José María Flores

Las tropas de Flores superaban en número a las de Gillespie. Flores exigió la retirada de los estadounidenses. En septiembre de 1846, Gillespie accedió a abandonar Los Ángeles. Gillespie mandó llamar a Benjamin Wilson, que se encontraba en la zona de San Bernardino, para que trajera un contingente de simpatizantes estadounidenses que ayudaran a asegurar Los Ángeles. José del Carmen Lugo se enteró de que Wilson lo buscaba para arrestarlo. Lugo organizó una milicia californiana y fue tras Wilson. Ambos bandos se enfrentaron en la Batalla de Chino . Posteriormente, Lugo tomó cuarenta prisioneros y los entregó a Flores. Flores le pidió a Lugo que se uniera a él, pero Lugo se negó. Flores quería enviar a los prisioneros a la Ciudad de México , pero muchos se opusieron. Benjamin Wilson envió un mensaje a Gillespie pidiéndole que abandonara California definitivamente. El 4 de octubre de 1846, Gillespie partió de San Pedro . Algunos prisioneros de Chino fueron intercambiados por prisioneros californianos.

Flores comenzó a recuperar California. Envió a Manuel Garfias a retomar Santa Bárbara . Garfias cumplió su misión sin luchar. Manuel Castro fue enviado a asegurar el norte. Ocupó San Luis Obispo . Francisco Rico fue enviado al sur para retomar San Diego . No llegó allí, pues fue llamado de vuelta a Los Ángeles. Rico envió a algunos californianos a vigilar San Diego y a mantener a raya a los estadounidenses.

Flores controlaba ahora California desde San Luis Obispo hasta San Diego, pero su ejército contaba con pocas armas y municiones. Se pidió a todos los varones del sur de California que se alistaran como soldados. Sin embargo, solo unos 200 hombres permanecieron en servicio activo.

El 6 de octubre de 1846, 420 estadounidenses, entre ellos 203 infantes de marina de los Estados Unidos , liderados por el capitán William Mervine , desembarcaron en San Pedro. Flores envió a José Antonio Carrillo con cincuenta lanceros californianos para enfrentarse a las fuerzas estadounidenses que avanzaban, mientras que el resto de las fuerzas militares regulares permanecieron para asegurar Los Ángeles.

El 7 de octubre de 1846, las fuerzas estadounidenses avanzaron hacia las construcciones de adobe españolas del Rancho Domínguez . Flores y algunos de sus soldados se unieron a las fuerzas de Carrillo, en su mayoría ganaderos locales californianos, para enfrentarse a las fuerzas de Mervine. El 8 de octubre, derrotaron a los marines en una batalla de una hora, causando cuatro bajas y obligando a los estadounidenses a retroceder hasta la bahía de San Pedro. Esta fue la Batalla del Rancho Domínguez y, en la historia, una de las pocas veces que los marines estadounidenses han sido derrotados en combate. Esta victoria también marcó un hito en el control que los californianos ejercían sobre su territorio.

El 26 de octubre de 1846, Flores convocó a la Asamblea Departamental de California y reorganizó el gobierno californiano restante. El 1 de noviembre, Flores se convirtió en gobernador interino y comandante general . El 3 de diciembre, Francisco Rico y José Antonio Carrillo se rebelaron contra Flores. Flores fue arrestado por su presunta conspiración contra los prisioneros chinos y por el supuesto robo de fondos de guerra. Flores decidió no enviar a los prisioneros chinos a la Ciudad de México y no se encontraron pruebas sobre el paradero de los fondos desaparecidos. El 5 de diciembre fue restituido en el poder. Rico y Carrillo fueron encarcelados por la rebelión, pero liberados poco después.

Flores necesitaba ayuda del gobierno mexicano. Envió al capitán Antonio Coronel y a algunos hombres a Sonora para conseguir refuerzos. En el camino, se enteraron del avance del general Stephen W. Kearny . Enviaron un mensajero a Flores, quien envió a Andrés Pico a enfrentarse a los estadounidenses. Poco después tuvo lugar la batalla de San Pascual .

Tras la victoriosa batalla, Flores solicitó a Pico que regresara a Los Ángeles, pero que dejara hombres en el sur vigilando los movimientos estadounidenses. Después de la batalla, algunos californianos fueron asesinados en la masacre de Pauma . Flores envió a José del Carmen Lugo y su milicia a Temecula para vengar las matanzas. Poco después tuvo lugar la masacre de Temecula .

Para el 4 de enero de 1847, Stockton y Kearny habían unido fuerzas (con un total de 660 hombres) y marchaban hacia la zona de Los Ángeles. En el norte, John Charles Fremont avanzaba con 320 hombres hacia el sur, también en dirección a Los Ángeles. Flores envió mensajeros solicitando una tregua hasta que llegara una noticia de la Ciudad de México sobre el fin de la guerra. Era una táctica dilatoria. Stockton se negó y exigió la rendición incondicional . Declaró que todos recibirían amnistía, excepto Flores, quien sería fusilado o hecho prisionero.

El 8 de enero de 1847, el ejército de Stockton se enfrentó a los californios de Flores en la batalla del río San Gabriel . Los estadounidenses ganaron una dura batalla y Flores se reagrupó.

El 9 de enero de 1847, las tropas de Flores se enfrentaron por última vez a las fuerzas de Stockton en la batalla de La Mesa . El 12 de enero, las tropas de Flores izaron una bandera de tregua.

El 10 de enero de 1847, Flores partió de Los Ángeles y se alojó en Los Verdugos . Allí celebró un último consejo, en el que decidió abandonar California. Traspasó el mando a Andrés Pico y partió esa misma noche, el 11, hacia Sonora . Antes de abandonar Los Ángeles, liberó a todos los prisioneros.