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MvirDB

En biología molecular , MvirDB era una base de datos pública que almacenaba información sobre toxinas , factores de virulencia y genes de resistencia a antibióticos . [ 1 ] Las ...

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En biología molecular , MvirDB era una base de datos pública que almacenaba información sobre toxinas , factores de virulencia y genes de resistencia a antibióticos . [ 1 ] Las fuentes que esta base de datos utilizaba para obtener información sobre ADN y proteínas incluían: Tox-Prot, [ 2 ] SCORPION, [ 3 ] los factores de virulencia PRINTS, [ 4 ] [ 5 ] VFDB , [ 6 ] TVFac, Islander, [ 7 ] ARGO [ 8 ] y VIDA. [ 9 ] La base de datos proporcionaba una herramienta BLAST que permitía al usuario consultar su secuencia contra todas las secuencias de ADN y proteínas en MvirDB. La información sobre factores de virulencia se podía obtener mediante el uso de la herramienta de navegador proporcionada. Una vez utilizada la herramienta de navegador, los resultados se devolvían como una tabla legible organizada por valores E ascendentes, cada uno de los cuales estaba hipervinculado a su página relacionada. MvirDB estaba implementada en una base de datos relacional Oracle 10g . [ 1 ] MvirDB parece haber estado inactivo durante algún tiempo y, por lo tanto, no está actualizado. La última instantánea disponible se realizó el 2 de agosto de 2017.

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Zhou, CE; Smith, J.; Lam, M.; Zemla, A.; Dyer, MD; Slezak, T. (2007-01-03). "MvirDB: una base de datos microbiana de toxinas proteicas, factores de virulencia y genes de resistencia a antibióticos para aplicaciones de biodefensa" . Nucleic Acids Research . 35 (Base de datos): D391– D394. doi : 10.1093/nar/gkl791 . ISSN 0305-1048 . PMC 1669772. PMID 17090593 .   
  2. ↑ Jungo, Florence; Bairoch, Amos (marzo de 2005). "Tox-Prot, el programa de anotación de proteínas de toxinas de la base de datos de proteínas Swiss-Prot". Toxicon . 45 (3): 293– 301. Bibcode : 2005Txcn...45..293J . doi : 10.1016/j.toxicon.2004.10.018 . ISSN 0041-0101 . PMID 15683867 .  
  3. ↑ Srinivasan, KN; Gopalakrishnakone, P.; Tan, PT; Chew, KC; Cheng, B.; Kini, RM; Koh, JLY; Seah, SH; Brusic, V. (enero de 2002). "SCORPION, una base de datos molecular de toxinas de escorpión" . Toxicon . 40 (1): 23– 31. Bibcode : 2002Txcn...40...23S . doi : 10.1016/s0041-0101(01)00182-9 . ISSN 0041-0101 . PMID 11602275 .  
  4. ↑ "Índice de autores Vol. 15, No. 1, 2008" . Revista de Microbiología Molecular y Biotecnología . 15 (1): 65. 2008. doi : 10.1159/000121450 . ISSN 1464-1801 . 
  5. ↑ Attwood, Teresa K.; Bradley, Paul M.; Gaulton, Anna; Maudling, Neil; Mitchell, Alexander L.; Moulton, Georgina (15 de abril de 2005), "La base de datos de huellas dactilares de proteínas PRINTS: aplicaciones funcionales y evolutivas", Enciclopedia de Genética, Genómica, Proteómica y Bioinformática , John Wiley & Sons, Ltd, doi : 10.1002/047001153x.g306301 , ISBN 047001153X
  6. ↑ Chen, L. (17 de diciembre de 2004). " VFDB: una base de datos de referencia para factores de virulencia bacteriana" . Nucleic Acids Research . 33 (número especial sobre bases de datos): D325– D328. doi : 10.1093/nar/gki008 . ISSN 1362-4962 . PMC 539962. PMID 15608208 .   
  7. ↑ Mantri, Y. (2004-01-01). "Islander: una base de datos de islas integrativas en genomas procariotas, las integrasas asociadas y sus especificidades de sitio de ADN" . Nucleic Acids Research . 32 (90001): 55D–58. doi : 10.1093 / nar/gkh059 . ISSN 1362-4962 . PMC 308793. PMID 14681358 .   
  8. ↑ Scaria, Joy; Chandramouli, Umamaheswaran; Verma, Sanjay Kumar (2005-02-01). "Antibiotic Resistance Genes Online (ARGO): Una base de datos sobre genes de resistencia a la vancomicina y los betalactámicos" . Bioinformation . 1 (1): 5– 7. doi : 10.6026/97320630001005 . ISSN 0973-8894 . PMC 1891619. PMID 17597841 .   
  9. ↑ Yeats, C.; Lees, J.; Reid, A.; Kellam, P.; Martin, N.; Liu, X.; Orengo, C. (2007-12-23). ​​"Gene3D: anotación estructural y funcional integral de genomas" . Nucleic Acids Research . 36 (Base de datos): D414– D418. doi : 10.1093 / nar/gkm1019 . ISSN 0305-1048 . PMC 2238970. PMID 18032434 .