Hispanopedia WikiPSORTdb es una base de datos de localización subcelular de proteínas (SCL) para bacterias y arqueas . Es miembro de la familia PSORT de herramientas bioinformáticas . [1] La base de datos consta de dos conjuntos de datos, ePSORTdb y cPSORTdb, que contienen información determinada a través de validación experimental y predicción computacional, respectivamente. El conjunto de datos ePSORTdb es la colección curada más grande de datos SCL verificados experimentalmente. [2]
PSORTdb se desarrolló inicialmente en 2005 con el fin de contener predicciones de localización subcelular de proteínas para bacterias. [3] Las predicciones computacionales en el conjunto de datos cPSORTdb fueron generadas por la herramienta PSORTb 2.0, el predictor de SCL más preciso del momento. [3] [4]
La segunda y actual versión de PSORTdb se publicó en 2010. Las entradas en la base de datos se generan automáticamente a medida que los genomas procariotas secuenciados recientemente están disponibles a través del NCBI . A partir de la segunda versión, ePSORTdb contenía más de 12.000 entradas para proteínas bacterianas y 800 entradas para proteínas arqueales; cPSORTdb contenía predicciones SCL para más de 3.700.000 proteínas en total. Los datos de ePSORTdb se derivan de una búsqueda bibliográfica manual (utilizando PubMed ) así como de anotaciones Swiss-Prot . Las predicciones de cPSORTdb se generan utilizando la herramienta PSORTb 3.0 actualizada. [3]
Se puede acceder a PSORTdb a través de una interfaz web o mediante BLAST . La base de datos completa también está disponible para su descarga bajo la Licencia Pública General de GNU . Cada término de la base de datos está asociado con un identificador de Gene Ontology para permitir la integración con otros recursos bioinformáticos. [1]
A partir de 2014, PSORTdb se mantiene a través del laboratorio de Fiona Brinkman en la Universidad Simon Fraser . [5] [6]
Véase también
Referencias
- ^ abc Rey, Sébastien; Acab Michael; Gardy Jennifer L; Laird Matthew R; deFays Katalin; Lambert Christophe; Brinkman Fiona SL (enero de 2005). "PSORTdb: una base de datos de localización subcelular de proteínas para bacterias". Nucleic Acids Res . 33 (número de base de datos): D164–8. doi :10.1093/nar/gki027. PMC 539981 . PMID 15608169.
- ^ "PSORTdb:: Inicio" . Consultado el 1 de septiembre de 2014 .
- ^ abc Yu, NY; Laird, MR; Spencer, C.; Brinkman, FSL (10 de noviembre de 2010). "PSORTdb: una base de datos de localización subcelular de proteínas expandida, autoactualizada y fácil de usar para bacterias y arqueas". Nucleic Acids Research . 39 (Base de datos): D241–D244. doi :10.1093/nar/gkq1093. PMC 3013690 . PMID 21071402.
- ^ Gardy, JL; Laird, MR; Chen, F; Rey, S; Walsh, CJ; Ester, M; Brinkman, FS (1 de marzo de 2005). "PSORTb v.2.0: predicción ampliada de la localización subcelular de proteínas bacterianas y conocimientos adquiridos a partir del análisis comparativo del proteoma". Bioinformática . 21 (5): 617–23. doi : 10.1093/bioinformatics/bti057 . PMID 15501914.
- ^ "PSORTdb:: Acerca de" . Consultado el 1 de septiembre de 2014 .
- ^ "Herramientas computacionales desarrolladas - Laboratorio Fiona Brinkman" . Consultado el 1 de septiembre de 2014 .
Enlaces externos
- http://db.psort.org/