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HNRPD

La ribonucleoproteína nuclear heterogénea D0 (HNRNPD), también conocida como proteína de unión a ARN del elemento rico en AU 1 (AUF1), es una proteína que en humanos está codifi...

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La ribonucleoproteína nuclear heterogénea D0 (HNRNPD), también conocida como proteína de unión a ARN del elemento rico en AU 1 (AUF1), es una proteína que en humanos está codificada por el gen HNRNPD . [ 5 ] [ 6 ] El empalme alternativo de este gen da como resultado cuatro variantes de transcripción.

Función

Estructura secundaria y secuencia primaria consensuadas para los objetivos de la proteína de unión al ARN AUF1.

Este gen pertenece a la subfamilia de ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas (hnRNP) de expresión ubicua. Las hnRNP son proteínas de unión a ácidos nucleicos que forman complejos con el ARN nuclear heterogéneo (hnRNA). Los sitios de interacción en el ARN suelen estar sesgados hacia motivos de secuencia específicos. [ 7 ] Estas proteínas se asocian con los pre-ARNm en el núcleo y parecen influir en el procesamiento del pre-ARNm y otros aspectos del metabolismo y transporte del ARNm. Si bien todas las hnRNP están presentes en el núcleo, algunas parecen desplazarse entre el núcleo y el citoplasma . Las proteínas hnRNP poseen propiedades de unión a ácidos nucleicos distintivas. La proteína codificada por este gen tiene dos repeticiones de dominios cuasi-RRM que se unen a los ARN. Se localiza tanto en el núcleo como en el citoplasma. Esta proteína está implicada en la regulación de la estabilidad del ARNm. [ 6 ]

Interacciones

Se ha demostrado que HnRNP D interactúa con SAFB [ 8 ] y Hsp27 . [ 9 ] También se ha informado que interactúa con ARNm como el ARNm de Mef2c. [ 10 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000138668 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000000568 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. ↑ Dempsey LA, Li MJ, DePace A, Bray-Ward P, Maizels N (agosto de 1998). "El locus HNRPD humano se localiza en 4q21 y codifica una proteína altamente conservada" . Genomics . 49 (3): 378–384 . doi : 10.1006/geno.1998.5237 . PMID 9615222 . 
  6. 1 2 "Gen Entrez: HNRPD ribonucleoproteína nuclear heterogénea D (proteína de unión a ARN con elemento rico en AU 1, 37 kDa)" .
  7. ^ Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (enero de 2009). "Identificación de un motivo característico en los ARNm diana de la proteína de unión a ARN AUF1" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (1): 204– 14. doi : 10.1093/nar/gkn929 . PMC 2615618 . PMID 19033365 .  
  8. ^ Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (agosto de 2000). "Un factor asociado a la matriz nuclear, SAF-B, interactúa con isoformas específicas de AUF1/hnRNP D". Arco. Bioquímica. Biofísica . 380 (2): 228– 36. doi : 10.1006/abbi.2000.1938 . PMID 10933876 . 
  9. ^ Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Krause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (septiembre de 2008). "Chaperone Hsp27, una nueva subunidad de los complejos proteicos AUF1, funciona en la desintegración del ARNm mediada por elementos ricos en AU" . Mol. Celúla. Biol . 28 (17): 5223– 37. doi : 10.1128/MCB.00431-08 . PMC 2519747 . PMID 18573886 .  
  10. ↑ Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, de Cabo R, Gorospe M (agosto de 2014). "La proteína de unión a ARN AUF1 promueve la miogénesis regulando los niveles de expresión de MEF2C" . Mol Cell Biol . 34 (16): 3106–19 . doi : 10.1128/MCB.00423-14 . PMC 4135590. PMID 24891619 .  

Lecturas adicionales

  • Tay N, Chan SH, Ren EC (1992). "Identificación y clonación de una nueva proteína nuclear heterogénea similar a la ribonucleoproteína C que funciona como activador transcripcional del potenciador II del virus de la hepatitis B" . J. Virol . 66 (12): 6841–8 . doi : 10.1128/JVI.66.12.6841-6848.1992 . PMC 240284. PMID 1433497 .  
  • Lahiri DK, Thomas JO (1986). "Un clon de ADNc de las proteínas hnRNP C y su homología con la proteína de unión a ADN monocatenario UP2" . Nucleic Acids Res . 14 (10): 4077– 4094. doi : 10.1093 / nar/14.10.4077 . PMC 339847. PMID 3754960 .  
  • Kajita Y, Nakayama J, Aizawa M, Ishikawa F (1995). "La proteína de unión a ARN específica de UUAG, ribonucleoproteína nuclear heterogénea D0. Estructura modular común y propiedades de unión de la familia 2xRBD-Gly" . J. Biol. Chem . 270 (38): 22167–75 . doi : 10.1074/jbc.270.38.22167 . PMID 7673195 . 
  • Zhang W, Wagner BJ, Ehrenman K, Schaefer AW, DeMaria CT, Crater D, DeHaven K, Long L, Brewer G (diciembre de 1993). "Purificación, caracterización y clonación de ADNc de una proteína de unión a ARN con elemento rico en AU, AUF1" . Mol. Cell. Biol . 13 (12): 7652–65 . doi : 10.1128/MCB.13.12.7652 . PMC 364837. PMID 8246982 .  
  • Wagner BJ, Long L, Rao PN, Pettenati MJ, Brewer G (junio de 1996). "Localización y mapeo físico de los genes que codifican la proteína de unión a ARN AUF1, rica en elementos A+U, en los cromosomas humanos 4 y X". Genomics . 34 (2): 219–22 . doi : 10.1006/geno.1996.0269 . PMID 8661052 . 
  • Kiledjian M, DeMaria CT, Brewer G, Novick K (1997). "Identificación de AUF1 (ribonucleoproteína nuclear heterogénea D) como un componente del complejo de estabilidad del ARNm de la alfa-globina" . Mol . Cell. Biol . 17 (8): 4870– 6. doi : 10.1128/MCB.17.8.4870 . PMC 232339. PMID 9234743 .  
  • Wagner BJ, DeMaria CT, Sun Y, Wilson GM, Brewer G (marzo de 1998). "Estructura y organización genómica del gen AUF1 humano: el empalme alternativo del pre-ARNm genera cuatro isoformas proteicas". Genomics . 48 (2): 195–202 . doi : 10.1006/geno.1997.5142 . PMID 9521873 . 
  • Siomi MC, Fromont M, Rain JC, Wan L, Wang F, Legrain P, Dreyfuss G (julio de 1998). " Conservación funcional de la vía de importación nuclear de la transportina en organismos divergentes" . Mol. Cell. Biol . 18 (7): 4141–8 . doi : 10.1128/MCB.18.7.4141 . PMC 108998. PMID 9632798 .  
  • Tolnay M, Vereshchagina LA, Tsokos GC (1999). "La ribonucleoproteína nuclear heterogénea D0B es una proteína de unión al ADN específica de secuencia" . Biochem . J. 338 ( 2): 417–25 . doi : 10.1042/0264-6021:3380417 . PMC 1220068. PMID 10024518 .  
  • Nagata T, Kurihara Y, Matsuda G, Saeki J, Kohno T, Yanagida Y, Ishikawa F, Uesugi S, Katahira M (marzo de 1999). "Estructura e interacciones con el ARN del dominio de unión a ARN específico de UUAG N-terminal de hnRNP D0". J. Mol. Biol . 287 (2): 221– 37. doi : 10.1006/jmbi.1999.2616 . PMID 10080887 . 
  • Laroia G, Cuesta R, Brewer G, Schneider RJ (1999). "Control de la degradación del ARNm por la vía de choque térmico-ubiquitina-proteasoma". Science . 284 (5413): 499– 502. Bibcode : 1999Sci...284..499L . doi : 10.1126/science.284.5413.499 . PMID 10205060 . 
  • Blaxall BC, Dwyer-Nield LD, Bauer AK, Bohlmeyer TJ, Malkinson AM, Port JD (junio de 2000). "Expresión diferencial y localización de las proteínas de unión al ARNm, proteína de unión al ARNm del elemento rico en AU (AUF1) y antígeno Hu R (HuR), en tejido pulmonar neoplásico". Mol. Carcinog . 28 (2): 76– 83. doi : 10.1002/1098-2744(200006)28:2 < 76::AID- MC3 > 3.0.CO ; 2-0 . PMID 10900464. S2CID 25180996 .  
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  • Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000). "Un factor asociado a la matriz nuclear, SAF-B, interactúa con isoformas específicas de AUF1/hnRNP D". Arco. Bioquímica. Biofísica . 380 (2): 228– 236. doi : 10.1006/abbi.2000.1938 . PMID 10933876 . 
  • Grosset C, Chen CY, Xu N, Sonenberg N, Jacquemin-Sablon H, Shyu AB (septiembre de 2000). "Un mecanismo para el recambio de ARNm acoplado traslacionalmente: interacción entre la cola de poli(A) y un determinante codificante de ARN c-fos a través de un complejo proteico" . Cell . 103 ( 1): 29–40 . doi : 10.1016/S0092-8674(00)00102-1 . PMID 11051545. S2CID 18135412 .  
  • Katahira M, Miyanoiri Y, Enokizono Y, Matsuda G, Nagata T, Ishikawa F, Uesugi S (agosto de 2001). "Estructura del dominio de unión a ARN C-terminal de hnRNP D0 (AUF1), sus interacciones con ARN y ADN, y cambio en la dinámica del esqueleto tras la formación del complejo con ADN". J. Mol. Biol . 311 (5): 973–88 . doi : 10.1006/jmbi.2001.4862 . PMID 11531333 . 
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  • Tolnay M, Juang YT, Tsokos GC (2002). "La proteína quinasa A potencia, mientras que la glucógeno sintasa quinasa-3 beta inhibe, la actividad del dominio transactivador codificado por el exón 2 de la ribonucleoproteína nuclear heterogénea D de forma jerárquica" . Biochem . J. 363 ( Pt 1): 127–36 . doi : 10.1042/0264-6021:3630127 . PMC 1222459. PMID 11903055 .  
  • Pioli PA, Hamilton BJ, Connolly JE, Brewer G, Rigby WF (septiembre de 2002). "La lactato deshidrogenasa es una proteína de unión a elementos ricos en AU que interactúa directamente con AUF1" . J. Biol. Chem . 277 (38): 35738–45 . doi : 10.1074/jbc.M204002200 . PMID 12107167 . 
  • Shchors K, Yehiely F, Kular RK, Kotlo KU, Brewer G, Deiss LP (diciembre de 2002). "El ARN inhibidor de la muerte celular (CDIR) derivado de una región 3'-no traducida se une a AUF1 y a la proteína de choque térmico 27" . J. Biol. Chem . 277 (49): 47061–72 . doi : 10.1074/jbc.M202272200 . PMID 12356764 . 
  • PDBe-KB proporciona una descripción general de toda la información estructural disponible en la base de datos PDB para la ribonucleoproteína nuclear heterogénea humana D0 (HNRPD).