La proteína hematopoyética que contiene el dominio SH2 ( HSH2D ) es una proteína codificada por el gen hematopoyético que contiene el dominio SH2 (HSH2D) .
Gene
El gen HSH2D se localiza en el cromosoma 19, en la posición 19p13.11. Entre sus nombres comunes se encuentran HSH2 ( proteína SH2 hematopoyética ) y ALX ( adaptador en linfocitos de función desconocida X ). El ARNm codifica dos isoformas principales . La isoforma 1, la más larga, contiene siete exones . El gen abarca desde la posición 16134028 hasta la 16158575.
ARNm
Existen dos isoformas principales de HSH2D. La isoforma 1 tiene siete exones y mide 2403 pb . La isoforma 2 tiene seis exones y mide 2936 pb. Aunque la isoforma 2 tiene un ARNm más largo, sigue produciendo la isoforma más pequeña en la proteína madura. La isoforma 2 tiene una UTR 5' variante y un codón de inicio diferente , así como un N-terminal más corto . [ 1 ] El ARNm tiene una UTR 5' corta y una UTR 3' larga.
Proteína
La proteína tiene un peso molecular de 39,0 kilodaltons (kDa) y un pI de 6,678. [ 2 ] La característica principal de la proteína es el dominio SH2 ( homología Src ) , que es una región que contiene receptores de fosfotirosina y es importante en muchas moléculas de señalización . [ 3 ] Este dominio se encuentra entre los residuos 26 y 127.
La estructura secundaria de la proteína contiene una sección helicoidal alrededor de los residuos 40-50, una lámina entre 60-70, hélices entre 100-110, 135-145, 175-180, 200-225, y láminas adicionales entre 235-240 y 295-300, como se muestra en la figura en la parte inferior de la sección (las hélices son flechas moradas y las láminas son flechas rojas). La proteína presenta varias modificaciones postraduccionales , especialmente fosforilación y O-glicosilación de GalNAc, la cual ha demostrado desempeñar un papel en el cáncer. [ 4 ]

La estructura terciaria de la proteína no ha sido confirmada mediante investigación, sin embargo, las predicciones utilizando el software I-TASSER [ 5 ] son útiles para visualizar la proteína.
Expresión
Según los perfiles de expresión de NCBI GEO [ 6 ] y los análisis de EST, la proteína parece expresarse de forma restringida en los tejidos humanos. Se expresa en altos niveles en la médula ósea , las células T CD4+ y CD8+ , los ganglios linfáticos , la glándula mamaria , el bazo , el estómago , la tiroides y el intestino delgado . La expresión se eleva en casos de leucemia linfoblástica aguda de precursores de células T tempranas [ 6 ] y disminuye en las células de cáncer de mama tratadas con estrógeno, lo que sugiere una interacción entre la proteína y el estrógeno.
Función
La función de la proteína HSH2D aún no se comprende completamente; sin embargo, se ha demostrado que participa en diversas funciones celulares, como la apoptosis, la cicatrización de heridas, los factores de crecimiento endotelial vascular, el tráfico intracelular asociado a la membrana, la biogénesis de gotas lipídicas y la remodelación del colágeno. [ 7 ] También se cree que participa en la activación de las células T. [ 8 ]
Proteínas que interactúan
HSH2D interactúa con varios protooncogenes , incluidos el protooncogén FES ( FES ) y el protooncogén CRK ( CRK ). También se sospecha que interactúa con otras proteínas como la tirosina quinasa no receptora 2 (TRK2), la quinasa putativa inducida por PTEN (PINK1) y la interleucina 2 (IL2). [ 9 ] A continuación se muestra un resumen de estas proteínas con sus funciones sospechadas.
Importancia clínica
La proteína HSH2D se ha estudiado junto con otros genes humanos que se cree que participan en el sistema inmunitario humano . Se ha observado que la HSH2D se expresa en altos niveles en pacientes con colitis ulcerosa . [ 12 ] Esta proteína también está asociada con la actividad del interferón alfa. [ 13 ]
Homología
HSH2D tiene cuatro parálogos distantes y varios ortólogos en otras especies que presentan altos niveles de conservación.
Parálogos
Los cuatro parálogos de HSH2D en humanos son otras proteínas que contienen dominios SH2. No presentan un alto grado de conservación, salvo en este dominio. Todos los parálogos se encontraron a través de GeneCards [ 14 ].
Ortólogos
HSH2D posee varias proteínas ortólogas presentes en diversos órdenes de especies. Esta proteína se conserva bien en mamíferos, así como en algunos reptiles, anfibios e invertebrados. La siguiente lista no es exhaustiva, sino que muestra la amplia gama de organismos en los que se puede encontrar la proteína. Todas las proteínas ortólogas se identificaron mediante los programas BLAST [ 15 ] o BLAT [ 16 ] .
Referencias
- ↑ "dominio SH2 hematopoyético que contiene [ Homo sapiens (humano) ] " . Centro Nacional de Información Biotecnológica . 22-04-2017.
- ↑ Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, IR, Blaisdell, BE y Karlin, S. (1992) "Métodos y algoritmos para el análisis estadístico de secuencias de proteínas" Proc. Natl. Sci. USA 89, 2009-2006
- ↑ Filippakopoulos, Panagis (diciembre de 2009). "Dominios SH2: moduladores de la actividad de la tirosina quinasa no receptora" . Current Opinion in Structural Biology . 19 (6): 643– 649. doi : 10.1016/j.sbi.2009.10.001 . PMC 2791838. PMID 19926274 .
- ↑ Gill, DJ (marzo de 2011). "Ubicación, ubicación, ubicación: nuevas perspectivas sobre la glicosilación de proteínas O-GalNAc ". Trends in Cell Biology . 21 (3): 149– 158. doi : 10.1016/j.tcb.2010.11.004 . PMID 21145746 .
- ↑ "I-TASSER" .
- 1 2 "NCBI GEO" .
- ↑ Mackintosh, CG (2016). "La secuenciación SOLiD SAGE muestra expresión génica diferencial en muestras de ganglios linfáticos yeyunales de ciervos rojos (Cervus elaphus) resistentes y susceptibles desafiados con Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis". Inmunología Veterinaria e Inmunopatología . 169 : 102–110 . doi : 10.1016/j.vetimm.2015.10.009 . PMID 26620077 .
- ↑ Tatebe, Ken (2010). "Análisis de la red de respuesta de la expresión génica diferencial en células epiteliales pulmonares humanas durante infecciones por influenza aviar" . BMC Bioinformatics . 11 : 170. doi : 10.1186/1471-2105-11-170 . PMC 2868837. PMID 20370926 .
- ↑ "STRING: Red de interacción proteína-proteína" .
- ↑ "TNK2 tirosina quinasa no receptor 2" .
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- ↑ Clark, Peter (2012). "El análisis bioinformático revela firmas de transcriptoma y microARN y objetivos de reposicionamiento de fármacos para la EII y otras enfermedades autoinmunes" . Enfermedades Inflamatorias Intestinales . 18 (12): 2315– 33. doi : 10.1002/ibd.22958 . PMID 22488912. S2CID 4629313 .
- ↑ Schmeisser, H (2010). "Identificación de genes inducidos por interferón alfa asociados con actividad antiviral en células Daudi y caracterización de IFIT3 como un nuevo gen antiviral" . Journal of Virology . 84 (20): 10671– 0680. doi : 10.1128/jvi.00818-10 . PMC 2950578. PMID 20686046 .
- ↑ "Gen HSH2D" .
- ↑ "NCBI BLAST" .
- ↑ "Búsqueda del genoma BLAT de UCSC" .
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