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ms2 (software)

ms 2 es un programa de simulación molecular no comercial. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Incluye algoritmos de simulación de dinámica molecular y Monte Carlo. ms 2 está diseñado ...

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ms 2 es un programa de simulación molecular no comercial. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Incluye algoritmos de simulación de dinámica molecular y Monte Carlo. ms 2 está diseñado para el cálculo de propiedades termodinámicas de fluidos. Con ms 2 se pueden calcular fácilmente numerosas propiedades termodinámicas, como el equilibrio de fases, el transporte y las propiedades calóricas. ms 2 se limita a simulaciones de estado homogéneo.

Características

ms 2 incluye dos técnicas de simulación molecular: dinámica molecular (DM) y Montecarlo. ms 2 permite calcular equilibrios vapor-líquido de componentes puros y mezclas multicomponentes. Se implementan diferentes métodos de cálculo de equilibrio de fases. Además, ms 2 es capaz de muestrear diversos conjuntos clásicos como NpT, NVE, NVT y NpH. Para evaluar el potencial químico, se implementan el método de la molécula de prueba de Widom y la integración termodinámica. Asimismo, se implementan algoritmos para el muestreo de propiedades de transporte. Estas propiedades se determinan mediante simulaciones de DM de equilibrio, siguiendo el formalismo de Green-Kubo y el formalismo de Einstein .

Aplicaciones

ms 2 se ha utilizado frecuentemente para predecir propiedades termofísicas de fluidos para aplicaciones de ingeniería química [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] así como para computación científica y física de la materia blanda. [ 10 ] [ 11 ] Se ha utilizado para modelar tanto fluidos modelo como sustancias reales. En ms 2 se implementan numerosos potenciales de interacción, por ejemplo, el potencial de Lennard-Jones , el potencial de Mie , interacciones electrostáticas (cargas puntuales, dipolos puntuales y cuadrupolos puntuales) y fuerzas externas. Los campos de fuerza de bases de datos como la base de datos MolMod [ 12 ] se pueden utilizar fácilmente en ms 2.

Véase también

Referencias

  1. ^ Vidrio, Colin W.; Reiser, Steffen; Rutkai, Gábor; Deublein, Stephan; Köster, Andreas; Guevara-Carrión, Gabriela; Wafai, Amer; Horsch, Martín; Bernreuther, Martín; Windmann, Thorsten; Hasse, Hans (diciembre de 2014). "ms2: una herramienta de simulación molecular para propiedades termodinámicas, lanzamiento de nueva versión". Comunicaciones de Física Informática . 185 (12): 3302–3306 . arXiv : 1507.07548 . Código Bib : 2014CoPhC.185.3302G . doi : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 7271270 .  
  2. ↑ Deublein, Stephan; Eckl, Bernhard; Stoll, Jürgen; Lishchuk, Sergey V.; Guevara-Carrion, Gabriela; Glass, Colin W.; Merker, Thorsten; Bernreuther, Martin; Hasse, Hans; Vrabec, Jadran (noviembre de 2011). "ms2: Una herramienta de simulación molecular para propiedades termodinámicas" . Computer Physics Communications . 182 (11): 2350–2367 . Bibcode : 2011CoPhC.182.2350D . doi : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 . 
  3. ↑ Fingerhut, Robin; Guevara-Carrion, Gabriela; Nitzke, Isabel; Saric, Denis; Marx, Joshua; Langenbach, Kai; Prokopev, Sergei; Celný, David; Bernreuther, Martin; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian (mayo de 2021). "ms2: Una herramienta de simulación molecular para propiedades termodinámicas, versión 4.0" . Computer Physics Communications . 262 107860. Bibcode : 2021CoPhC.26207860F . doi : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 264228170 .  
  4. ↑ Rutkai, Gábor; Köster, Andreas; Guevara-Carrion, Gabriela; Janzen, Tatjana; Schappals, Michael; Glass, Colin W.; Bernreuther, Martin; Wafai, Amer; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian; Reiser, Steffen (diciembre de 2017). "ms2: Una herramienta de simulación molecular para propiedades termodinámicas, versión 3.0" . Computer Physics Communications . 221 : 343–351 . Bibcode : 2017CoPhC.221..343R . doi : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 . 
  5. ↑ Nitzke, Isabel; Guevara-Carrion, Gabriela; Saric, Denis; Homes, Simon; Stephan, Simon; Fingerhut, Robin; Bernreuther, Martin; Hasse, Hans; Vrabec, Jadran (2025-05-01). "ms2: Una herramienta de simulación molecular para propiedades termodinámicas, versión 5.0" . Computer Physics Communications . 310 109541. doi : 10.1016/j.cpc.2025.109541 . ISSN 0010-4655 . 
  6. ↑ Linnemann, Matthias; Nikolaychuk, Pavel Anatolyevich; Muñoz-Muñoz, Y. Mauricio; Baumhögger, Elmar; Vrabec, Jadran (2020-03-12). "Constante de la Ley de Henry de gases nobles en agua, metanol, etanol e isopropanol mediante experimento y simulación molecular". Journal of Chemical & Engineering Data . 65 (3): 1180– 1188. doi : 10.1021/acs.jced.9b00565 . ISSN 0021-9568 . S2CID 208749534 .  
  7. ↑ Guevara-Carrion, Gabriela; Nieto-Draghi, Carlos; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2008-12-25). "Predicción de propiedades de transporte mediante simulación molecular: metanol y etanol y su mezcla". The Journal of Physical Chemistry B . 112 (51): 16664– 16674. arXiv : 0906.1717 . doi : 10.1021/jp805584d . ISSN 1520-6106 . PMID 19367909 . S2CID 17757946 .   
  8. ↑ Deublein, Stephan; Eckl, Bernhard; Stoll, Jürgen; Lishchuk, Sergey V.; Guevara-Carrión, Gabriela; Vidrio, Colin W.; Merker, Thorsten; Bernreuther, Martín; Hasse, Hans; Vrabec, Jadran (20 de diciembre de 2011). "ms2: Ein Werkzeug zur Berechnung thermodynamischer Stoffeigenschaften mittels molekularer Simulación". Chemie Ingenieur Technik . 84 ( 1– 2): 114– 120. doi : 10.1002/cite.201100079 . ISSN 0009-286X . 
  9. ↑ Vrabec, Jadran; Bernreuther, Martín; Bungartz, Hans-Joachim; Chen, Wei-Lin; Cordés, Wilfried; Hut, Robin; Vidrio, Colin W.; Gmehling, Jürgen; Hamburguesa, René; Heilig, Manfred; Heinen, Matías (2018). "SkaSim: software HPC exclusivo para simulación molecular en la industria química" . Chemie Ingenieur Technik (en alemán). 90 (3): 295– 306. doi : 10.1002/cite.201700113 . ISSN 1522-2640 . 
  10. ↑ Stephan, Simon; Thol, Monika; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2019-10-28). "Propiedades termofísicas del fluido de Lennard-Jones: base de datos y evaluación de datos" . Journal of Chemical Information and Modeling . 59 (10): 4248– 4265. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00620 . ISSN 1549-9596 . PMID 31609113. S2CID 204545481 .   
  11. ↑ Stephan, Simon; Hasse, Hans (23 de enero de 2020). "Interacciones moleculares en interfaces vapor-líquido: mezclas binarias de fluidos simples" . Physical Review E. 101 ( 1) 012802. Bibcode : 2020PhRvE.101a2802S . doi : 10.1103/PhysRevE.101.012802 . PMID 32069593. S2CID 211192904 .  
  12. ↑ Stephan, Simon; Horsch, Martin T.; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2019-07-03). "MolMod: una base de datos de acceso abierto de campos de fuerza para simulaciones moleculares de fluidos". Molecular Simulation . 45 (10): 806– 814. arXiv : 1904.05206 . doi : 10.1080/08927022.2019.1601191 . ISSN 0892-7022 . S2CID 119199372 .  
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