825 . PMC 3702263. PMID 22628075 .   
  4. ↑ "Centros de Genómica Mendeliana" . Genome.gov . Consultado el 28 de diciembre de 2019 .
  5. ↑ "Inicio - Intercambio de Casamenteros" . www.matchmakerexchange.org . Consultado el 29 de enero de 2021 .
  6. 1 2 Carina Storrs, Especial para (29 de febrero de 2016). "Matchmaker: Nuevos sitios web colaborativos para enfermedades raras" . CNN . Recuperado el 28 de diciembre de 2019 .
  7. ^ Au, PY Billie; Tú, Jing; Caluseriu, Oana; Schwartzentruber, Jeremy; Majewski, Jacek; Bernier, Francois P.; Ferguson, Marcia; Valle, David; Parboosingh, Jillian S.; Sobreira, Nara; Innes, A. Micheil (octubre de 2015). "GeneMatcher ayuda en la identificación de un nuevo síndrome de malformación con discapacidad intelectual, dismorfismos faciales únicos y anomalías del tejido esquelético y conectivo causados ​​por variantes de novo en HNRNPK" . Mutación humana . 36 (10): 1009–1014 . doi : 10.1002/humu.22837 . ISSN 1059-7794 . PMC 4589226 . PMID 26173930 .   
  8. ↑ Okamoto, Nobuhiko (mayo de 2019). "El síndrome de Okamoto tiene características que se superponen con el síndrome de Au-Kline y es causado por una mutación en HNRNPK". American Journal of Medical Genetics Part A. 179 ( 5): 822– 826. doi : 10.1002/ajmg.a.61079 . ISSN 1552-4833 . PMID 30793470. S2CID 73496854 .   
  9. ^ Tanaka, Akemi J.; Cho, Megan T.; Millán, Francisca; Juusola, Jane; Retterer, Kyle; Joshi, Charuta; Niyazov, Dmitriy; Garnica, Adolfo; Gratz, Eduardo; Deardorff, Mateo; Wilkins, Alisha (3 de septiembre de 2015). "Las mutaciones en SPATA5 están asociadas con microcefalia, discapacidad intelectual, convulsiones y pérdida auditiva" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 97 (3): 457– 464. doi : 10.1016/j.ajhg.2015.07.014 . ISSN 0002-9297 . PMC 4564988 . PMID 26299366 .   
  10. ↑ You, Jing; Sobreira, Nara L.; Gable, Dustin L.; Jurgens, Julie; Grange, Dorothy K.; Belnap, Newell; Siniard, Ashley; Szelinger, Szabolcs; Schrauwen, Isabelle; Richholt, Ryan F.; Vallee, Stephanie E. (2016-05-05). "Un trastorno de discapacidad intelectual sindrómico causado por variantes en TELO2, un gen que codifica un componente del complejo TTT" . American Journal of Human Genetics . 98 (5): 909– 918. doi : 10.1016/j.ajhg.2016.03.014 . ISSN 0002-9297 . PMC 4863664. PMID 27132593 .   
  11. ^ Steijaert, Mickey (7 de julio de 2017). "Na negen jaar een diagnostic: dit gebeurde in de tussentijd" . de Volkskrant (en holandés) . Consultado el 29 de diciembre de 2019 .
  12. ↑ van der Crabben, Saskia N.; Hennus, Marije P.; McGregor, Grant A.; Ritter, Deborah I.; Nagamani, Sandesh CS; Wells, Owen S.; Harakalova, Magdalena; Chinn, Ivan K.; Alt, Aaron; Vondrova, Lucie; Hochstenbach, Ron (2016). "El complejo SMC5/6 desestabilizado conduce al síndrome de rotura cromosómica con enfermedad pulmonar grave" . The Journal of Clinical Investigation . 126 (8 ) : 2881– 2892. doi : 10.1172/JCI82890 . ISSN 0021-9738 . PMC 4966312. PMID 27427983 .   
  13. ↑ "Suscríbase a The Australian | Entrega a domicilio del periódico, sitio web, aplicaciones para iPad, iPhone y Android" . www.theaustralian.com.au . Consultado el 29 de diciembre de 2019 .
  14. ^ Shi, Hongjun; Enríquez, Annabelle; Rapadas, Melissa; Martín, Ella MMA; Wang, Roni; Moreau, Julie; Lim, Chai K.; Szot, Justin O.; Ip, Eddie; Hughes, James N.; Sugimoto, Kotaro (10 de agosto de 2017). "Deficiencia de NAD, malformaciones congénitas y suplementación con niacina" (PDF) . Revista de Medicina de Nueva Inglaterra . 377 (6): 544– 552. doi : 10.1056/NEJMoa1616361 . ISSN 0028-4793 . PMID 28792876 .  
  15. ↑ AGERPRES. "Asociérea dintre obezitate şi mutaţiile genetice, dovada că această boală nu înseamnă... " . www.agerpres.ro (en rumano) . Consultado el 29 de diciembre de 2019 .
  16. ^ Saeed, Sadia; Bonnefond, Amélie; Tamanini, Filippo; Mirza, Muhammad Usman; Manzoor, Jaida; Janjua, Qasim M.; Din, Sadia M.; Gaitán, Julien; Milochau, Alexandra; Durand, Emmanuelle; Vaillant, Emmanuel (febrero de 2018). "Las mutaciones con pérdida de función en ADCY3 provocan obesidad grave monogénica" . Genética de la Naturaleza . 50 (2): 175– 179. doi : 10.1038/s41588-017-0023-6 . hdl : 10044/1/59066 . ISSN 1546-1718 . PMID 29311637 . S2CID 4967389 .   
  17. ^ Grarup, Niels; Moltke, Ida; Andersen, Mette K.; Dalby, María; Vitting-Seerup, Kristoffer; Kern, Timo; Mahendran, Yuvaraj; Jørsboe, Emil; Larsen, Cristina VL; Dahl-Petersen, Inger K.; Gilly, Arthur (febrero de 2018). "Las variantes de pérdida de función en ADCY3 aumentan el riesgo de obesidad y diabetes tipo 2" . Genética de la Naturaleza . 50 (2): 172– 174. doi : 10.1038/s41588-017-0022-7 . ISSN 1546-1718 . PMC 5828106 . PMID 29311636 .   
  18. ↑ Walsh, Fergus (10 de junio de 2019). "Revolución genética en el diagnóstico de niños enfermos" . Recuperado el 29 de diciembre de 2019 .
  19. ↑ Alston, Charlotte L.; Heidler, Juliana; Dibley, Marris G.; Kremer, Laura S.; Taylor, Lucie S.; Fratter, Carl; French, Courtney E.; Glasgow, Ruth IC; Feichtinger, René G.; Delon, Isabelle; Pagnamenta, Alistair T. (2018-10-04). "Las mutaciones bialélicas en NDUFA6 establecen su papel en la deficiencia aislada del complejo I mitocondrial de inicio temprano" . American Journal of Human Genetics . 103 (4): 592– 601. doi : 10.1016/j.ajhg.2018.08.013 . ISSN 0002-9297 . PMC 6174280. PMID 30245030 .   
  20. ↑ "Leucodistrofia infantil recientemente descubierta: posible cura: el gen que causa la enfermedad se llama DEGS1 y su defecto puede contrarrestarse con fingolimod" . ScienceDaily . Consultado el 29 de diciembre de 2019 .
  21. ↑ "Entrada OMIM - * 615843 - DELTA(4)-DESATURASA, ESFINGOLÍPIDO, 1; DEGS1" . omim.org . Consultado el 29-12-2019 .
  22. ^ Pantalón, Devesh C.; Dorboz, Imen; Schlüter, Agatha; Fourcade, Stéphane; Launay, Nathalie; Joya, Javier; Aguilera-Albesa, Sergio; Yoldi, María Eugenia; Casasnovas, Carlos; Willis, María J.; Ruiz, Montserrat (2019). "La pérdida de la esfingolípido desaturasa DEGS1 provoca leucodistrofia hipomielinizante" . La Revista de Investigación Clínica . 129 (3): 1240–1256.doi : 10.1172 / JCI123959 . ISSN 0021-9738 . PMC 6391109 . PMID 30620337 .   
  23. ↑ "Un sitio web de búsqueda de genes lleva a los científicos a un posible candidato para el autismo" . Spectrum | Noticias sobre investigación del autismo . 6 de mayo de 2019. Consultado el 29 de diciembre de 2019 .
  24. ^ Hiatt, Susan M.; Thompson, Michelle L.; Prokop, Jeremy W.; Lawlor, James MJ; Gris, David E.; Bebin, E. Martina; Rinne, Tuula; Kempers, Marlies; Pfundt, Rolph; van Bon, Bregje W.; Mignot, Cyril (4 de abril de 2019). "Variación nociva en BRSK2 asociada con un trastorno del desarrollo neurológico" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 104 (4): 701– 708. doi : 10.1016/j.ajhg.2019.02.002 . ISSN 0002-9297 . PMC 6451696 . PMID 30879638 .