Hispanopedia WikiLa Pathway Interaction Database (PID) es una base de datos biomédica gratuita de vías de señalización celular humana. [1] La base de datos contiene información sobre las interacciones y reacciones moleculares que tienen lugar en las células, con especial atención a los procesos que podrían ser relevantes para la investigación y el tratamiento del cáncer. La base de datos se estableció como una colaboración entre el Instituto Nacional del Cáncer de EE. UU. , el NIH y Nature Publishing Group en 2005 y se lanzó en noviembre de 2006. En septiembre de 2012, se detuvo la conservación activa y los datos de PID ahora están disponibles en Network Data Exchange, NDEx.
Contenido de la base de datos
En noviembre de 2007, la base de datos contenía 59 vías (que comprendían 3309 interacciones moleculares) seleccionadas por el equipo editorial de NCI-Nature. Cada mes se añaden nuevas vías. La base de datos también contiene 254 vías (que comprenden 3003 interacciones) importadas de la edición de junio de 2004 de la base de datos de vías BioCarta.
Los datos seleccionados por NCI-Nature se obtienen de la literatura de investigación publicada y son revisados por científicos expertos antes de su publicación. Se asignan códigos de evidencia a cada interacción molecular, lo que permite a los usuarios evaluar la confiabilidad de las interacciones o buscar interacciones identificadas mediante técnicas experimentales particulares.
Salida y descarga de datos
El contenido de la base de datos se puede visualizar en rutas predefinidas e independientes. La base de datos también puede generar dinámicamente redes de interacción para visualizar los resultados de las búsquedas en la base de datos. Las rutas y las redes generadas dinámicamente se muestran en imágenes GIF y SVG y se pueden descargar como XML (incluido el formato estándar de intercambio de rutas, BioPAX ). La base de datos completa también está disponible para su descarga.
Véase también
Referencias
- ^ ab Schaefer, Carl F; Anthony Kira; Krupa Shiva; Buchoff Jeffrey; Day Matthew; Hannay Timo; Buetow Kenneth H (enero de 2009). "PID: la base de datos de interacción de vías". Nucleic Acids Res . 37 (número de la base de datos). Inglaterra: D674-9. doi :10.1093/nar/gkn653. PMC 2686461. PMID 18832364 .
Otras referencias
- Introducción a la base de datos de interacción de vías entre el NCI y la naturaleza
- Identificación de los procesos clave que subyacen a los fenotipos del cáncer mediante el análisis de las vías biológicas
Enlaces externos
- http://www.ndexbio.org
- Páginas de moléculas de la UCSD-Nature
- BioCarta
- Farmacia GKB
- Red de señalización humana seleccionada por literatura, la base de datos de redes de señalización humana más grande