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Articulo de referencia

ARN pequeño de Mycobacterium tuberculosis

Estructura secundaria de b55, uno de los ARN pequeños confirmados experimentalmente en M. tuberculosis. Mycobacterium tuberculosis contiene al menos nueve familias de ARN pequeñ...

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Estructura secundaria de b55, uno de los ARN pequeños confirmados experimentalmente en M. tuberculosis.

Mycobacterium tuberculosis contiene al menos nueve familias de ARN pequeños en su genoma . [ 1 ] Las familias de ARN pequeños (ARNp) se identificaron mediante RNomics, el análisis directo de moléculas de ARN aisladas de cultivos de Mycobacterium tuberculosis . [ 2 ] [ 3 ] Los ARNp se caracterizaron mediante mapeo RACE yexperimentos de Northern blot . [ 1 ] Las estructuras secundarias de los ARNp se predijeron utilizando Mfold. [ 4 ]

sRNAPredict2, una herramienta bioinformática , sugirió 56 ARN pequeños putativos en M. tuberculosis , aunque estos aún no se han verificado experimentalmente. [ 5 ] Aún no se han encontrado homólogos de la proteína Hfq en M. tuberculosis ; [ 6 ] se ha teorizado una vía alternativa, que potencialmente involucra motivos ricos en C conservados , para permitir la funcionalidad de ARN pequeños transactivadores . [ 1 ]

Se ha demostrado que los sRNA desempeñan funciones fisiológicas importantes en M. tuberculosis . Por ejemplo, la sobreexpresión del sRNA G2 impidió el crecimiento de M. tuberculosis y redujo considerablemente el crecimiento de M. smegmatis ; se cree que el sRNA ASdes es un regulador cis de una desaturasa de ácidos grasos (desA2), mientras que ASpks se encuentra con el marco de lectura abierto para la policétido sintasa -12 ( pks12 ) y es un regulador antisentido del ARNm de pks12 . [ 1 ]

Se descubrió que el ARN pequeño ncrMT1302 está flanqueado por los marcos de lectura abiertos MT1302 y MT1303 . MT1302 codifica una adenilil ciclasa que convierte ATP en AMPc ; la expresión de ncrMT1302 está regulada por el AMPc y el pH . [ 7 ]

El ARN pequeño Mcr7 , codificado por el gen mcr7, modula la traducción del ARNm tatC e influye en la actividad del aparato de secreción de la proteína Twin Arginine Translocation (Tat). [ 8 ]

npcTB_6715 es el primer sRNA identificado como un biomarcador potencial para la detección de MTB en pacientes. [ 9 ]

Véase también

Referencias

  1. 1 2 3 4 Arnvig KB, Young DB (agosto de 2009). " Identificación de ARN pequeños en Mycobacterium tuberculosis" . Molecular Microbiology . 73 (3): 397– 408. doi : 10.1111/j.1365-2958.2009.06777.x . PMC 2764107. PMID 19555452 .  
  2. ↑ Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (noviembre de 2003). " RNomics en Escherichia coli detecta nuevas especies de sRNA e indica una salida transcripcional paralela en bacterias" . Nucleic Acids Research . 31 (22): 6435– 6443. doi : 10.1093/nar/gkg867 . PMC 275561. PMID 14602901 .  
  3. ↑ Kawano M, Reynolds AA, Miranda-Rios J, Storz G (2005). "Detección de ARN pequeños derivados de 5′- y 3′-UTR y ARN antisentido codificados en cis en Escherichia coli" . Nucleic Acids Research . 33 (3): 1040– 1050. doi : 10.1093/nar/gki256 . PMC 549416. PMID 15718303 .  
  4. ↑ Zuker M (julio de 2003). "Servidor web Mfold para predicción de plegamiento e hibridación de ácidos nucleicos" . Nucleic Acids Research . 31 (13): 3406– 3415. doi : 10.1093/nar/gkg595 . PMC 169194. PMID 12824337 .  
  5. ↑ Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). "Identificación de 17 sRNAs de Pseudomonas aeruginosa y predicción de genes codificadores de sRNA en 10 patógenos diversos utilizando la herramienta bioinformática sRNAPredict2" . Nucleic Acids Research . 34 (12): 3484–3493 . doi : 10.1093 / nar/gkl453 . PMC 1524904. PMID 16870723 .  
  6. ↑ Sun X, Zhulin I, Wartell RM (septiembre de 2002). "Estructura predicha y distribución filogenética de la proteína de unión a ARN Hfq" . Nucleic Acids Research . 30 (17): 3662– 3671. doi : 10.1093/nar/gkf508 . PMC 137430. PMID 12202750 .  
  7. ↑ Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (mayo de 2012). "Un análisis de ARN no codificante en Mycobacterium tuberculosis revela un ARN sensible al AMPc que se expresa durante la infección" . Gene . 500 ( 1): 85–92 . doi : 10.1016/j.gene.2012.03.044 . PMC 3340464. PMID 22446041 .  
  8. ^ Solans L, Gonzalo-Asensio J, Sala C, Benjak A, Uplekar S, Rougemont J, Guilhot C, Málaga W, Martín C, Cole ST (mayo de 2014). "El ncRNA Mcr7 dependiente de PhoP modula el sistema de secreción de TAT en Mycobacterium tuberculosis" . Más patógenos . 10 (5) e1004183. doi : 10.1371/journal.ppat.1004183 . PMC 4038636 . PMID 24874799 .  
  9. ↑ Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (octubre de 2017). "Identificación y evaluación RNómica de npcTB_6715, un gen de ARN no codificante de proteínas como un biomarcador potencial para la detección de Mycobacterium tuberculosis" . Journal of Cellular and Molecular Medicine . 21 (10): 2276– 2283. doi : 10.1111/jcmm.13148 . PMC 5618688. PMID 28756649 .  

Lecturas adicionales

  • Pánek J, Bobek J, Mikulík K, Basler M, Vohradský J (mayo de 2008). "Predicción biocomputacional de pequeños ARN no codificantes en Streptomyces" . Genómica BMC . 9 : 217. doi : 10.1186/1471-2164-9-217 . PMC 2422843 . PMID 18477385 .  
  • Livny J, Waldor MK (abril de 2007). "Identificación de ARN pequeños en diversas especies bacterianas". Current Opinion in Microbiology . 10 (2): 96– 101. doi : 10.1016/j.mib.2007.03.005 . PMID 17383222 . 
  • Cole ST, Brosch R, Parkhill J, Garnier T, Churcher C, Harris D, et  al. (junio de 1998). "Descifrando la biología de Mycobacterium tuberculosis a partir de la secuencia completa del genoma" . Nature . 393 (6685): 537– 544. Bibcode : 1998Natur.393..537C . doi : 10.1038/31159 . PMID 9634230 . 
  • Arnvig KB, Gopal B, Papavinasasundaram KG, Cox RA, Colston MJ (febrero de 2005). "El mecanismo de activación corriente arriba en el operón rrnB de Mycobacterium smegmatis es diferente del paradigma de Escherichia coli" . Microbiology . 151 (Pt 2): 467–473 . doi : 10.1099/mic.0.27597-0 . PMID 15699196 . 
  • Matsunaga I, Bhatt A, Young DC, Cheng TY, Eyles SJ, Besra GS, Briken V, Porcelli SA, Costello CE, Jacobs WR, Moody DB (diciembre de 2004). "Mycobacterium tuberculosis pks12 produce un nuevo policétido presentado por CD1c a las células T" . The Journal of Experimental Medicine . 200 (12): 1559– 1569. doi : 10.1084/jem.20041429 . PMC 2211992. PMID 15611286 .