Articulo de referencia

LOC101059915

LOC101059915 es una proteína que, en humanos , está codificada por el gen LOC101059915 . Se localiza en el cromosoma X y su expresión se restringe a los testículos. Gene El gen ...

LOC101059915 es una proteína que, en humanos , está codificada por el gen LOC101059915 . Se localiza en el cromosoma X y su expresión se restringe a los testículos.

Gene

El gen LOC101059915 tiene dos alias conocidos como marco de lectura abierto 49 similar al cromosoma X y BX276092.6. [ 3 ]

Locus y estructura

LOC101059915 se encuentra en el cromosoma X en el locus Xq13.1. Tiene una longitud de 1831 pares de bases y la secuencia genética tiene 6 exones . [ 4 ] LOC101059915 también tiene un transcrito codificante de proteínas.

Región promotora y expresión

La región promotora de LOC101059915 se localiza en la cadena codificante del ADN, entre los pares de bases 71666098 y 71667904 del cromosoma X. Abarca hasta 1806 pb. [ 5 ] Sin embargo, la expresión de LOC101059915 es relativamente baja en células humanas y se limita principalmente a los testículos. [ 6 ]

Proteína

Características generales y análisis compositivo

La proteína tiene 518 aminoácidos y una masa molecular de 55,1 kDa. [ 7 ] El punto isoeléctrico es 8,15. En comparación con otras proteínas humanas, LOC101059915 es rica en glicina , prolina y serina , pero tiene niveles más bajos de tirosina . [ 8 ]

Dominios

El dominio de función desconocida , DUF4641, abarca casi toda la proteína. Es parte de pfam15483. [ 9 ] Tiene una longitud de 410 aminoácidos, desde el aminoácido 85 hasta el aminoácido 495. [ 10 ]

Ilustración esquemática realizada con el software DOG que muestra el dominio de función desconocida (DUF4641), así como la ubicación de estructuras secundarias como hélices alfa y modificaciones postraduccionales como sitios SUMO.

Estructura secundaria

Se ha demostrado que la estructura secundaria de LOC101059915 consiste principalmente en hélices alfa, según lo determinado por modelos hechos en I-TASSER y análisis usando las herramientas ExPASy. [ 11 ]

Muestra las estructuras secundarias modeladas de LOC101059915, donde el rojo indica las hélices alfa y el amarillo las posibles láminas beta.

Modificaciones postraduccionales

Se predice que LOC101055915 contiene muchas modificaciones postraduccionales diferentes. Esto incluye sitios para fosforilación (NetPhos 2.0 [ 12 ] ) y sumoilación (SUMOplot Analysis Program [ 13 ] ).

localización subcelular

Se ha predicho que la proteína LOC101059915 se localiza en el núcleo celular (PSORT II). [ 14 ]

Homología y evolución

Parálogos

CXorf49 y CXorf49B son parálogos de LOC101059915. Comparten más del 78% de similitud con LOC101059915 y probablemente sufrieron un evento de duplicación genética relativamente reciente, en términos evolutivos, debido al alto grado de conservación entre las tres secuencias.

CXorf49 es especialmente interesante debido a que se ha demostrado que está involucrado como uno de los componentes de un pequeño grupo del proteoma de la célula HL-60 que son más propensos a formar aductos de 4-hidroxi-2-nonenal (HNE), cuando se exponen a concentraciones no tóxicas (10 μM) de HNE, junto con la proteína de choque térmico de 60 kDa 1. [ 15 ]

Ortólogos

Mediante BLAST [ 16 ], no se encontraron ortólogos de LOC101059915 en organismos unicelulares, hongos o plantas cuyos genomas hayan sido secuenciados. En el caso de organismos multicelulares, se encontraron ortólogos en mamíferos, excluyendo a los monotremas . La tabla siguiente muestra una muestra representativa de 20 ortólogos de LOC101059915. La tabla está organizada según el tiempo de divergencia con los humanos en millones de años (MA). En los casos en que el período de divergencia es el mismo, los ortólogos se ordenan por porcentaje de identidad.

Filogenia

Muestra la ramificación sin raíz de ortólogos seleccionados para LOC10105519.

El ortólogo más distante de LOC101059915 pertenece a la especie Sarcrophilus harrisii , comúnmente conocida como el demonio de Tasmania, que data de hace más de 159 millones de años.

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000283599 Ensembl , mayo de 2017
  2. "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  3. "LOC101055915" . GeneCards . Consultado el 5 de febrero de 2018 .
  4. "LOC101055915 [ Homo sapiens (humano) ] - Gen - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 28-04-2018 .
  5. "El Dorado de Genomatix" . Archivado del original el 3 de abril de 2021. Consultado el 14 de mayo de 2018 .
  6. "Perfil EST - Hs.632817" . Ncbi.nlm.nih.gov. Archivado del original el 17 de agosto de 2018. Consultado el 28 de abril de 2018 .
  7. "LOC101059915" . Herramienta pI/mW de ExPASy . Consultado el 28 de abril de 2018 .
  8. "SDSC Biology Workbench" . seqtool.sdsc.edu . Archivado del original el 11 de agosto de 2003. Consultado el 6 de mayo de 2018 .
  9. "NCBI CDD Dominio de proteína conservado DUF4641" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 6 de mayo de 2018 .
  10. "Proteína no caracterizada LOC101059915 [ Homo sapiens ] - Proteína - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 28 de enero de 2018 .
  11. "LOC101059915 Modelo de estructura secundaria" . Laboratorio Zhang I-TASSER . Consultado el 5 de febrero de 2018 .
  12. "Servidor NetPhos 2.0" . Cbs.dtu.dk. Consultado el 28 de abril de 2018 .
  13. "Programa de análisis SUMOplot" . Abgent . Consultado el 28 de abril de 2018 .
  14. "Servidor PSORT II" . Consultado el 4 de mayo de 2018 .
  15. ^ Arcaro, Alessia; Daga, Martina; Cetrangolo, Giovanni Paolo; Ciamporcero, Eric Stefano; Lepore, Alessio; Pizzimenti, Stefania; Petrella, Claudia; Graf, María; Uchida, Koji; Mamone, Gianfranco; Ferranti, Pasquale; Ames, Paul RJ; Palumbo, Giuseppe; Barrera, Giuseppina; Gentile, Fabrizio (2015). "Generación de aductos de 4-hidroxi-2-nonenal con proteína 1 de choque térmico de 60 kDa en líneas celulares promielocíticas humanas HL-60 y monocíticas THP-1" . Medicina Oxidativa y Longevidad Celular . 2015 296146.doi : 10.1155 / 2015/296146 . PMC 4452872 . PMID 26078803 .  
  16. Protein BLAST