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En genética , un sitio hipersensible es una región corta de cromatina que se detecta por su hipersensibilidad a la escisión por la DNasa I y otras nucleasas ( DNasa II y nucleasas microcócicas ). En un sitio hipersensible, la estructura nucleosomal está menos compactada, lo que aumenta la disponibilidad del ADN para la unión de proteínas, como factores de transcripción y la DNasa I. Estos sitios desempeñan un papel importante en la regulación de la expresión génica al aumentar la accesibilidad del ADN a los factores de transcripción. [ 2 ] Los sitios hipersensibles a la DNasa I (DHS) son ampliamente reconocidos como marcadores de cromatina abierta y están estrechamente asociados con regiones reguladoras del genoma involucradas en la transcripción génica. [ 3 ]
Ubicación
En todos los genes activos se encuentran sitios hipersensibles, y muchos de estos genes suelen tener más de uno. Generalmente, los sitios hipersensibles se encuentran únicamente en la cromatina de las células en las que se expresa el gen asociado, y no aparecen cuando el gen está inactivo.
Estudios a nivel genómico han demostrado que los sitios hipersensibles a la DNasa I se enriquecen frecuentemente en los sitios de inicio de la transcripción y otros elementos reguladores del ADN, lo que refleja su función en el control de la expresión génica. [ 4 ]
Los sitios hipersensibles a la DNasa se asocian comúnmente con regiones de cromatina abierta involucradas en la regulación de la transcripción y se ubican frecuentemente cerca de los sitios de inicio de la transcripción y otros elementos de regulación cis. [ 3 ] Los estudios de mapeo genómico han demostrado además que estos sitios están enriquecidos en elementos de ADN reguladores y reflejan diferencias en la accesibilidad de la cromatina asociadas con la expresión génica. [ 4 ]
Los sitios hipersensibles se generan como resultado de la unión de factores de transcripción que desplazan los octámeros de histonas .
También se pueden localizar mediante marcaje indirecto de extremos. Un fragmento de ADN se corta una vez en el sitio hipersensible con DNasa y en otro sitio con una enzima de restricción . A continuación, se mide la distancia desde el sitio de restricción conocido hasta el corte de la DNasa para determinar la ubicación.
Referencias
- ↑ Wang, YM; Zhou, P; Wang, LY; Li, ZH; Zhang, YN; Zhang, YX (2012). " Correlación entre la distribución de sitios hipersensibles a la DNasa I y la expresión génica en células HeLa S3" . PLOS ONE . 7 (8) e42414. Bibcode : 2012PLoSO...742414W . doi : 10.1371/journal.pone.0042414 . PMC 3416863. PMID 22900019 .
- ↑ Pennisi, Elizabeth (7 de septiembre de 2012). "El proyecto ENCODE escribe un elogio para el ADN basura". Science . 337 (6099): 1159– 1161. Bibcode : 2012Sci...337.1159P . doi : 10.1126/science.337.6099.1159 . PMID 22955811 .
- 1 2 Zhang, Shengli; Xue, Tian (2020). "Utilice la regla de 5 pasos de Chou para identificar sitios hipersensibles a la DNasa I mediante la matriz de propiedades de dinucleótidos y el aumento de gradiente extremo". Molecular Genetics and Genomics . 295 (6): 1431– 1442. doi : 10.1007/s00438-020-01711-8 . ISSN 1617-4623 . PMID 32685987 .
- 1 2 Rajkumar, Mohan Singh; Tembhare, Kunal; Garg, Rohini; Jain, Mukesh (2024). "Mapeo a nivel genómico de sitios hipersensibles a la DNasa I reveló accesibilidad diferencial de la cromatina y elementos reguladores del ADN bajo estrés por sequía en cultivares de arroz". The Plant Journal: For Cell and Molecular Biology . 119 (4): 2063– 2079. Bibcode : 2024PlJ...119.2063R . doi : 10.1111/tpj.16864 . ISSN 1365-313X . PMID 38859561 .
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