Información mínima requerida para la anotación de modelos.

La sección "Correspondencia de referencia" trata sobre la información de referencia básica necesaria para utilizar el modelo, detallando a grandes rasgos el formato del archivo del modelo y su instanciabilidad para fines de simulación.

• El archivo del modelo debe estar codificado en un formato público, estandarizado y legible por máquina ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
• El archivo del modelo debe ser válido con respecto a su esquema de codificación.
• El modelo debe estar asociado a una descripción de referencia o publicación que detalle su origen, incluso si se trata de un modelo compuesto.
• La estructura del modelo codificado debe reflejar el/los proceso(s) (biológico(s)) detallado(s) en la descripción de referencia.
• El modelo debe ser instanciable; se deben proporcionar los parámetros cuantitativos necesarios, como las condiciones iniciales, si se requieren para una simulación.
• Al instanciarse, el modelo debe ser capaz de reproducir resultados representativos, tal como se describen en la descripción de referencia, dentro de un margen épsilon (algoritmos, errores de redondeo).

La "anotación de atribución" se refiere a la información de atribución que debe estar integrada en el archivo del modelo.

• El modelo debe tener un nombre.
• El modelo debe incluir una cita de la descripción de referencia que identifique a los autores del modelo.
• El modelo debe incluir el nombre y los datos de contacto de sus creadores.
• Debe especificarse la fecha y hora de creación y última modificación del modelo. El historial del modelo es útil, pero no obligatorio.
• El modelo debe estar vinculado a una declaración precisa sobre sus términos de uso y distribución, independientemente de si es "de uso gratuito" o no.

La "anotación de recursos externos" define la forma en que deben construirse las anotaciones. Estas anotaciones contienen referencias a entidades en bases de datos, clasificaciones, ontologías, etc. Uno de los propósitos de la anotación es permitir la identificación inequívoca de los distintos componentes del modelo.

• La anotación debe relacionar de forma inequívoca un dato con un componente del modelo.
• La información a la que se hace referencia debe describirse utilizando una tripleta {data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}:
  • La anotación debe expresarse como un identificador uniforme de recursos (URI).
  • El identificador específico de la colección debe analizarse dentro del marco de la recopilación de datos.
  • Se deben usar calificadores (opcionales) para refinar el vínculo entre los componentes del modelo y la información referenciada, por ejemplo "has_a", "is_version_of" y "is_homolog_to".

Más información sobre los calificadores existentes está disponible en BioModels.net. ^{[ 4 ]}

Hasta ahora, la anotación es principalmente un trabajo manual, por lo que para garantizar su perdurabilidad es necesario el uso de URI perennes. Se reconoció que la generación de URI válidas y únicas para la anotación requería la creación de un catálogo de espacios de nombres compartidos para uso de la comunidad. Esta función la proporciona el Registro MIRIAM . El Registro también proporciona diversas funciones auxiliares de apoyo para permitir procedimientos automatizados basados ​​en estas URI. La capacidad de generar identificadores resolubles se proporciona mediante el uso de la capa de resolución Identifiers.org .