Joe Fonda

• En busca del lago (Alacra, 1981)
• Desde el cielo (Kaleidoscope, 1987)
• Lo que estamos escuchando (WERF, 1996)
• Desde la fuente (Konnex, 1997)
• Suite Full Circle (CIMP, 1999)
• Cuando llegue el momento (Jazz Halo, 1999)
• Distancia (Leo, Lab 2000)
• Intervención (WERF, 2000)
• Suite de calefacción (Konnex, 2003)
• Bajos cargados (CIMP, 2006)
• Una gota de agua (Konnex, 2008)
• Trío Joy (Klopote, 2017)
• Dreamstruck (Not Two, 2018) con Marilyn Crispell y Harvey Sorgen
• Con Grace in Mind (Fundacja Słuchaj!, 2022) con Marilyn Crispell y Harvey Sorgen

Con Michael Jefry Stevens

• El deseo (Música y Artes, 1995)
• En directo desde Brujas (WERF, 1997)
• Líneas paralelas (Música y Artes, 1997)
• Evolución (Leo, 1998)
• En directo desde el búnker (Leo, 2000)
• La curación (Leo, 2002)
• Doce improvisaciones (Leo, 2004)
• Forever Real (482 Music, 2005)
• Trío (No Dos, 2007)
• Memphis (Playscape, 2009)
• Vivir en Katowice (Not Two, 2011)
• Gira del 20.º aniversario en directo (Artists Recording Collective, 2013)
• De las raíces al cielo (Long Song, 2018)

Con la banda Nu

• En directo en el Bop Shop y Rochester, NY (Clean Feed, 2001)
• En directo (Konnex, 2005)
• La droga y el fantasma (No son dos, 2007)
• Lower East Side Blues (Porter, 2008)
• Vivir en París ( NoBusiness , 2010)
• La constante cosmológica (No dos, 2015)
• El concierto final (NoBusiness, 2016)
• Vivir en Ginebra (No Dos, 2017)

Con llamada en conferencia

• Respuesta final (Soul Note, 2002)
• Variaciones sobre un plan maestro (Leo, 2003)
• Spirals: El concierto de Berlín (482 Music, 2004)
• En directo desde el Outpost Performance Space (482 Music, 2006)
• ¿Y qué hay de...? (No dos, 2010* Poesía en movimiento (Clean Feed, 2008))
• Siete (En vivo en la estación de bomberos 12) (No son dos, 2013)
• Prisma (No Dos, 2020)

Con el trío FAB

• Transformando el espacio (CIMP, 2003)
• En directo desde Iron Works Vancouver (Konnex, 2005)
• Una noche en París (En directo al atardecer) (Marge, 2008)
• Vivir en Ámsterdam (Porter, 2009)
• Historia del jazz a la inversa (TUM, 2011)

Con el Cuarteto OGJB ( Oliver Lake , Graham Haynes , Fonda, Barry Altschul )

• Bamako (TUM, 2019)
• Oda a O (TUM, 2022)

Con Barry Altschul

• El factor 3dom (TUM, 2013)
• Relatos de lo imprevisto (TUM, 2015)
• Vivir en Cracovia (Not Two, 2017)
• Sol largo y alto (No dos, 2021)

Con Anthony Braxton

• Proyecto Charlie Parker de Anthony Braxton, 1993 (hat ART, 1995)
• Knitting Factory (Piano/Cuarteto) 1994, Vol. 1 (Leo, 1995)
• Knitting Factory (Piano/Cuarteto) 1994, Vol. 2 (Leo, 1995)
• 10 Composiciones (Dúo) 1995 (Konnex, 1996)
• Cuarteto de piano, Yoshi's 1994 (Música y Artes, 1996)
• Composición nº 173 (Black Saint, 1996)

• Sexteto (Estambul) 1996 (Braxton House, 1996)
• Tentet (Nueva York) 1996 (Braxton House, 1996)
• Cuatro composiciones (Cuarteto) 1995 (Braxton House, 1997)
• Octeto (Nueva York) 1995 (Braxton House, 1997)
• Ensemble (Nueva York) 1995 (Braxton House, 1997)
• Música para pequeños conjuntos (Wesleyan) 1994 (Splasc(H), 1999)
• Trillium R (Braxton House, 1999)
• Knitting Factory (Piano/Cuarteto) 1994, Vol. 2 (Leo, 2000)
• Ninetet (de Yoshi) 1997 Vol. 1 (Leo, 2002)
• Ninetet (de Yoshi) 1997 Vol. 2 (Leo, 2003)
• Ninetet (de Yoshi) 1997 Vol. 3 (Leo, 2003)
• Ninetet (de Yoshi) 1997 Vol. 4 (Leo, 2007)
• GTM (Fábrica de Tejidos) 1997 Vol. 1 (New Braxton House, 2011)
• GTM (Fábrica de Tejidos) 1997 Vol. 2 (New Braxton House, 2011)

Con Satoko Fujii

• Dúo (Canción larga, 2016)
• Mizu (Canción larga, 2018)
• Tríada (Canción larga, 2018)
• Cuatro (Long Song, 2019)

Con otros

• Remi Álvarez , Trío 3D (Konnex, 2012)
• Karl Berger , Un poco desconocido (Tzadik, 2014)
• Roy Campbell Jr. , Relentlessness Live at the Sunset (Marge, 2011)
• Roland Dahinden , Naima (Modo, 1997)
• Guillermo Gregorio , Vidas que se cruzan (2020)
• Charlie Mariano , Elegía para un ganso (Estudios Mariano, 1981)
• Bobby Naughton , Zoar (Otic, 2001)
• Kevin Norton , Nudos (Música y Artes, 1998)
• Kevin Norton, Para Guy Debord (Barking Hoop, 1999)
• Vesna Pisarovic , Petit Standard (Jazzwerkstatt, 2019)
• Archie Shepp , Phat Jam en Milán (Dawn of Freedom 2009)
• Leo Smith , Procesión de la Gran Ascendencia (Chief, 1989)
• Walter Thompson , El Coronel (Nine Winds, 1998)
• Tiziano Tononi , No hay más problemas... Todos los hombres son hermanos (canción larga, 2017)
• Mark Whitecage , Mark Whitecage y Liquid Time (Acústica, 1990)
• Mark Whitecage, Tensión consensual (CIMP, 1998)