LSID

Los identificadores de ciencias biológicas (LSID) ^{[ 1 ] [ 2 ]} son ​​una forma de nombrar y localizar información en la web. Básicamente, un LSID es un identificador único para ciertos datos, y el protocolo LSID especifica una forma estándar de localizarlos (así como una forma estándar de describirlos). Son similares a los DOI que utilizan muchas editoriales.

Un LSID se representa como un nombre de recurso uniforme (URN) con el siguiente formato:

• urn:lsid:⟨Authority⟩:⟨Namespace⟩:⟨ObjectID⟩[:⟨Version⟩]

Sin embargo, el espacio de nombres lsid: no está registrado en la Autoridad de Números Asignados de Internet (IANA), por lo que no se trata estrictamente de URN o URI. ^{[ 3 ]}

Los LSID se pueden resolver en URL, por ejemplo http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C

Ha habido mucho interés en los LSID tanto en las comunidades de bioinformática como de biodiversidad , y esta última continúa usándolos como una forma de identificar especies en catálogos globales. ^{[ 4 ]} Sin embargo, más recientemente, a medida que ha aumentado la comprensión de cómo las URI HTTP pueden realizar una tarea de nomenclatura similar, ^{[ 5 ] [ 6 ]} el uso de LSID como identificadores ha sido criticado ^{[ 7 ]} por violar la buena práctica de la arquitectura web de reutilizar esquemas de URI existentes. ^{[ 8 ]} No obstante, la separación explícita de datos de metadatos; la especificación de un método para descubrir múltiples ubicaciones para la recuperación de datos; y la capacidad de descubrir múltiples fuentes independientes de metadatos para cualquier cosa identificada fueron partes cruciales del LSID y su especificación de resolución que no han sido imitadas con éxito por un enfoque solo HTTP.

La World Wide Web proporciona un marco de comunicación distribuido globalmente que es esencial para casi toda la colaboración científica, incluida la bioinformática. Sin embargo, se creía que existían varias limitaciones e insuficiencias, una de las cuales era la incapacidad de identificar programáticamente objetos con nombres locales que pueden estar ampliamente distribuidos en la red. Esta deficiencia percibida habría limitado nuestra capacidad de integrar múltiples bases de conocimiento, cada una de las cuales proporciona información parcial de un dominio compartido, como se observa comúnmente en bioinformática. El Identificador de Ciencias de la Vida (LSID) y el Sistema de Resolución de LSID (LSRS) se diseñaron para proporcionar soluciones simples y elegantes a este problema, en consonancia con la Web Semántica de próxima generación y la cuadrícula semántica , basadas en la extensión de las tecnologías de internet existentes. Sin embargo, más recientemente se ha señalado que algunas de estas deficiencias percibidas no son intrínsecas a las URI HTTP, y gran parte (aunque no toda) de la funcionalidad que proporcionan los LSID se puede obtener utilizando URI HTTP correctamente construidas. ^{[ 5 ]}

Se han propuesto identificadores alternativos para organismos, como el sistema DOI . NamesforLife (N4L), una empresa privada, creó un sistema para asignar DOI a los organismos. Por ejemplo, doi:10.1601/nm.3093 es el DOI de Escherichia coli y doi:10.1601/tx.3093 es el taxón correspondiente. ^{[ 9 ]}

• Marco de descripción de recursos
• Microarrays y expresión génica
• ZooBank
• MycoBank
• MIRIAM URIs
• Número de muestra geográfica internacional
• SciCrunch

• Proyecto de Resolución LSID
• Autoridad de Asignación y Resolución de LSID de la Universidad de Texas en Austin
• Una postura sobre los LSID : reflexiones de alguien involucrado en la implementación y el despliegue de los LSID.