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Articulo de referencia

OMPdb

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OMPdb es una base de datos especializada que contiene proteínas de membrana externa de barril beta (barril β) de bacterias Gram negativas . [ 1 ] Estas proteínas son responsables de una amplia gama de funciones importantes, como la captación pasiva de nutrientes, el transporte activo de moléculas grandes, la secreción de proteínas , así como la adhesión a las células huésped , a través de la cual las bacterias exponen su actividad de virulencia .

Su importancia biológica, junto con la anotación y clasificación inadecuadas que se encuentran en las bases de datos públicas, pone de manifiesto la necesidad de realizar estudios intensivos y recopilar datos precisos sobre las proteínas de barril β.

La información incluida en OMPdb consta de datos de secuencia , así como anotaciones de características estructurales (como los segmentos transmembrana ), referencias bibliográficas y enlaces a otras bases de datos públicas, características únicas a nivel mundial. También se puede encontrar una lista de entradas de proteínas con estructura 3D resuelta en la página de cada familia, cuando corresponda.

Junto con la base de datos, también se recopiló una colección de modelos ocultos de Markov de perfiles , procedentes principalmente de la base de datos PFAM [ 2 ] , que demostraron ser característicos de las proteínas de membrana externa con estructura de barril β. Este conjunto, al utilizarse en combinación con el algoritmo PRED-TMBB2 [ 3 ] , presentado recientemente y archivado en Wayback Machine , servirá como una herramienta poderosa para la discriminación y clasificación de nuevas proteínas con estructura de barril β y para análisis del proteoma completo.

La interfaz web de OMPdb permite al usuario no solo visualizar los datos disponibles, sino también realizar consultas avanzadas para buscar texto dentro de las entradas de proteínas de la base de datos o realizar búsquedas de proteínas y dominios. La versión más reciente de la base de datos se puede descargar en varios formatos (texto plano, formato XML o secuencias FASTA sin procesar).

En la página de descarga, el usuario puede descargar el conjunto de datos completo de proteínas de barril β, que se compila siguiendo las actualizaciones regulares de la base de datos PDBTM [ 4 ] , la base de datos OPM [ 5 ] y la lista Archivada el 25-12-2013 en la Wayback Machine de proteínas de membrana de estructura 3D conocida de Stephen White Archivada el 21-03-2017 en el laboratorio de la Wayback Machine en UC Irvine .

Durante los días 11 y 12 de agosto de 2014, OMPdb participó en el encuentro sobre bioinformática de proteínas y recursos comunitarios celebrado en el Wellcome Trust Conference Centre , que reunió a los investigadores principales de varios recursos especializados de proteínas, así como a los de bases de datos de proteínas de los grandes centros de bioinformática. Durante esta reunión se debatieron algunos de los principales retos comunes relacionados con la creación y el mantenimiento de dichos recursos, junto con diversos enfoques para abordarlos. [ 6 ] Un resultado importante fue la creación de una Red de Recursos Especializados de Proteínas que tiene como objetivo mejorar la coordinación de las actividades de sus recursos miembros. [ 7 ]

Referencias

  1. 1 2 Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (enero de 2011). "OMPdb: una base de datos de proteínas de membrana externa de barril {beta} de bacterias Gram negativas" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D324-31. doi : 10.1093/nar/gkq863 . PMC 3013764. PMID 20952406 .  
  2. ↑ Finn, Robert D.; Coggill, Penelope; Eberhardt, Ruth Y.; Eddy, Sean R.; Mistry, Jaina; Mitchell, Alex L.; Potter, Simon C.; Punta, Marco; Qureshi, Matloob (2016-01-04). "La base de datos de familias de proteínas Pfam: hacia un futuro más sostenible" . Nucleic Acids Research . 44 (D1): D279–285. doi : 10.1093 / nar/gkv1344 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702930. PMID 26673716 .   
  3. ↑ Tsirigos, Konstantinos D.; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (2016-09-01). "PRED-TMBB2: predicción de topología mejorada y detección de proteínas de membrana externa de barril beta" . Bioinformatics . 32 (17): i665– i671. doi : 10.1093/bioinformatics/btw444 . ISSN 1367-4811 . PMID 27587687 .  
  4. ↑ Kozma, Daniel; Simón, István; Tusnády, Gábor E. (1 de enero de 2013). «PDBTM: Banco de datos de proteínas transmembrana después de 8 años» . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): D524–529. doi : 10.1093/nar/gks1169 . ISSN 1362-4962 . PMC 3531219 . PMID 23203988 .   
  5. ↑ Lomize, Mikhail A.; Pogozheva, Irina D.; Joo, Hyeon; Mosberg, Henry I.; Lomize, Andrei L. (2012-01-01). "Base de datos OPM y servidor web PPM: recursos para el posicionamiento de proteínas en membranas" . Nucleic Acids Research . 40 (Número especial de bases de datos): D370–376. doi : 10.1093 / nar/gkr703 . ISSN 1362-4962 . PMC 3245162. PMID 21890895 .   
  6. ↑ Holliday, Gemma L.; Bairoch, Amos; Bagos, Pantelis G.; Chatonnet, Arnaud; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Henrissat, Bernard; Landsman, David; Manning, Gerard (2015-06-01). "Desafíos clave para la creación y el mantenimiento de recursos proteicos especializados" . Proteins . 83 ( 6): 1005– 1013. doi : 10.1002/prot.24803 . ISSN 1097-0134 . PMC 4446195. PMID 25820941 .   
  7. ↑ Babbitt, Patricia C.; Bagos, Pantelis G.; Bairoch, Amos; Bateman, Alex; Chatonnet, Arnaud; Chen, Mark Jinan; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Gloriam, David (2015-01-01). "Creación de una red especializada de recursos proteicos: informe de la reunión del retiro de recursos comunitarios y bioinformática de proteínas" . Database : The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 bav063. doi : 10.1093/database/bav063 . ISSN 1758-0463 . PMC 4499208. PMID 26284514 .