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Articulo de referencia

Metanobacterias

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Methanobacteriati (anteriormente " Euryarchaeota ", del griego antiguo εὐρύς eurús, "ancho, amplio") es un reino de arqueas . [ 4 ] Las Methanobacteriati son muy diversas e incluyen metanógenos , que producen metano y se encuentran a menudo en los intestinos; halobacterias , que sobreviven a concentraciones extremas de sal ; y algunos aerobios y anaerobios extremadamente termófilos , que generalmente viven a temperaturas entre 41 y 122  °C. Se diferencian de las demás arqueas principalmente por sus secuencias de ARNr y su ADN polimerasa única. [ 5 ] El único nombre válidamente publicado para este grupo bajo el Código Procariota es Methanobacteriati . [ 6 ]

Descripción

Las Methanobacteriati son diversas en apariencia y propiedades metabólicas. El reino contiene organismos de diversas formas, incluyendo bacilos y cocos . Las Methanobacteriati pueden ser grampositivas o gramnegativas dependiendo de la presencia de pseudomureína en la pared celular. [ 7 ] Las Methanobacteriati también presentan diversos estilos de vida, incluyendo metanógenos, halófilos, sulfatorreductores y termófilos extremos. [ 7 ] Otras viven en el océano, suspendidas con plancton y bacterias. Aunque estas Methanobacteriati marinas son difíciles de cultivar y estudiar en laboratorio, la secuenciación genómica sugiere que son heterótrofos móviles . [ 8 ]

Aunque anteriormente se pensaba que Methanobacteriati solo vivía en ambientes extremos (en términos de temperatura, contenido de sal y/o pH), un artículo de Korzhenkov et al. publicado en enero de 2019 mostró que Methanobacteriati también vive en ambientes moderados, como ambientes ácidos de baja temperatura. En algunos casos, Methanobacteriati superó en número a las bacterias presentes. [ 9 ] Methanobacteriati también se ha encontrado en otros ambientes moderados como manantiales, marismas, suelo y rizosferas . [ 10 ] Algunas Methanobacteriati son altamente adaptables; un orden llamado Halobacteriales se encuentra generalmente en ambientes extremadamente salinos y ricos en azufre, pero también puede crecer en concentraciones de sal tan bajas como la del agua de mar 2,5%. [ 10 ] En las rizosferas, la presencia de Methanobacteriati parece depender de la de los hongos micorrícicos ; Una mayor población de hongos se correlacionó con una mayor frecuencia y diversidad de Methanobacteriatil, mientras que la ausencia de hongos micorrícicos se correlacionó con la ausencia de Methanobacteriati. [ 10 ]

Estado nomenclatural

Según el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas , no ha habido (ni puede haber) ningún nombre válido para este grupo, ya que excede el nivel de filo . En 2024, el Código fue enmendado para incluir los niveles de reino y dominio. Ese mismo año, el nombre Methanobacteriati fue publicado válidamente para este grupo, convirtiéndose en el primer y único "nombre válido" según el Código . [ 6 ] La LPSN , que se alinea con el Código , adopta esta postura y [ 11 ] cataloga a Methanobacteriati como un filo publicado inválidamente. [ 12 ]

El SeqCode competidor para taxones no cultivados tampoco tiene un nivel superior al filo, por lo que "Methanobacteriati" tampoco tiene validez allí. El nombre Methanobacteriati tampoco tiene validez: SeqCode solo acepta automáticamente un nombre creado bajo el Código Procariota si es anterior a 2023. [ 13 ]

Methanobacteriati figuraba en el navegador de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [ 14 ] como nombre actual del filo (Methanobacteriati Garrity y Holt 2002 ) hasta septiembre de 2024, considerando a Methanobacteriota como sinónimo heterotípico. [ 15 ] A partir de octubre de 2024, se enumeran los nombres Methanobacteriati para el reino y Halobacteriota, Methanobacteriota y Thermoplasmatota para los filos incluidos. [ 16 ]

El taxón Methanobacteriati también aparece en el Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey, pero esto se debe a que la última versión del capítulo se publicó en 2017. [ 17 ]

Methanobacteriati / "Euryarchaeota" no figura como taxón en la Base de Datos de Taxonomía Genómica (GTDB), ya que el algoritmo no genera reinos.

Filogenia

Otros análisis filogenéticos han sugerido que las arqueas del reino Nanobdellati también podrían pertenecer a Methanobacteriati y que incluso podrían ser un grupo polifilético que ocupa diferentes posiciones filogenéticas dentro de Methanobacteriati. También se debate si el filo Altiarchaeota debería clasificarse en Nanobdellati o Methanobacteriati. [ 21 ] A continuación se muestra un cladograma que resume esta propuesta. [ 22 ] [ 23 ] Los grupos marcados entre comillas son linajes asignados a Nanobdellati, pero filogenéticamente separados del resto.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Methanobacteriati en LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 de noviembre de 2020). "La lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) se traslada a la DSMZ" . Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 70 (11): 5607– 5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  2. ↑ Parte, AC, Sardà Carbasse, J., Meier-Kolthoff, JP, Reimer, LC y Göker, M. (2020). La lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) se traslada a la DSMZ. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology , 70 , 5607-5612; DOI: 10.1099/ijsem.0.004332
  3. ↑ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (junio de 1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 87 (12): 4576–9 . Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744 .  
  4. ↑ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (eds.). "Arqueas" . Enciclopedia de la Tierra . Consejo Nacional para la Ciencia y el Medio Ambiente . Recuperado el 18 de agosto de 2017 .
  5. ↑ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (julio de 2014). "Las Euryarchaeota planctónicas son una fuente significativa de lípidos tetraéteres arqueales en el océano" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 111 (27): 9858– 63. Bibcode : 2014PNAS..111.9858L . doi : 10.1073 / pnas.1409439111 . PMC 4103328. PMID 24946804 .  
  6. 1 2 Göker, Markus; Oren, Aharon (22 de enero de 2024). "Publicación válida de nombres de dos dominios y siete reinos de procariotas" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 74 (1). doi : 10.1099/ijsem.0.006242 . ISSN 1466-5026 . PMID 38252124 .  
  7. 1 2 Garrity GM, Holt JG (2015). "Euryarchaeota phy. nov." En Whitman WB (ed.). Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria . John Wiley & Sons . doi : 10.1002/9781118960608 . ISBN 9781118960608.
  8. ↑ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (febrero de 2012). "Desentrañando genomas de metagenomas: revelando una clase no cultivada de Euryarchaeota marinas". Science . 335 (6068): 587– 90. Bibcode : 2012Sci...335..587I . doi : 10.1126/science.1212665 ​​. PMID 22301318 . S2CID 31381073 .  
  9. ↑ Korzhenkov AA, Toshchakov SV, Bargiela R, Gibbard H, Ferrer M, Teplyuk AV, Jones DL, Kublanov IV, Golyshin PN, Golyshina OV (enero de 2019). "Las arqueas dominan la comunidad microbiana en un ecosistema con temperatura baja a moderada y acidez extrema" . Microbiome . 7 ( 1) 11. Bibcode : 2019Micb....7...11K . doi : 10.1186/s40168-019-0623-8 . PMC 6350386. PMID 30691532 .  
  10. 1 2 3 Bomberg M, Timonen S (octubre de 2007). "Distribución de cren- y euryarchaeota en micorrizosferas de pino silvestre y humus de bosque boreal". Microbial Ecology . 54 (3): 406– 16. Bibcode : 2007MicEc..54..406B . doi : 10.1007/s00248-007-9232-3 . PMID 17334967 . S2CID 19425171 .  
  11. ↑ LPSN: Reino Methanobacteriati . Consultado el 25 de septiembre de 2024.
  12. ↑ LPSN: Filo " Euryarchaeota " . Consultado el 25 de septiembre de 2024.
  13. ↑ Registro SeqCode: “Euryarchaeota” . Consultado el 25 de septiembre de 2024.
  14. ↑ Sayers; et al. "Euryarchaeota (árbol)" . Navegador de taxonomía . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Recuperado el 25 de septiembre de 2024 . Archivado el 25 de septiembre de 2024 en Wayback Machine.
  15. ↑ Sayers; et al. "Euryarchaeota" . Navegador de taxonomía . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 25 de septiembre de 2024 . Archivado el 25 de septiembre de 2024 en Wayback Machine.
  16. ↑ Sayers; et al. "Methanobacteriati" . Navegador de taxonomía . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Recuperado el 10 de octubre de 2024 . 
  17. ↑ Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey: Listado AZ . Última actualización: 27 de marzo de 2017. Wiley Online Library, John Wiley & Sons, Inc. Consultado el 25 de septiembre de 2024.
  18. ↑ "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  19. ↑ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  20. ↑ "Notas de la versión LTP_12_2021" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
  21. 1 2 Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Diversidad genómica, estilos de vida y orígenes evolutivos de las arqueas DPANN . Nature.
  22. 1 2 Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Comparaciones genómicas independientes de la cultura revelan adaptaciones ambientales para Altiarchaeales . Frontiers.
  23. 1 2 Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Árboles de proteínas ribosómicas multidominio y el origen planctobacteriano de neomura (Eucariotas, arqueobacterias)" . Protoplasma . 257 ( 3): 621– 753. Bibcode : 2020Prpls.257..621C . doi : 10.1007/s00709-019-01442-7 . PMC 7203096. PMID 31900730 .  
  24. ↑ "GTDB versión 10-RS226" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .
  25. ↑ "ar53_r226.sp_label" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .
  26. ↑ "Historial de taxones" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .
  27. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (clase)
  28. ↑ Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs JG Ettema: Exploración genómica de la diversidad, ecología y evolución del dominio arqueal de la vida . En: Science Volumen 357 Número 6351, eaaf3883, 11 de agosto de 2017, doi:10.1126/science.aaf3883
  29. ↑ A veces escrito incorrectamente como Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: La distribución global y la historia evolutiva de la familia de plásmidos arqueales pT26‐2 . En: microbiología ambiental. sfam 10 de septiembre de 2019. doi:10.1111/1462-2920.14800

Lecturas adicionales

  • Cavalier-Smith T (enero de 2002). "El origen neomuro de las arqueobacterias, la raíz negibacteriana del árbol universal y la megaclasificación bacteriana" . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 (Pt 1): 7–76 . Bibcode : 2002IJSEM..52....7C . doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318 . 
  • Woese CR, Gupta R, Hahn CM, Zillig W, Tu J (1984). "Las relaciones filogenéticas de tres arqueobacterias dependientes del azufre". Systematic and Applied Microbiology . 5 (1): 97– 105. Bibcode : 1984SyApM...5...97W . doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . PMID 11541975 . 
  • Garrity GM, Holt JG (2001). "Filo AII. Euryarchaeota phy. nov." . En DR Boone, RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volumen 1: Las arqueas y las bacterias fototróficas y de ramificación profunda (2.ª  ed.). Nueva York: Springer Verlag . pp . 169. ISBN  978-0-387-98771-2.