Articulo de referencia

Problema de escape estrecho

El problema del escape estrecho [ 1 ] [ 2 ] es un problema omnipresente en biología , biofísica y biología celular . La formulación matemática es la siguiente: una partícula bro...

El problema del escape estrecho [ 1 ] [ 2 ] es un problema omnipresente en biología , biofísica y biología celular .

La formulación matemática es la siguiente: una partícula browniana ( ión , molécula o proteína ) está confinada a un dominio delimitado (un compartimento o una célula) por un límite reflectante, excepto por una pequeña ventana a través de la cual puede escapar. El problema del escape estrecho consiste en calcular el tiempo medio de escape. Este tiempo diverge a medida que la ventana se reduce, lo que convierte el cálculo en un problema de perturbación singular . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]

Cuando la huida es aún más difícil debido a severas restricciones geométricas en el lugar de la huida, el problema de la huida estrecha se convierte en el problema de la situación desesperada . [ 10 ] [ 11 ]

El problema del escape estrecho fue propuesto en el contexto de la biología y la biofísica por D. Holcman y Z. Schuss, [ 12 ] y más tarde con A. Singer y condujo a la teoría del escape estrecho en matemáticas aplicadas y biología computacional . [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]

Formulación

El movimiento de una partícula se describe mediante el límite de Smoluchowski de la ecuación de Langevin : [ 16 ] [ 17 ]dincógnitat=2DdBt+1γF(incógnita)dt,{\displaystyle dX_{t}={\sqrt {2D}}\,dB_{t}+{\frac {1}{\gamma }}F(x)\,dt,} dóndeD{\displaystyle D}es el coeficiente de difusión de la partícula,γ{\displaystyle \gamma }es el coeficiente de fricción por unidad de masa,F(incógnita){\displaystyle F(x)}la fuerza por unidad de masa, yBt{\displaystyle B_{t}}es un movimiento browniano .

Tiempo medio de primer paso y la ecuación de Fokker-Planck

Una pregunta común es estimar el tiempo medio de permanencia de una partícula que se difunde en un dominio delimitado.Ω{\displaystyle \Omega }antes de que escape a través de una pequeña ventana absorbente.Ωa{\displaystyle \partial \Omega _{a}}en su límiteΩ{\displaystyle \partial \Omega }El tiempo se estima asintóticamente en el límiteε=|Ωa||Ω|1{\textstyle \varepsilon ={\frac {|\partial \Omega _{a}|}{|\partial \Omega |}}\ll 1}

La función de densidad de probabilidad (pdf)pagε(incógnita,t){\displaystyle p_{\varepsilon }(x,t)}es la probabilidad de encontrar la partícula en la posiciónincógnita{\displaystyle x}en ese momentot{\displaystyle t}.

La función de densidad de probabilidad satisface la ecuación de Fokker-Planck : tpagε(incógnita,t)=DΔpagε(incógnita,t)1γ(pagε(incógnita,t)F(incógnita)){\displaystyle {\frac {\partial }{\partial t}}p_{\varepsilon }(x,t)=D\Delta p_{\varepsilon }(x,t)-{\frac {1}{\gamma }}\nabla (p_{\varepsilon }(x,t)F(x))} con condición inicial pagε(incógnita,0)=ρ0(incógnita){\displaystyle p_{\varepsilon }(x,0)=\rho _{0}(x)\,}y condiciones de contorno mixtas de Dirichlet-Neumann (t>0{\displaystyle t>0}) pagε(incógnita,t)=0 para incógnitaΩa{\displaystyle p_{\varepsilon }(x,t)=0{\text{ for }}x\in \partial \Omega _{a}}Dnortepagε(incógnita,t)pagε(incógnita,t)γF(incógnita)norte(incógnita)=0 para incógnitaΩΩa{\displaystyle D{\frac {\partial }{\partial n}}p_{\varepsilon }(x,t)-{\frac {p_{\varepsilon }(x,t)}{\gamma }}F(x)\cdot n(x)=0{\text{ for }}x\in \partial \Omega -\partial \Omega _{a}}

La función ε(y)=Ω0pagε(incógnita,ty)dtdincógnita{\displaystyle u_{\varepsilon }(y)=\int _{\Omega }\int _{0}^{\infty }p_{\varepsilon }(x,ty)\,dt\,dx} representa el tiempo medio de permanencia de la partícula, condicionado a la posición inicial.y{\displaystyle y}Es la solución del problema de valores en la frontera.

DΔε(y)+1γF(y)ε(y)=1{\displaystyle D\Delta u_{\varepsilon }(y)+{\frac {1}{\gamma }}F(y)\cdot \nabla u_{\varepsilon }(y)=-1}ε(y)=0 para yΩa{\displaystyle u_{\varepsilon }(y)=0{\text{ for }}y\in \partial \Omega _{a}}ε(y)norte=0 para yΩr{\displaystyle {\frac {\partial u_{\varepsilon }(y)}{\partial n}}=0{\text{ for }}y\in \partial \Omega _{r}}

La solución depende de la dimensión del dominio. Para una partícula que se difunde en un disco bidimensional ε(y)=AπDln1ε+O(1),{\displaystyle u_{\varepsilon }(y)={\frac {A}{\pi D}}\ln {\frac {1}{\varepsilon }}+O(1),} dóndeA{\displaystyle A}es la superficie del dominio. La funciónϵ(y){\displaystyle u_{\epsilon }(y)}no depende de la posición inicialy{\displaystyle y}, excepto por una pequeña capa límite cerca del límite absorbente debido a la forma asintótica.

El término de primer orden importa en la dimensión 2: para un disco circular de radioR{\displaystyle R}, el tiempo medio de escape de una partícula que parte del centro es mi(τ|incógnita(0)=0)=R2D(registro(1ε)+registro2+14+O(ε)).{\displaystyle E(\tau |x(0)=0)={\frac {R^{2}}{D}}\left(\log \left({\frac {1}{\varepsilon }}\right)+\log 2+{\frac {1}{4}}+O(\varepsilon )\right).}

El tiempo de escape promediado con respecto a una distribución inicial uniforme de la partícula viene dado por mi(τ)=R2D(registro(1ε)+registro2+18+O(ε)).{\displaystyle E(\tau )={\frac {R^{2}}{D}}\left(\log \left({\frac {1}{\varepsilon }}\right)+\log 2+{\frac {1}{8}}+O(\varepsilon )\right).}

La geometría de la pequeña abertura puede afectar el tiempo de escape: si la ventana absorbente está ubicada en una esquina de ánguloα{\displaystyle \alpha }, entonces:

miτ=|Ω|αD[registro1ε+O(1)].{\displaystyle E\tau ={\frac {|\Omega |}{\alpha D}}\left[\log {\frac {1}{\varepsilon }}+O(1)\right].}

Más sorprendente aún, cerca de una cúspide en un dominio bidimensional, el tiempo de escapemiτ{\displaystyle E\tau }crece algebraicamente, en lugar de logarítmicamente: en el dominio delimitado entre dos círculos tangentes, el tiempo de escape es: miτ=|Ω|(d1)D(1ε+O(1)),{\displaystyle E\tau ={\frac {|\Omega |}{(d-1)D}}\left({\frac {1}{\varepsilon }}+O(1)\right),} donde d > 1 es la relación de los radios. Finalmente, cuando el dominio es un anillo, el tiempo de escape a una pequeña abertura ubicada en el círculo interior involucra un segundo parámetro que esβ=R1R2<1,{\displaystyle \beta ={\frac {R_{1}}{R_{2}}}<1,}La relación entre los radios interior y exterior, el tiempo de escape, promediado con respecto a una distribución inicial uniforme, es: miτ=(R22R12)D[registro1ε+registro2+2β2]+12R221β2registro1β14R22+O(ε,β4)R22.{\displaystyle E\tau ={\frac {(R_{2}^{2}-R_{1}^{2})}{D}}\left[\log {\frac {1}{\varepsilon }}+\log 2+2\beta ^{2}\right]+{\frac {1}{2}}{\frac {R_{2}^{2}}{1-\beta ^{2}}}\log {\frac {1}{\beta }}-{\frac {1}{4}}R_{2}^{2}+O(\varepsilon ,\beta ^{4})R_{2}^{2}.}

Esta ecuación contiene dos términos de la expansión asintótica demiτ{\displaystyle E\tau }y2ϵ{\displaystyle 2\epsilon }es el ángulo del límite absorbente. El casoβ{\displaystyle \beta }El problema cercano a 1 sigue abierto, y para dominios generales, la expansión asintótica del tiempo de escape sigue siendo un problema abierto . Lo mismo ocurre con el problema de calcular el tiempo de escape cerca de un punto de cúspide en dominios tridimensionales. Para el movimiento browniano en un campo de fuerzaF(incógnita)0{\displaystyle F(x)\neq 0}La brecha en el espectro no es necesariamente pequeña entre el primer y el segundo autovalor, dependiendo del tamaño relativo del pequeño agujero y las barreras de fuerza que la partícula debe superar para escapar. El flujo de escape no es necesariamente poissoniano .

Resultados analíticos

El siguiente teorema relaciona el problema de escape del movimiento browniano con un problema de ecuaciones diferenciales parciales (deterministas).

Teorema SeaΩ{\displaystyle \Omega }sea ​​un dominio acotado con frontera suaveΩ{\displaystyle \partial \Omega }yΓ{\displaystyle \Gamma }ser un subconjunto cerrado deΩ{\displaystyle \partial \Omega }. Para cadaincógnitaΩ{\displaystyle x\in \Omega }, dejarτincógnita{\displaystyle \tau _{x}}ser la primera vez que una partícula golpeaΓ{\displaystyle \Gamma }, suponiendo que la partícula comienza desdeincógnita{\displaystyle x}, está sujeto al movimiento browniano enΩ{\displaystyle \Omega }y refleja desdeΩ{\displaystyle \partial \Omega }. Entonces, el tiempo medio de primer paso,T(incógnita):=mi[τincógnita]{\displaystyle T(x):=\mathbb {E} [\tau _{x}]}y su variación,v(incógnita):=mi[(τincógnitaT(incógnita))2]{\displaystyle v(x):=\mathbb {E} [(\tau _{x}-T(x))^{2}]}son soluciones de los siguientes problemas de valores en la frontera: ΔT=2 en Ω, T=0 en Γ, norteT=0 en ΩΓ{\displaystyle -\Delta T=2{\text{ in }}\Omega ,~T=0{\text{ on }}\Gamma ,~\partial _{n}T=0{\text{ on }}\partial \Omega \setminus \Gamma }Δv=2|T|2 en Ω, v=0 en Γ, nortev=0 en ΩΓ{\displaystyle -\Delta v=2\vert \nabla T\vert ^{2}{\text{ in }}\Omega ,~v=0{\text{ on }}\Gamma ,~\partial _{n}v=0{\text{ on }}\partial \Omega \setminus \Gamma }

Aquínorte:=norte{\displaystyle \partial _{n}:=n\cdot \nabla }es la derivada en la direcciónnorte{\displaystyle n}, el exterior normal aΩ.{\displaystyle \partial \Omega .}Además, el promedio de la varianza se puede calcular a partir de la fórmula. v¯:=1|Ω|Ωv(incógnita)dincógnita=1|Ω|ΩT2(incógnita)dincógnita=:T2{\displaystyle {\bar {v}}:={\frac {1}{\vert \Omega \vert }}\int _{\Omega }v(x)dx={\frac {1}{\vert \Omega \vert }}\int _{\Omega }T^{2}(x)dx=:T^{2}}

La primera parte del teorema es un resultado clásico, mientras que la varianza promedio fue demostrada en 2011 por Carey Caginalp y Xinfu Chen. [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]

El tiempo de escape ha sido objeto de varios estudios que utilizan la compuerta pequeña como parámetro asintóticamente pequeño. El siguiente resultado en forma cerrada [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] proporciona una solución exacta que confirma estas fórmulas asintóticas y las extiende a compuertas que no son necesariamente pequeñas.

Teorema (Fórmula cerrada de Carey Caginalp y Xinfu Chen) En 2-D, con puntos identificados por números complejos, sea Ω:={rmiiθ|0r<1, εθ2πε}, Γ:={miiθ||θ|ε}{\displaystyle \Omega :=\left\{re^{i\theta }\vert 0\leq r<1,{\text{ }}-\varepsilon \leq \theta \leq 2\pi -\varepsilon \right\},~\Gamma  :=\left\{e^{i\theta }\vert \vert \theta \vert \leq \varepsilon \right\}}

Entonces, el tiempo medio de primer pasoT(z){\displaystyle T(z)}, parazΩ¯{\displaystyle z\in {\bar {\Omega }}}, se da por T(z)=1|z|22+2registro|1z+(1zmiiε)(1zmiiε)2pecadoε2|{\displaystyle T(z)={\frac {1-\vert z\vert ^{2}}{2}}+2\log {\left|{\frac {1-z+{\sqrt {(1-ze^{-i\varepsilon })(1-ze^{i\varepsilon })}}}{2\sin {\frac {\varepsilon }{2}}}}\right|}}

Otro conjunto de resultados se refiere a la densidad de probabilidad de la ubicación de salida. [ 19 ]

Teorema (Carey Caginalp y Xinfu Chen, Densidad de Probabilidad) La densidad de probabilidad de la ubicación de una partícula en el momento de su salida viene dada por j¯(miiθ):=12πrT(miiθ)={0,si ε<θ<2πε12πporqueθ2pecado2ε2pecado2θ2,si |θ|<ε{\displaystyle {\bar {j}}(e^{i\theta }):=-{\frac {1}{2\pi }}{\frac {\partial }{\partial r}}T(e^{i\theta })={\begin{cases}0,&{\text{if }}\varepsilon <\theta <2\pi -\varepsilon \\{\frac {1}{2\pi }}{\frac {\cos {\frac {\theta }{2}}}{\sqrt {\sin ^{2}{\frac {\varepsilon }{2}}-\sin ^{2}{\frac {\theta }{2}}}}},&{\text{if }}\vert \theta \vert <\varepsilon \end{cases}}}

Es decir, para cualquier ( conjunto de Borel )γΩ{\displaystyle \gamma \subset \partial \Omega }, la probabilidad de que una partícula, que comienza en el origen o se distribuye uniformemente enΩ{\displaystyle \Omega }, exhibiendo movimiento browniano enΩ{\displaystyle \Omega }, reflexionando cuando llegaΩΓ{\displaystyle \partial \Omega \setminus \Gamma }y escapar una vez que llegaΓ{\displaystyle \Gamma }, termina escapando deγ{\displaystyle \gamma }es PAG(γ)=γj¯(y)dSy{\displaystyle P(\gamma )=\int _{\gamma }{\bar {j}}(y)dS_{y}} dóndedSy{\displaystyle dS_{y}}es el elemento de superficie deΩ{\displaystyle \partial \Omega }enyΩ{\displaystyle y\in \partial \Omega }.

Simulaciones de escape del movimiento browniano

En la simulación existe un error aleatorio debido al proceso de muestreo estadístico. Este error puede limitarse recurriendo al teorema del límite central y utilizando un gran número de muestras. También existe un error de discretización debido a la aproximación de tamaño finito del tamaño del paso al aproximar el movimiento browniano. Se pueden obtener resultados empíricos a medida que varían el tamaño del paso y el tamaño de la puerta. Utilizando el resultado exacto citado anteriormente para el caso particular del círculo, es posible hacer una comparación cuidadosa de la solución exacta con la solución numérica. [ 21 ] [ 22 ] Esto ilumina la distinción entre pasos finitos y difusión continua. También se obtuvo una distribución de ubicaciones de salida a través de simulaciones para este problema.

Aplicaciones biológicas

Reacciones químicas estocásticas en microdominios

La velocidad directa de las reacciones químicas es el recíproco del tiempo de escape estrecho, lo que generaliza la fórmula clásica de Smoluchowski para partículas brownianas ubicadas en un medio infinito. Se puede utilizar una descripción de Markov para estimar la unión y disociación a un pequeño número de sitios. [ 23 ]

Véase también

Referencias

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